转仕太宗
武德九年（626年）六月，历史的车轮无情地碾过李唐皇室的兄弟情谊。秦王李世民发动了玄武门事变，一举铲除了太子李建成和齐王李元吉，彻底改变了唐朝的政治格局。在这场宫廷剧变之后，李世民听闻魏徵曾多次劝说李建成将自己调离权力中心，便下令召见这位直言不讳的谋士。当被问及为何要挑拨他们兄弟关系时，周围的人无不为魏徵捏一把汗。
然而，魏徵毫不畏惧，坦然答道：“如果先太子采纳了我的建议，今日的悲剧或许就不会发生。”李世民素来敬重魏徵的才能与正直，此刻更因他的一片赤诚而动容，决定赦免其罪，并授予詹事府主簿一职，将这位曾经的敌方幕僚纳入自己的麾下。
不久后，李世民晋升魏徵为谏议大夫，并在同年七月十一日赋予他一项重任——前往河北安抚李建成、李元吉旧部，授权他在必要时可以自主决策。魏徵抵达磁州时，恰逢押解前东宫千牛李志安和齐王护军李思行前往长安的囚车经过。面对这一情况，魏徵对副使李桐客表达了深切的忧虑：既然朝廷已经宣布赦免所有前东宫和齐王府的人员，那么继续押送二人回京势必会引起其他人的恐慌与不信。
为了国家的利益，他认为应当立即释放李思行等人，以示朝廷信守承诺的决心。古有云：“差之毫厘，失之千里”，更何况现在手中握有便宜行事的权力，更应果断行动，不负君主的信任。李桐客赞同魏徵的观点，两人当即释放了李思行等人，并向李世民上书报告此事。李世民阅后大为赞赏，对其处理方式表示满意。同年八月，随着李渊禅位，李世民正式登基为帝，开启了贞观之治的新篇章。作为对魏徵忠诚与智慧的认可，李世民封其为钜鹿县男，以此表彰他对新朝的贡献。魏徵的正直与远见，赢得了唐太宗李世民的信赖。
犯颜直谏
李世民心怀建立盛世的理想，常在自己的寝宫召见魏徵，探讨国家治理的得失。魏徵不仅具备治国理政的才能，而且性格耿直，从不因权势而退缩或屈服。每当与李世民讨论国事时，他总是直言不讳，提出中肯的意见和建议。李世民对魏徵的忠诚与智慧深感钦佩，曾感慨地说：“你前后进谏的事宜多达两百余项，若非出于至诚为国之心，又怎能如此坚持？”
贞观元年（627年），魏徵被擢升为尚书左丞。有一次，李世民欲征兵，中书令封德彝提议将一些虽未满十八岁但体格健壮的“中男”也一并征召入伍。李世民同意了这一提议，并下达敕令。然而，魏徵却坚决反对签署此令，认为此举违背了朝廷一贯强调的诚信原则，且不符合军队管理的实际需求。尽管李世民因此大怒，责问魏徵为何如此固执，但魏徵冷静地指出，陛下即位之初承诺免除百姓所欠官府债务，以及减免关中地区的租税等政策未能彻底落实，已多次失信于民。此外，对于地方官员的信任问题，魏徵认为应当给予他们充分的信任，以诚信治国。李世民听后恍然大悟，意识到自己确实存在过失，遂采纳魏徵的建议，不再征点中男为兵，并赏赐给魏徵一只金瓮，表彰他的忠言直谏。
贞观二年（628年），岭南地区部落首领冯盎与谈殿之间的纷争引起了朝廷的关注。面对连续不断的谋反指控，李世民原本打算派遣大军进行讨伐。然而，魏徵再次站出来劝阻，指出冯盎并无实际叛乱行为，且考虑到岭南路途遥远、环境恶劣，不宜兴师动众。他建议通过派遣使臣表达诚意的方式解决问题。李世民采纳了魏徵的建议，果然收到了良好的效果——冯盎派其子冯智戴随使臣回朝，表明归顺之意。事后，李世民感叹道：“魏徵仅凭一纸诏书便平定了岭南，胜过十万大军。”为此，他又一次重赏了魏徵。
尽管魏徵备受信任，但也难免遭受无端指责。有人诽谤魏徵庇护亲友，虽然经过调查并无实据，但温彦博还是提醒魏徵应注意避嫌。对此，魏徵提出了更为深远的观点，他认为君臣之间应如同一体，共同致力于国家大事，而非仅仅追求表面的行为痕迹。他进一步阐述了良臣与忠臣的区别：良臣不仅能为自己赢得美名，还能让君主获得荣耀，确保国家长治久安；而忠臣往往因为过于刚直而导致自身遭祸，甚至使君主陷入困境，最终只留下一个空洞的名声。李世民被魏徵的话深深打动，再次赏赐给他五百匹绢，表达了对这位贤臣的高度认可和支持。
李世民曾对身边的大臣说：“我听说西域有一个胡族商人，为了珍藏一颗宝珠，竟割开自己的肉将宝珠藏入体内。这样的事情真的存在吗？”大臣们回答：“确实有这样的事。”李世民接着感慨道：“人们都知道此人爱财如命，不惜以身试险。然而，官员因受贿而触法，帝王追求奢华导致国破家亡，这些行为与胡族商人的愚蠢又有何异？”魏徵随即引用孔子的故事回应道：“鲁哀公曾对孔子说，有人健忘到搬家时会忘记带妻子。孔子答道，还有更严重的，夏桀、商纣二王便是贪恋外物而忘记了自身的安危。”李世民深感赞同，强调他与大臣们应同心协力，相互辅助，避免成为后人耻笑的对象。
同年十月，发生了一件令李世民懊悔不已的事。瀛州刺史卢祖尚不愿前往交州任职，并多次推辞。这下激怒了李世民，他在盛怒之下下令处决了卢祖尚。事后，太宗皇帝意识到自己的决定过于草率。在一次讨论中，当被问及齐文宣帝为人如何时，魏徵讲述了齐文宣帝虽狷狂暴躁，但在面对青州长史魏恺拒绝赴任光州长史一事上，能够听从合理的意见，最终宽恕了魏恺。李世民听后反思道：“朕之前处理卢祖尚之事确实过于粗暴，不如齐文宣帝的宽容大度。”因此，李世民下令恢复了卢祖尚子孙的门荫，以此表达自己的悔意和改正的决心。