在确定每一块水田和旱田的等级，记载其实际长宽（十二间、三十六间等）和面积，然后乘上斗代，算出每块地的石高（分米，即收缴额），最下面记载所有者姓名。
在账面的最后按等级计算出面积和石高，然后再算出该村田地和宅地的合计面积以及村的总石高。
将写有以上内容的检地账交由村民进行抄写，并让他们提交承认其内容的字据，这样事后就不会有人对面积和斗代提出异议。
检地奉行和奉行人、代官等在这份抄写本的检地账上盖章，然后交给村民保管。以上种种，都是检地奉行、奉行人、代官等人的任务。
这样就形成了一座领主阶级的金字塔：以家督上条清定为顶点，其下分列着家臣、陪臣（家臣的家臣），是一种多层的主从关系。
而这种主从关系得以成立的关键在于根据石高分封领知（恩赏）以及受封者的奉公（兵役），因此，石高是确定领主阶级主从秩序所必需的工具，实行检地正是为了把握石高。
既然运用检地规定的标准来统一长度和容积，并据此计算石高，那么比如说一万石的领知额，从原则上来说，不论在刈羽郡还是在其他地区都应该是一样的。所以清定只要通过计算石高，就可以把大名转封到任一地区。比如说，按照相同的标准，凡一万石的大名需要承担五百人的兵役。还可以据此建立起一个统一的大名门第及排序的体系。同样的事也发生在各大名领的大名及其家臣之间。通过建立起这样的制度，统一政权就能成为一种超越的、专制的权力。
但是，检地并非由奉行人、代官擅自实行，而是他们需要先接触村落，让村中的代表人物作为向导，然后才能进行。
如果没有村民，上条家的检地奉行、奉行人、代官是不可能知道村落的分界、田地的等级和田地名请人姓名的。当然，决定等级的时候，检地奉行、奉行人、代官若根据日照和水利情况希望将其定为上等，就会和村民产生矛盾，但这也说明村民可以在检地现场表达自己的主张。
虽说领主与百姓的身份区别很大，百姓的主张也有可能不被接受，但总的来说检地账是经由双方利益碰撞后定下来的，所以村民也对检地账的内容负有责任。检地的奉行人、代官盖章后将检地账交给村落，此时百姓提交证书，就表示承认检地内容，尤其是其中的村高，也意味着本村承包了年贡的缴纳。
年贡额一般以村高为基准，再乘以几成、几分这样的年贡率，以村为单位计算，针对村落征收年贡。村吏（特别是庄屋、名主）以此为基准，根据每一个村民的承担额分别征收，集齐全村的年贡额之后再上缴给领主。如果有不能缴纳（未进）的百姓，庄屋等人可以垫付，总之要备齐全村的年贡额后再一次性上缴。这就是年贡的“村请”。因为村落承担责任，所以村的石高非常重要。
那么，像这样通过给予所领（土地）来确立领主阶级（武士身份）内部的主从关系、领主与农民（百姓）之间的统治与被统治的阶级（身份）关系的制度，就被称作知行制，不过，狭义上用作前者即主从关系的场合比较多。另外，以这种关系为中心形成的社会被称作封建社会。清定以石高为基准构建起知行制，并从刈羽郡开始推广至上条家治下的领国，建成了统一的石高制为基础的知行制。
由于上条家在统治从敌方手中夺取的领地和一些无主之地时，基本上是让当地的领民自行上报（百姓指出），并以此为依据掌握原领主的所领范围和征收年贡、徭役等等。而像寺院、神社等拥有领土之人，则是以石高申报各自的知行额（领主指出）。
不过，也有一些例外。
根据申报，与上条家有渊源的刈羽郡鹈川庄实相寺领的当知行额（该收缴的年贡等）为一千一百石，但清定却以实相寺中供奉着上条定宪、上条弥五郎以及诸多上条一族之人的牌位为由，直接给予实相寺‘不输（不纳赋税的权利）’的特权。
米山寺因捐出大量典籍用于乡中教育，其当知行额两千石被清定免除两年。
而被清定授予苗字带刀特权的山口村、岩原村、剑野村、泉田村、大月村这五座村子则是享有四公六民（四成上缴主家，六成农民自留）以及不用承担任何劳役的优惠政策，倘若遇到收成不好的年份还会再往下进行减税或者免除当年的年贡。
当然，“指出”的内容和格式都有明确规定。
上条家的家臣们还被清定命令提交带有自己血印的誓书，发誓如实申报自己治下田地、宅地、山林的情况，若有可疑之处可以追问百姓，若有不实之处则会被没收全部所领。就连刈羽郡中的胜愿寺、极乐寺等一向宗寺院也不例外。
就这样，在清定的指示下，上条家的家臣们分门别类地统计自己当知行的田地、宅地等土地的面积和收缴额，然后提交“指出”和血印誓书。另外，他们还制作了记录明细的账面，以便统计“指出”。收缴额原则上按前一年实际收获的数量登记，原先用货币缴纳的部分也被命令换算成大米，全部按照石高来进行申报。
检地，其实是一项极为耗时、耗力的大工程，并不是每一年都能顺利实施的。如果一名领主想要增加自己的农业收入，就只能选择在主家承认的领地范围之内，进行开垦新田、兴修水利等，以此来提高农作物的产量。当主家无法及时统计的产出，则是被称之为‘实高’。
天文七年，五月一日。
经过指出检地，以及通过尺、绳、竹竿等工具进行实际检地后，上条领的石高达十七万五千六百石。其中，还包括了柿崎景家、大熊朝秀、平子房政、福岛政为、金子尚纲、发智长芳、榆井治部少辅、市河赖房、北条高定等人的领地。
至于山本寺定长、安田景元、福王寺孝重、长尾房景、长尾为重、本庄实乃、斋藤定信、直江景纲等人，以及扬北众诸将的领地，上条家目前还没有余力去进行检地。