就在池田胜正、和田惟政、三好康长等将顺利清扫完石山御坊周边绝大部分支城兵砦后，上杉景信并不打算让他们加入对石山御坊的攻击序列。因为他们还有一个更重要的任务——封锁石山御坊周边，严防一向宗信徒向石山御坊输送粮草、武器等战略物资，想方设法保持石山御坊孤立无援的态势。
到目前为止，上杉军偏师的表现堪称满分，之后就要看上杉景信所率的上杉军本队的了。
而上杉军本队的阵容才是真正的精锐，可以说摄津一国骁勇善战的武士、国人领主都在这里。
永禄十二年，六月。
上杉军正式对石山御坊发起了攻击。
但是，上杉军本队之中也有不少一向宗的信徒，这些人并不是诚心归附上杉将军家，反而还打算暗中与石山本愿寺联合起来，给上杉军使绊子。
上杉景信以从一向一揆军手中夺取的石山本愿寺东南处支砦四天王寺（天王寺）为本阵，负责攻打石山御坊的南面；荒木村重负责节制荒木重兼（安都部弥市郎）、中川清秀、有间出羽守、池田丰后守、池田周防守等将负责攻打石山御坊的北面；楠木正虎负责节制十市远长、和久宗是、高田为业、有马则赖、鸟养贞长等大和诸将以及摄津众一部负责攻打石山御坊的东面。
然而，上杉景信并不知晓的是，中川清秀、有间出羽守、池田丰后守、池田周防守等人麾下武士、治下领民早就暗中为石山御坊输送了不少的粮草、弹丸、弓失等战略物资，他们非常惧怕因此事被上杉将军家惩处，再加上他们自己也是一向宗的信徒。
先前，本愿寺显如就对外宣布，天下六十六州之中的一向宗信徒应报亲鸾圣人之恩，对石山本愿寺尽忠职守、不惜生命，若是违背了自己的法旨，那么就将受到逐出本门、永世不得再为一向宗信徒的惩罚（俗称破门）。
破门是一向宗信徒们最为恐惧的一种处置方式，甚至是比死亡还要可怕。因为一向宗的核心教义就是不重现报，而修来世。这一点宗教思想，特别迎合了战国之世生活贫困的农民以及广大底层百姓心底，他们现世已经给名主、地头、大名做牛做马，够辛苦了。而他们能继续活下去的主要精神寄托，就是在每日诵念南无阿弥陀佛，以此求个来世的福报，能够在死后往生极乐。
之所以加贺、越中等北陆道诸国，一向宗坊官们所发动的一向一揆，一向宗信徒们为何能在短时间内拖家带口，并自备简陋的武器，不惜生命地向敌军军势冲去，完全不惧死亡。其最主要的原因就是因为本愿寺的法主，曾经向他们承诺，若是他们能为扞卫佛法而战死沙场，那么死后就能前往西方极乐世界。
然而，一向宗信众们一旦被石山本愿寺以破门处理，就等于这些一向宗信徒们不但丧失了去西天极乐世界的机会，甚至还要永生永世在这世间的苦海中不断挣扎。这对于一向宗信们而言，真的是比死亡还要可怕。
就这样，中川清秀、有间出羽守、池田丰后守、池田周防守等人背着荒木村重暗中与石山本愿寺定好了阴谋，他们将会在前线进行勐烈的羊攻，制造出战况非常激烈的假象，然后再请求邻近的浦江城守将池田胜正、川口砦守将和田惟政进行支援。
而池田胜正、和田惟政二人不知是计，他们在收到中川清秀、有间出羽守、池田丰后守、池田周防守等人的求援后，急忙合兵一处，率五百余军势前来驰援，以防战线被一向一揆军所突破。但他们二人在进入荒木军本阵之中准备参加军议之时，却并没有见到荒木村重，反而见到了早就埋伏在本阵的大量信奉一向宗的武士。
【鉴于大环境如此，
很快，池田胜
正、和田惟政二人对此完全没有任何防备，就被一拥而上的信奉一向宗武士斩首，他们甚至连拔刀的机会都没有。
由于池田胜正、和田惟政二人是摄津一国的有力国人领主，当他们二人被在暗杀后，所带来的援军顿时军心大乱，四散而逃。
作为攻打石山御坊北面的大将荒木村重得知此事后是惊惧不已，他万万没有想到自己麾下的家臣竟然会做出如此大逆不道的事情来。
可中川清秀、有间出羽守、池田丰后守、池田周防守等人在暗杀了池田胜正、和田惟政二人后，并没有给荒木村重多少考虑的时间，反而挟持他一同参与倒戈。
随后，本愿寺显如为了一举击败包围石山御坊的上杉军，便下令下间三家老下间赖资（下间正秀）、下间赖康、下间仲之统辖三万余一向一揆众于石山本愿寺的寺内町出阵，与已经倒戈的摄津国人领主们里应外合，一同夹击石山御坊东面和南面的上杉军。
这支一向一揆军装备可谓是异常精良，还携带着三千余挺铁炮，其中还有一些专门用于攻城的大铁炮。
当时，楠木正虎、十市远长、和久宗是、高田为业、有马则赖、鸟养贞长等人可从来没见过如此阵仗，很快就遭到了一向一揆军的铁炮火力压制，三千余挺铁炮的轰鸣声简直是震天动地。
下间赖资、下间赖康、下间仲之三人在成功压制上杉军后，就联合了中川清秀、有间出羽守、池田丰后守、池田周防守等人将攻击石山本愿寺东面的上杉军完全包围起来。
楠木正虎在面对巨大的兵力劣势，完全没有招架之力，高田为业、有马则赖、鸟养贞长等将先后在一向宗的铁炮攻势下阵亡，上杉军也伤亡惨重。
楠木正虎、十市远长、和久宗是等人在经过奋力一战后才好不容易率残部突围，返回河内、摄津两国的境目地带久宝寺城休整，并收拢败军等待上杉景信的下一步指示。
而坐镇石山御坊南面的上杉景信还没有搞清楚状况，就遭到了一向一揆军的重重包围。