腓力四世的突然袭击获得了圆满成功，法国几乎所有的圣殿骑士团成员都被逮捕，仅在巴黎就有138名骑士团成员被捕，圣殿骑士团的高层包括大团长雅克·德·莫莱(Jacques de Molay)无一幸免。
腓力四世给圣殿骑士团编排的罪名是“异端”，这真是很有意思，圣殿骑士团确实也不是什么善男信女，你可以说他们贪婪，说他们残暴，但要说异端就未免有点离奇了，从骑士团成立开始，它一直就是教皇座下最忠诚的力量，教皇前后共赐予他们上百条特权。
不过腓力四世需要的不是符合逻辑的观点，他只需要将骑士团打入万劫不复之境。
1307年10月20日，雅克·德·莫莱在狱中不堪酷刑而认罪，罪行是“否定耶稣基督，践踏十字架”。
他随后被迫写信给每一位骑士团成员，让他们承认这些罪行，随后腓力四世以及教皇克雷芒五世下令在整个基督教世界搜捕骑士团。他们大多死于审讯，其余被处以火刑。
当时位于法国阿维 尼翁的教宗克雷芒五世在圣殿骑士审判中扮演的角色并不单单作为一个协助迫害者，其多次要求将审判权交付教会，但未得到腓力四世同意。
法国的宗教裁判所开始对骑士团成员进行审讯。在宗教裁判所的“有效工作”下，圣殿骑士们开始招供，其中包括大团长雅克·;德·;莫莱。
裁判所还让他给所有的骑士团成员发布一道命令，解决他们保密的义务。
在莫莱的这道命令之后，骑士团成员向裁判所给出了千奇百怪的供词，有的承认他们入会时要向十字架吐口水，有的说他们搞巫术，有的说他们崇拜异教的偶像，至于这个异教偶像是什么样子，各人又有各人的说法，另外还有骑士团成员之间搞同性恋--这个也许是唯一可信的罪名。
据记载，仅巴黎一地就有36名骑士团成员在审讯过程中死亡，我们可以想象这些供词究竟是在什么样的情况下获得的。
腓力四世的行动得到了教宗克雷芒五世的支持--事实上他们俩就是同谋，教宗在1307年稍晚些时候发布圣谕，谴责圣殿骑士团的罪恶，要求各国采取行动，彻底取缔圣殿骑士团。
在腓力四世和教宗的威胁下，各国虽然有不满，但也只好服从，不过在其它国家只有很少的圣殿骑士被处死。
按照宗教裁判所的惯例，承认异端的至少可以留下一条命，不过很多圣殿骑士团成员后来相继翻供，在教廷派来的主教面前否认了之前的供词。
骑士团成员的翻供让腓力四世十分恼怒而且不安，对他们的审判又持续了几个月，这些翻供的圣殿骑士团成员再也没有承认罪行，他们中的很多人死于狱中，剩下的则上了火刑架。
1310年在巴黎召开的桑城宗教会议上将否认供词的骑士团成员谴责为异端累犯，判处火刑。
5月10日这一天有54名圣殿骑士被宗教裁判所用文火烤死。大团长雅克·德·莫莱和其它几名骑士团高层由于地位非同寻常，他们直到7年后，即1314年3月18日才被宣判。
腓力四世本来准备将已经承认异端罪行的莫莱等人判为无期徒刑，谁知在宣判时莫莱和诺曼底分团长儒弗鲁瓦·德夏尔尼站起来否认原供词。
公审大会草草收场，莫莱和儒弗鲁瓦·德夏尔尼被送上了火刑架，莫莱在死之前诅咒腓力四世和克雷芒五世，说他们在一年内都会面临永恒的审判。
事实上，这个诅咒真的应验了，仅仅一个月后，克雷芒五世暴病而死。
腓力四世比他多活了半年多，这一年的11月29日，他在打猎时身亡，据说是被一只野猪撞死的，不过也有人对这一说法表示怀疑，因为腓力四世是一个有着非凡勇力的骑士，据说他能将两名大汉轻松地扛在肩上。
腓力四世对圣殿骑士团采取血腥行动的原因在历史上并没有明确的记载，历史学家也有各种各样的看法，一个比较公认的观点是他觊觎圣殿骑士团的财产，正所谓“匹夫无罪，怀璧其罪”。
更直接的说法是他欠骑士团一大笔钱，所以他才会对骑士团下手。
也有人认为腓力四世和骑士团有矛盾，当初腓力四世曾想加入骑士团，但被拒绝了，因而怀恨在心。也有人为腓力四世辩护，认为当时圣殿骑士团企图建立骑士团国，腓力四世为了维护法国的统一，所以才这么做。
不过对于圣殿骑士团建国这一企图似乎并没有什么有力的证据。总的来说，圣殿骑士团异端案整个事件完全可以用“莫须有”三字来概括。
1312年，法王腓力四世迫使教宗克雷芒五世宣布解散圣殿骑士团。葡萄牙的骑士团改隶属为耶稣会，不再从事军事任务，演变为以海外宣教为主的普通修会。
西班牙和葡萄牙的骑士团财产被移转给两个新的骑士团:西班牙的蒙特萨骑士团和葡萄牙的基督骑士团。
1314年3月22日的黄昏，雅克·德·莫莱被绑上火刑架，用火慢慢烧死，他在上火刑架之前，诅咒法王腓力四世和教宗克雷芒五世，说他们会在一年内面临永恒的审判。
而在后世考据奇农羊皮纸中发现，骑士团是被裁定“可能悖德，未至异端”。
圣殿骑士团被消灭后，根据教宗的命令，医院骑士团获得了大部分遗产，各国的圣殿骑士团成员有很多转到医院骑士团门下，可以说医院骑士团是最大的受益者。
腓力四世则独吞了骑士团在法国的财产，也有人认为他并没有得到多少好处，圣殿骑士团在灾难来临之前已经有所预感，将在法国国内的大部分财产转移走，因此法王腓力四世最后还是竹篮打水一场空。