由于六角义贤、六角义治父子二人是趁着新年过后以及三好军突袭本国寺之际举兵，故而导致留守南近江诸郡的织田家诸将、浅井家诸将对此皆是措不及防。
虽然织田信长身在美浓岐阜城，但并不代表他对南近江前线的敌我双方态势一无所知。
织田信长深知六角家余孽意图在于速战，因为六角义贤、六角义治父子根本没有稳固的后方，更没有充足的粮草补给，一旦战事迁延日久，那么与乌合之众无异的六角军必然会上下离心，不战自溃。
故而，织田信长一面迅速征召军势；一面要求留守在南近江各处重镇要地的柴田胜家、左久间信盛、中川重政、森可成等人联合南近江诸郡的国人领主尽量坚守不出，等待己方援军抵达。
而南近江诸郡的局势发展也正如织田信长所料想的那样，六角义贤、六角义治父子在大肆招揽旧臣、浪人之后，虽然兵力扩充至八千余众，但是六角军的粮草辎重很快就供应不上了。
六角义贤、六角义治父子为了解决己方的粮草问题，很快就将目光转向了屯有大量粮草辎重的长光寺城。
永禄十一年，二月。
六角义贤、六角义治父子集中兵力向长光寺城攻去，一路连克箕作城、布施山城、马渊城等地。进藤贤盛、永原重康等人得知箕作城、布施山城、马渊城等地陷落的消息后，更不敢撄其锋芒，连夜带着马廻众放弃后藤城逃往长光寺城、八幡山城等地。
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因浅井家重臣浅井山城守、浅井井规、樋口直房等人放弃观音寺城、尹庭城、山崎城等地，导致织田军的侧翼处于不设防状态，而长光寺城中也只有柴田胜家、进藤贤盛、永原重康等人所统辖的一千两百余守军。
柴田胜家在六角军不断迫近的情况下急中生智，命麾下守军往返传呼、吹响法螺，装出大量军势正在集结的样子。
而六角义贤、六角义治父子却不知是计，还以为织田·浅井联军已经大举南下。最后，六角义贤、六角义治、三云定持等人在商议一番后决定退兵返回鲶江城进行休整。
柴田胜家为了提升己方士气以及削弱六角军实力，就趁着六角军在后撤之际发起夜袭，并在夜袭中击溃六角军一部，并讨取自六角家重臣三云定持以下两百余人，这才稳定了长光寺城、八幡山城一带的战线。
之后，柴田胜家见六角军本队远去，就立即出兵夺回了箕作城、布施山城、马渊城、后藤城等地。
六角家家臣真光寺周扬、大原高贤、三井治秀等人见麾下军势士气低落，根本不愿与织田军交锋，就先后败走鲶江城，前去与六角义贤、六角义治父子合流。
柴田胜家在夺回失地后并不打算孤军深入，反而是下令坚壁清野，同时令左久间信盛、森可成等将麾下的骑马武士不断抄掠六角军的粮草辎重。
如今的六角军欲战不得，军粮又难以及时供给，军心很快开始动摇，不少人起了思归之心。
可以说此次六角义贤、六角义治父子几乎是押上了所有本钱，他们不仅招揽了不少旧臣，甚至还招募了不少浪人、尹贺众随其一起行动。
但是六角军并没有顺利攻落屯有大量粮草辎重的长光寺城，再加上他们的粮道还被织田军切断了。
不久之后，六角军粮尽，军营之中又疫病丛生，每天都有饿死、病死者。六角义贤、六角义治父子在万般无奈之下只得命永原远江守、真光寺周扬、大原高贤等人分兵对附近村落、城下町进行滥妨狼藉。
至于六角义贤、六角义治父子则是继续率主力前去包围长光寺城，并切断了长光寺城的水源。
长光寺城在被六角军切断水源后仅剩下三瓶水，但柴田胜家并没有因此而感到绝望，反而发觉破敌的时机已至，决定对士气低落、粮草告罄的六角军发起总攻。
三月十五日，大雨晦暝，柴田胜家不待织田信长所率的援军抵达，就打破城中仅剩下的三瓶水，并下令全军出阵。
柴田胜家本人更是一马当先，接连击溃六角军永原远江守、真光寺周扬、大原高贤等部，一时间六角军大溃，被讨取者更是多达两千人。
就连六角义贤本人在准备逃往鲶江城之时被森可成所擒，后被柴田胜家下令押送至岐阜城。
而六角义治、六角义定、六角贤永等六角一族则是侥幸躲过一劫，并在收拢残部后退入尹贺的深山之中。
柴田胜家在战后并没有因擅自主动出击被织田信长怪罪，反而以寡敌众击溃六角军以及生擒前任六角家家督六角义贤。随后，柴田胜家就被织田信长加封长光寺城周边九万石知行地，并担任南近江众旗头。
经此一役，柴田胜家获得了“瓶割柴田”的称呼。同时，六角家意图恢复南近江诸郡旧领的希望也彻底破灭了。
而这时的上杉家正忙于招抚离散、修缮御所，以及在原足利将军家奉公众中挑选一批贤能之人作为奉行众，并勉励督促山城、摄津、河内、和泉、纪尹等国的领民发展农业、丝织等手工业。
在上杉家轻徭薄赋的政策下，不到数年的的时间，山城、摄津、和泉、河内、纪尹等国的公私富庶，几复承平之旧。
可就在京畿诸国正恢复以往的繁荣之时，葛西义定、今川氏定、四条虎定三人在稳定阿波、赞岐、澹路三国局势以后，倒是不忘给他们的父亲八条景定送来了一份大礼一一冈本小少将。
“你们三个是什么意思？难道为父在你们心中就是一好色之徒？”景定在走进已经重修完成的二条城（原二条御所）本丸的寝殿里，就看到一位有双乌熘大眼、眼尾上翘，并身着盛装十二单的美女端坐在一旁。
“父亲大人，您误会了，兄长他只是不知该如何处置发起本国寺之变的逆臣之一筱原右京进的家卷，这才将其带至二条城中，交由您来决断。”今川氏定见景定有些气愤后，立即上前做出解释。
“我不是早就说过，罪大恶极之人的家卷尽数流放至奥州吗？！难道我的话你们都在当耳旁风吗？！”景定立即走出寝殿，并将门合上，开始训斥站在走廊上还在偷着笑的三个儿子。