在斯内克的追问下，利奎德也终于袒露了自己的心声。
他要继承bIG boSS的遗愿，创造一个曾经能让我们这样的战士受到尊重的世界，毁灭这个被骗子和伪君子统治的虚伪世界。
并且为了得到斯内克的认同，让斯内克认清，其实他和自己也是同一类人。
利奎德更是详细诉说了当年的‘魔童计划’。
在70年代，为了创造出世界上最强大的战士。
漂亮国秘密从当时最强大的战士bIG boSS身上提取基因，然后结合20世纪最先进的克隆技术和超级婴儿技术，创造了利奎德和斯内克。
但实验的一开始并不是两个婴儿，而是8个克隆婴儿。
利用bIG boSS的细胞，让卵子受精，然后把受精卵分裂成8个克隆婴儿。
接着把这些克隆婴儿转移到代孕者的子宫，又故意让其中六个胎儿流产，以便让剩下的胎儿能更好的发育...
六个婴儿的牺牲成就了斯内克和利奎德。
“我们的基因是一模一样的，可以说在我们出生前，就已经是杀人凶手了！”利奎德嘲讽的看着斯内克，然后继续说道。
“但是他们依然并不满足，又把我当成了小白鼠，只为了创造一个拥有所有优秀基因的你！”
“我得到了所有劣质基因，你在出生之前就夺走了我的一切。”
“而且你和我并不是bIG boSS唯一的孩子...”
“那些基因士兵，同样也是bIG boSS的子孙，只是和我们不同，他们是数字化的产物...”
“随着人类基因破解工程的完成，他们从父亲bIG boSS的dbA中找到了60组战士基因，从战略思想到‘杀手本能’，拥有各种不同的特制...”
“然后把这些dNA注入到次时代特种部队成员体内，他们就这样成为了基因士兵！”
“是的，没错，你杀死的那些基因士兵都是和我们有着同样基因的兄弟！”
利奎德不断披露着事情的内幕。
漂亮国这些年一直在军队中进行秘密实验，通过基因改造创造超级士兵，并且投放到实战战场中。
而在战斗中，这些基因士兵因为基因改造的缺陷，出现了许多后遗症。
利奎德之所以要获得bIG boSS的遗体，就是为了修正基因的缺陷，改变自己的命运。
.....
听着利奎德的说出的真相，不仅游戏中的斯内克充满震惊，电视前的卡尔父子也一脸不可思议，没想到故事竟然是这样的。
时隔八年之后再次登场的《合金装备》，故事复杂程度比起画面上去的的突破，也丝毫不弱，甚至要更强一些。
而在说完事情的所有内幕后，利奎德一边提醒斯内克看看身后昏迷的梅丽尔，一边又说出了一个重要的信息：
五角大楼已经知道了合金装备被摧毁的事情，他们已经决定抹除这里，不留下一丝痕迹。
听到这个消息，斯内克和卡尔父子更是一脸震惊：他们怎么能？
“如果想知道详细信息，你何不问一问你最亲爱的上校？”利奎德嘲讽道。
植入耳骨的脑波通讯启动。
斯内克开始询问起罗伊上校。
罗伊上校也无奈的说出了国防部已经接管这个任务，并且已经派出b2轰炸机，准备对摩西岛投放核弹、进行轰炸。
摩西岛上的一切都会被毁灭。
即使合金装备的威胁已经取消，但国防部为了掩盖死狐病毒，为了掩盖所有事情，还是决定彻底消灭所有知情人和证据。
罗伊上校对此也无能为力，他只能利用自己最后的全力，推迟攻击时间，给指挥系统造成混乱，为斯内克争取更多的撤退时间。
而正当斯内克一边感谢上校，一边担心上校这样做会给自己带来麻烦时。
通讯器那头突然传来一片混乱的声音，接着传来一个陌生的声音：“罗伊·坎贝尔已经被撤职，我是国防部长吉姆·豪斯曼！”
“他已经因为泄露信息和叛国罪被捕了！”
“荒唐！”
“是的，确实荒唐，他竟然真的相信自己在指挥这次行动！”吉姆·豪斯曼得意的说道。
一切真相大白，幕后黑手终于出现了。
“这个混蛋！”斯内克和屏幕前的卡尔父子同时骂道。
对于斯内克的谩骂，吉姆丝毫不在意，也丝毫不在意岛上的所有生命，甚至做好了对外公布是恐怖分子引爆核弹的消息。
当然，如果斯内克能交出‘合金装备’的实际战斗数据光盘，他也可以考虑饶他们一命。
斯内克哪里有这种东西：“我没有光盘！”
“好吧，没关系...那你们这两个我们70年代的耻辱，两个肮脏的小东西，就趁着最后的时间好好叙叙旧吧！”
说完，吉姆就结束了和斯内克的通话。
斯内克知道已经逃无可逃，而利奎德也同样知道自己即将死亡的命运。
在这最后时刻，利奎德利用昏迷的梅丽尔再次威胁斯内克，两人决一死战，他准备死前好好复仇。
看到这一幕，已经完全被故事吸引的小卡尔立刻回过神，拿起手柄，在狭小的平台上和利奎德赤手空拳的搏斗起来。
虽然利奎德很强大，但最终斯内克还是战胜的利奎德，把他打入了平台的深渊之下。
一切似乎都结束了。
在生命的最后时刻，斯内克解开绑着梅丽尔的绳子，抱起她，唤醒了她。
两人说着最后的‘情话’。
“难道故事就这么结束了吗？”小卡尔看着斯内克和梅丽尔很是暧昧的拥抱，此时并没有什么奇怪的想法，反而对于就这样结束充满了不甘心。
小岛秀夫当然也不会设定这样一个结局，正当斯内克和梅丽尔你侬我侬之时。
通讯器再次响起，打断了两人。
在从斯内克口中得知核弹即将来袭后，通讯器那头的哈尔博士告诉斯内克，附近有一个能逃到地面的隧道，并且他愿意牺牲自己，帮助斯内克两人打开安全防护门。
虽然逃出去也99%会死，但总归还有生还的可能。
面对刚刚认识不久的哈尔博士的奉献，斯内克带着感激，和梅丽尔开始了逃亡之旅。
小卡尔控制着斯内克，也是一脸兴奋。
故事还没有结束。
斯内克绝对不会死的！