在宝可梦中心柔和的灯光下，小智将目光投向喷火龙。这只强大的宝可梦陪伴他经历了无数战斗，此刻却要暂别。
“喷火龙你要在喷火龙山谷好好特训哦，帮我给纪柯小姐问好。”小智的声音里带着不舍与期待。
喷火龙发出一声豪迈的“吼～”，巨大的翅膀展开，带起一阵劲风，随后腾空而起，飞向远方。
“小建，我需要甲贺忍蛙、小巨鳄、火球鼠、风速狗、菊草叶和赫拉赫罗斯还有猫头夜鹰。”小智迅速将注意力转回接下来的行程。
“没问题。”小建熟练地操作着交换装置，很快，几只宝可梦出现在小智面前。
“菊草叶你打算怎么带啊？”莎莉娜好奇地看着正在围着小智打转的菊草叶，这只可爱的草属性宝可梦似乎格外依赖小智。
“她啊比较争宠我自有办法。”小智笑着摸了摸菊草叶的头，眼中满是宠溺。
小智和莎莉娜来到了阿露福遗迹。古老的遗迹散发着神秘的气息，周围的一草一木都仿佛在诉说着过去的故事。
“那是什么骨头？”小霞指着地上一块巨大的骨头，眼中充满疑惑。
“那是化…”小智刚要开口。
“那是化石翼龙的化石。”大木博士的声音从身后传来。
小智和莎莉娜同时扭头，惊喜地喊道：“大木博士。”
“化石翼龙的尾巴的尖端是像那个样子尖尖的。”大木博士走到骨头旁，耐心地讲解着。
在大木博士的带领下，小智、莎莉娜和小霞朝着峡谷尽头走去。
“我的出现是不是让你们多走远路了。”大木博士略带歉意地说道。
“没那回事，这样走比较有趣，而且，扩展对神奇宝贝的见闻也是成为神奇宝贝大师的必经之路。”小智脸上洋溢着兴奋的笑容，对前方未知的探索充满期待。
“博士，你说过有东西让我们看是不是。”莎莉娜迫不及待地问道。
“我的学生在这里，他说有惊人的发现，让我不管怎么样，一定要抽空过来看一下。”大木博士解释道。
不一会儿，众人走进了峡谷尽头的研究所。
“大木博士，太好了，您终于来了。”一个年轻的研究员迎上来，他就是佐竹。
“真是好久不见了，佐竹同学。我来介绍一下，这位是在彩虹大学选修我的课的佐竹同学。”大木博士向小智和莎莉娜介绍道。
“你好。”小智和莎莉娜齐声说道。
“大木博士，这些孩子是…”佐竹有些疑惑。
“你说有惊人的发现，我就顺便带他们来看看。”大木博士笑着说，“别那么见外嘛，让他们扩展对神奇宝贝的见闻，也是成为神奇宝贝大师的必经之路啊。而且小智也是博士啊。”
“请让我们看看你的大发现。”小智眼神中闪烁着渴望。
“拜托你让我们看。”莎莉娜也在一旁附和道，皮卡丘也跟着“皮卡～”叫了一声。
“既然你们是博士的朋友，好，那就破例。”佐竹最终答应了他们的请求。
“佐竹先生，谢谢你。”小智感激地说道。
就在这时，莎莉娜看到旁边有一位工作人员正在拿一个喷水的装置冲洗骨头。
“那是在做什么？”莎莉娜好奇地问道。
“他现在在清洗化石上面的泥土，用毛刷也刷不掉的泥土与不纯物质，就用那个喷射水流来去除，然后用电脑分析洗干净的化石，调查看看是哪个生物的哪个部分。”佐竹详细地解释道。
然而，工作人员手上的仪器突然有几秒间断不出水。
“（无奈）啊，又故障了。”佐竹皱起眉头，一脸无奈。
“怎么了？”大木博士关切地问。
“最近的水流不太稳定，水是采掘作业中，非常重要的东西呀。”佐竹解释道。
“水源在哪里？”大木博士继续追问。
“在后面的森林深处，那里有个地方有丰富的地下水，是从那边引过来的。”佐竹回答。
在解决了水流问题的小插曲后，小智等人开始正式参观研究所。
研究所内摆满了各种古老的化石和研究资料，仿佛是一个神奇宝贝古代史的宝库。
“佐竹专研的是神奇宝贝的古代史吧。”大木博士看着忙碌的佐竹，说道。
“是的，怎么样，是不是很多呢，这些都是古代神奇宝贝的全身骨骼。”佐竹自豪地展示着自己的研究成果。
“是镰刀盔耶。”小刚仔细端详着一具镰刀盔的化石，惊叹道。
“有人说神奇宝贝的出现，大概从两百万年前开始，这个理论的依据来自发镰刀盔化石的那个地层的年代，所以我的看法是出现的时间应该更早才对。”佐竹开始阐述自己的研究观点。
