两天后，准备攻打南昌的卢少川部也接到命令，随即便放弃攻打南昌，转道向北而去。这让总督江西军政的张煌言大大的松了一口气。因为，自打长沙城下与光复军第一次接战后，这近一个月来且战且退，就没有赢过一场。而且北面的九江也被光复军占领，因此已经对南昌形成包夹之势，可现在不但正面的敌军撤了，就连九江的敌军也撤了。这让张煌言着实有些没想到，于是他赶紧调集军队准备反攻。
与此同时，第四军团秦翼民的第十一军在北上后，随即攻克了赣州，然后留下一个团的守军便向吉安方向而去。而时任赣州总兵的闫应元见光复军的火力凶猛，便放弃了赣州。将自己的军队分布在山里，待敌军向吉安而去后，他便带着自己的大军又杀回了赣州，然后趁着夜色对赣州发动了突袭。面对闫应元的三万大军，赣州留守的一个团根本不是对手。外加这一路以来，大部分对手都是望风而降，一般留守部队都是清闲差事，所以光复军的戒备也没那么强。因此，两个时辰赣州便被闫应元给夺了回去。由于赣州丢失，第十一军的补给线瞬间被切断。而黄德功此时已带着第十军和第十二军已到达了福州，准备进攻浙南地区，根本没有兵力帮秦翼民夺回补给线。无奈之下，他不得不派出一个师去夺回赣州，而自己则继续攻打吉安。得知光复军又杀回来了，闫应元随即派出两万多人，仗着对地形的熟悉，在敌军的必经之路上到处伏击。由于江西多山，可伏击的地方很多，而且在山区，光复军火器的射程优势根本就体现不出来。很多时候开火距离都在五十米内，在这个距离上，光复军的新式步枪也好，鸟铳也好，三眼铳也好，还是弓箭也好，其命中率和杀伤力都很高。这让回援的光复军付出了惨重的代价，一路死伤无数，苦不堪言。当他们到达赣州后，一个整编师就剩下八千多人了。除了部分迫击炮外，榴弹炮和加农炮都丢在了山里。这让接下来的攻城战极为艰难，因为迫击炮的射程没城墙上的有红夷大炮远。在付出了两千多人伤亡后，赣州再次被拿下。而闫应元则将光复军的榴弹炮推上了山，在俘虏的教导下开始对赣州城里的光复军实施炮击，这让城中的光复完全没有招架之力。然而，只要光复军出城去打他们，他们就消失的无影无踪。可等你一回城，又开始对你进行炮击。即使已经拿下了赣州，第十一军的补给依旧送不过去，因为赣州守军都自顾不暇的了，根本没有能力保证运输路线的畅通。这让刚刚攻下吉安的秦翼民根本高兴不起来，这粮草运不上来倒不怕，可以就地解决，而这弹药运不上来可就麻烦了。他随即叫来传令兵道：“你去问问石开成到底怎么回事，怎么补给线还没打通。”“喏！”传令兵刚要出去，突然一个满身是血的士兵跑了进来：“军长，快回赣州吧，石师长撑不住了。”秦翼民随即起身问道：“怎么回事？”士兵将这些天的事给秦翼民说了一遍。秦翼民怒斥道：“为什么不早报？”士兵哭道：“我们师长派了很多传令兵，都被劫杀了，我是在一个排的护送下才突出重围，那一个排的兄弟都死在路上了。”听完士兵的哭诉，秦翼民攥紧了拳头怒道：“闫应元我非宰了你不可。于是起身对传令兵道：“让大军集合，放弃吉安，退回赣州。”“喏！”
就在秦翼民退出吉安后的第二天，张煌言便亲率大军占领了吉安，同时派出两万大军跟随光复往赣州而去，随时准备支援闫应元。闫应元在得知秦翼民回援后，便带着大军撤离了赣州外围，在吉安和赣州的路上打了几场伏击，双方均有死伤，随后便带着大军消失在了山里。来到赣州城后，秦翼民怒气冲冲的来到石开成的跟前，正准备训斥他时，发现石开成的腿缠着绷带躺在那里。秦翼民瞬间没了火气，赶紧上前问道：“这是怎么回事？”石开成叹道：“被炮给炸的，这一路我们的重武器丢失殆尽，结果被他们用来对付我们了。这些混蛋太难缠了，根本就不跟你正面打。我们经常走着走着就被袭击，正准备拉开架势跟他们干，可他们又跑的没影了。而且在大山里我们的火力优势根本体现不出来，如今我们师就剩下六千多人了，是我对不起儿郎们啊。”见石开成如此难过，秦翼民也不好再说什么，只是安慰道：“好了，等你养好了伤，我们再去找闫应元算账。”毕竟在回来的路上他也见识过了闫应元的难缠，确实让他很难受，但自己有人数优势，所以相对好点。
由于秦翼民的回援，从广东到赣州的补给线被打通，但赣州以北所有的地方又回到闫应元的手里。秦翼民不得不向黄德功求援，并建议再派一个师从闽浙地区西进，参加江西战役。可身在福州的黄德功却犯了难，如今第一军团北上了，整个江南都要靠第四军团，这兵力确实不太够用。但江西毕竟在后面，若是不解决江西问题，他就不可能安心东进，更别说攻打南京了。于是他便找来了郑芝龙商议：“郑大人，如今江西遇到点麻烦，本将要前往江西，解决我们的后顾之忧。因此攻取浙江的事只能暂缓，八闽地区就有劳郑大人了。”郑芝龙随即拱手道：“黄将军放心，我郑家的兵虽然进攻不敢言胜，但自保还是绰绰有余的。”在得到郑芝龙的肯定答复后，黄德功留下一个旅的的士兵在福州，自己带着大部队前往了江西。
在等待黄德功大军到来时，张煌言和闫应元也没闲着，他们率兵西进，一路拿下了宜春，株洲等地，兵锋直指长沙，占领了长沙以东的大部分地区。消息很快传到了北进的朱由渠处，看到南路军的战报后，朱一言不发。李岩上前劝道：“殿下，臣建议派一个师回去九江，守住长江航道，否则我大军的弹药补给一旦被断，后果不堪设想啊。还望殿下三思。”朱由渠认可的点了点头，随后露出一丝微笑，自言自语道：“张煌言，闫应元，都是史书上的猛人啊，你们等着，等孤收拾完建奴再见你们。”一旁的李岩见朱由渠在嘀咕什么，于是问道：“殿下您说什么？”朱由渠这才回过神来，于是吩咐道：“让身后的卢少川部派出一个师回防九江，传令黄德功，尽可能的占据江西大的据点，若能寻求决战最好，若不能便守好大城，等孤的大军回来。至于南京那就先放着吧，如今建奴才是重中之重。”李岩向朱由渠行了个礼便出去传令了。