在探险队伍与多元宇宙中的潜在文明达成技术共享意向，并完成一系列前期准备工作后，双方共同选定的几个合作项目正式启动，开启了跨宇宙合作的新篇章。然而，正如预期的那样，项目启动初期，双方团队在合作过程中便遭遇了诸多因文化差异、工作习惯以及技术融合等方面带来的磨合问题，需要双方齐心协力，共同去克服这些困难，推动项目顺利向前发展。
以共同研究能够兼容两种宇宙物理规则的能源转换装置为例，在项目团队组建阶段，双方就面临着人员分工和协作方式的协调难题。探险队伍所在的各合作文明通常习惯于按照专业领域进行分工，例如物理学家负责研究能量转换的基础理论，工程师专注于装置的设计与制造，测试人员则承担后续的性能测试工作等，各环节之间有着明确的界限和流程规范。
而对方文明的团队组织方式则相对灵活，成员往往身兼多职，更注重在项目推进过程中根据实际情况随时调整分工，以应对不断出现的新问题。这种差异使得在确定项目人员架构时，双方需要花费大量时间进行沟通和协商，努力寻找一种既能发挥各自优势，又能确保整个项目高效运转的分工协作模式。
经过多轮讨论和反复调整，最终确定了一个折中的方案。在项目核心理论研究部分，由双方的物理学家共同组成小组，充分发挥各自在不同宇宙物理规则理解上的优势，携手攻克能源转换过程中涉及的基础理论难题；在装置设计与制造环节，探险队伍的工程师凭借丰富的工程实践经验，主导整体架构的设计，对方文明的工程师则依据自身对特殊能源特性的把握，提供关键部位的设计思路和技术细节；而测试人员则统一按照双方共同制定的测试标准和流程，对各个阶段的产品进行严格检测，确保装置的性能符合预期要求。
当项目进入实际研发阶段，技术融合方面的问题开始凸显出来。双方虽然在之前已经通过联合技术协调小组对彼此的技术有了一定了解，但真正将两种不同宇宙体系下的技术应用到同一个装置中时，还是遇到了许多意想不到的困难。
比如，探险队伍带来的能量操控技术在与对方文明的基于物质共振原理的能源获取方法相结合时，由于两种技术所依赖的能量场特性和物理机制存在差异，导致在能量传递和转换过程中出现了能量损耗过大、稳定性不足等问题。双方的技术专家们不得不重新对两种技术进行深入剖析，从最基础的物理原理入手，寻找能够使它们协同工作的最佳契合点。
他们通过建立联合实验室，模拟不同的宇宙环境条件，进行了大量的实验和数据分析。在这个过程中，有时候一个小小的参数调整，都需要双方反复论证、协商，因为这可能涉及到不同宇宙物理规则的平衡以及对整个装置性能的影响。经过无数次的尝试和失败，终于找到了一种优化的能量耦合方式，使得两种技术能够相对稳定地结合在一起，有效降低了能量损耗，提高了装置的整体稳定性。
除了技术融合，在日常工作沟通和项目进度把控方面，双方也存在着一定的差异。探险队伍习惯使用详细的项目文档、定期的会议汇报以及严格的时间表来管理项目进度，确保每个环节都能按时完成任务。而对方文明则更倾向于通过实时的信息共享、频繁的小组讨论以及灵活的任务调整来推动项目进展，他们认为这样能够更及时地应对项目中出现的各种变化。
这种差异在项目初期导致了一些沟通不畅和进度不一致的情况。例如，探险队伍按照既定的时间表等待对方提交某一阶段的技术报告时，对方却认为还有一些细节需要进一步完善，仍在进行小组讨论，没有及时提交，使得后续工作无法按计划开展。为了解决这一问题，双方共同制定了一套混合式的项目管理机制，既保留了探险队伍严谨的文档记录和定期汇报制度，又融入了对方文明灵活的信息共享和即时沟通方式，通过定期的联合项目协调会，对项目进度进行统一梳理和调整，确保双方能够及时了解彼此的工作进展，避免出现因沟通问题而影响项目推进的情况。