经过一个月的长途跋涉，朱由渠的爱妃们都来到了南京，住进了皇宫。同时过来的还有很多的官员和技术人员，整个南京城瞬间热闹了许多。来了这么多人，原先的南京城根本就住不下，于是朱由渠准备在原来的基础上扩建南京城。为了节约成本，此次他打算不再向以前那样将城用城墙围起来，而是采用开放式城市，他准备让南京成为一个超级大都市。
随着各项事务的顺利进行，朱由渠也迎来了他的登基大典。在中正平和的鼓乐声中，朱由渠穿着皇袍带着流冕阔步走向奉天殿。来到祭拜天地的大鼎前，焚香祷告：“黄天在上，厚土在下，臣朱由渠，应天顺民，驱逐鞑虏，攘除奸匈，复我中华，内修政理，外和诸夷，今，天下以定，战事以息，臣，应万民之请，立国建元，年号永武。”在祭拜完天地之后，所有的文武大臣齐声高呼：“吾皇万岁！万岁！万万岁！”随后便对一众功臣进行了封赏。孙焕之加封郑国公，沐天波继承黔国公，张君泽加封忠义侯，张君明加封忠勇侯，岳鹏飞加封忠信侯，李定国加封定北侯，李岩加封智信侯，刘学民加封成义侯，黄德功加封平南伯，田见秀加封镇西伯。其余大小官员都以功勋大小一一进行了封赏。
次日一早，朱由渠刚起床，贴身太监便上前汇报道：“陛下，智信侯在奉天殿候见。”朱由渠赶紧让太监将李岩请到乾清宫来。片刻后，李岩便拿着内阁成员名单来到乾清宫。李岩随即跪地道：“臣李岩参见陛下，吾皇万岁万岁万万岁。”朱由渠看着跪在地上的李岩，感觉有些想笑，但他没有笑出来，于是正了正声道：“爱卿平身。”李岩也觉得挺别扭，起身后两人相视一眼都笑了起来。随后朱由渠对李岩道：“这些礼节确实过于繁琐，况且人生而平等，除了自己的父母，没人值得他人跪拜。以后不管是见朕，还是上下级见面，都不行跪拜礼，行拱手礼即可。”“陛下，这怕不合规矩吧。”朱由渠摆了摆手：“规制也是人定的，以后就这么定了。”李岩认可的点了点头，然后呈上了一份内阁成员的名单：“陛下，这是第一届内阁成员名单，请陛下过目。”朱由渠接过名单仔细的看了起来，片刻后朱由渠将名单递还给李岩：“孤…哦，朕看没有问题，就按这个名单来吧。”李岩接过名单后补充道：“陛下，臣以为，这内阁成员应该还需一人才行。”“哦，何人。”“史可法。”“为何？”“陛下试想，这内阁成员中全是各部推举的，基本上都是我们的人。因此江南仕绅和弘光旧臣的声音我们是听不到的，而史可法既是弘光旧臣，又有东林身份，还是江南仕绅，因此他入阁，不但可以平衡各派利益，还能安抚那些旧臣仕绅。望陛下三思。”朱由渠认可的点了点头：“好，那就按先生意思办吧。”
在两天后的大朝会上，朱由渠在奉天殿举行了第一次朝会，由各部推举的内阁成员名单摆在了朱由渠的御案上。朱由渠拿起名单看了看，随后便对一众大臣道：“朕，准卿等所奏，永武朝第一届内阁正式成立，朕任命孙焕之为首辅，李岩为次辅，即日起行内阁事务。接下来朕定一些规矩，从今日起，大朝会不宜过多，一个月一次，特殊时期，可三个月一次。还有，为提高工作效率，以后除了祭祀天地祖宗，其余时候无需行跪拜大礼，行拱手礼即可。”一众文武随即拱手道：“陛下圣明。”朱由渠赶紧摆摆手道：“以后这样拍马屁话也尽量少说，各位只需做好自己的事情，让永武朝尽快正常运转起来，为我们的盛世，尽自己的一份力。朕在此谢过诸位了。”此话一出，李岩等朱由渠的原班人马都不觉得有什么，但以史可法为首的原南明旧臣赶紧跪地道：“陛下，臣等怎敢当陛下谢字。”这把朱由渠和李岩等人看的有些莫名其妙。朱由渠赶紧道：“各位平身吧，难道诸位没听到朕刚才的话吗？以后不可如此了，若是再如此那就是抗旨了。”一众前南明大臣赶紧起身道：“喏！”
退朝后，朱由渠来到自己的后宫，径直去了秦昀姝的坤宁宫。坤宁宫曾经是马皇后的寝宫，如今被分给了秦昀姝，在朱由渠的心里皇后的位置已经定了。刚一进门，秦昀姝早已在门口等候了。见朱由渠来了，便赶紧行礼：“臣妾参见陛下。”朱由渠一脸坏笑道：“爱妃平身，朕来看看朕的小公主。”秦昀姝做了个小声点的动作道：“陛下，燕儿刚睡着，您小声点。”朱由渠点点头，然后蹑手蹑脚的走了过去。在看完自己的小公主后，便拉着秦昀姝来到了院子里，然后一本正经道：“昀姝，如今朕已是大明的皇帝了，朕打算封你为皇后…”“陛下不可。”不待朱由渠把话说完，秦昀姝赶紧制止道：“陛下让臣妾住进坤宁宫，臣妾已知晓陛下的意思，但臣妾不愿做这个皇后。”“为何？”“皇后之位本因是思怡姐姐的，我不愿占她的位置。况且张氏一族在朝中本就占据很多要职，陛下若现在册封他人为皇后，必然引起张氏族人的不满。因此臣妾觉得，陛下暂时不要册封皇后，同时追封思怡姐姐为皇后，立炬儿为太子。既可令张氏族人更加忠心，也能让一些别有用心之人死心。”听完秦昀姝的话，朱由渠虽然觉的有些道理，但心中很不爽：“你也有秦家人啊，你怕什么？”秦昀姝微笑道：“陛下此言差矣，不是臣妾怕张氏族人，而是臣妾不想让新朝刚立，就陷入党争，甚至将争斗的矛头指向陛下。如今您是陛下，不是当年的汉中王了，整个朝廷看似一个整体，其实不然。除了张氏和秦氏这两强外戚，还有宋氏，以田见秀为首的闯营系，以李定国为首的献营系，以黄德功为首的旧朝势力，以史可法为首的江南仕林等等。这里面牵扯着很多人的利益，陛下都要顾及，而不只是凭借个人喜好一意而决。”听完秦昀姝的分析，朱由渠的气消了许多，随后问道：“你的意思是朕不立皇后？”“不是不立，是暂时不立，等着大臣们提这事。这样即便他们发生了争执，也是他们的事，不会将矛头指向陛下。其实不立皇后也不是不可以，皇后不就是个称号嘛，没什么不一样的，秦始皇不就没有皇后吗？也不影响他成为千古一帝啊。”朱由渠认可的点了点头，随后搂着秦昀姝道：“就你善解人意，好，朕听你的，不过虽然你没有皇后之名，但朕要给你皇后实权。以后朕的后宫可就归你管了，出了问题，朕可要拿你是问哦。”