“如果我没记错的话，你的毕业论文好像也是类似的主题。”大木博士回忆道。
“嗯，从那个时候开始，我提倡的海洋神奇宝贝的起源说一直都没有改变。”佐竹坚定地说。
“海洋神奇宝贝起源说！”小霞听到这个新奇的理论，眼睛一亮。
“一切生命的起源就在大海，所以代表神奇宝贝的路径的根源一定也在大海里面。”佐竹继续解释。
“很早之前，海洋中蕴含着大量的营养物质，在漫长的岁月里，这些物质不断发生化学反应，逐渐产生了生命所必需的物质。最初，单细胞生物在海洋中诞生，它们在适宜的环境下不断进化，随后多细胞生物出现。随着时间的推移，植物、动物乃至人类也逐步演化而来。神奇宝贝同样是生命体，它们的诞生过程与人类有着相似之处，所以海洋神奇宝贝起源说是一个极具说服力的假说。” 佐竹
小智认真听完佐竹的讲解，沉思片刻后说道：“很早之前，水中会有较多的营养物质，随着演化，会产生很多生命所必须的物质，单细胞的生物就因此出现了，后来逐步出现多细胞生物、植物、动物和人类，当然这中间会有许多不为人知的事情发生，也是很多研究学者所探究的问题。神奇宝贝也是生命体，所以和人类的诞生过程差不多，海洋神奇宝贝起源的确是一个很实际的假说。”
“你懂得还真多耶。”佐竹惊讶地看着小智，眼中满是赞赏。
“哪里。”小智有些不好意思地挠挠头
佐竹站在建筑前，身姿挺拔，眼神中透着兴奋与期待，他看向身旁的大木博士、小智、小刚和莎莉娜，声音中满是自豪地说道：“那么现在，我来带领各位到两百万年前的世界。”
众人跟随着佐竹，脚步不自觉地加快。来到一扇厚重的门前，佐竹伸手握住门把，轻轻一推，门缓缓打开，一股清新而又带着远古气息的风扑面而来。
众人踏入房间，眼前的景象让他们瞬间屏住了呼吸——一个生机勃勃的世界展现在眼前。
广袤的土地上，奇异的植物肆意生长，高大的蕨类植物如同绿色的巨伞，随风轻轻摇曳。远处，连绵的山脉巍峨耸立，山顶云雾缭绕，仿佛隐藏着无数的秘密。
就在这时，一声尖锐的鸣叫划破长空，一只化石翼龙从众人头顶飞过。它矫健的身姿在空中划出一道优美的弧线，不过它的背上有两根绳子，显得有些奇怪。
莎莉娜瞪大了眼睛，惊讶地指着化石翼龙说道：“那个是…”
佐竹微笑着解释道：“这是依照古代神奇宝贝的最新资料，以及最先进的动画电子技术做出来的化石翼龙。”
“也就是机器人咯。”莎莉娜恍然大悟地点点头。
大木博士仔细端详着化石翼龙，赞叹道：“做得太好了。跟小智的化石翼龙有得一拼。”
小智则好奇地四处张望，忍不住问道：“这里到底是…”
佐竹的神情变得庄重而自豪，他缓缓说道：“这里就是古代神奇宝贝公园，是重造古代神奇宝贝生活环境的娱乐兼学术的空间。由于调整系统要花很多时间，所以还没有对外开放。”
话音刚落，一声巨大的轰鸣声响起，地面微微震动。小智等人急忙循着声音传来的方向望去，只见不远处的一座火山爆发了。
火红的岩浆如汹涌的河流，从火山口喷涌而出，炽热的火焰照亮了半边天空，滚滚浓烟直冲云霄。
“火山！”小智惊呼一声，眼神中充满了震惊与兴奋。
佐竹看着火山，语气沉稳地说道：“我说过要重现那个环境的，古时候的大陆受到频繁的火山活动的影响，大地有时候会沉入或是冒出大海。”
大木博士若有所思地点点头，补充道：“由于那个变动，也给生命的进化带来非常巨大的影响。”
众人带着满心的震撼，继续向前走去。不一会儿，他们来到了水边。突然，莎莉娜指着水面，惊讶地说道：“那个岩石在发光耶，好不可思议哦。”
大木博士蹲下身子，仔细观察着发光的岩石，脸上露出了欣慰的笑容：“这个是发光青苔。”
“发光青苔？”莎莉娜充满好奇地问道。
佐竹也蹲下来，耐心地解释道：“太古时候的海边有很多这种东西，这是我们从化石分析中了解的。”
小智这时想起了之前佐竹提到的大发现，迫不及待地问道：“话说回来，你说的大发现是指……”
佐竹笑着摆摆手：“你们未免也太性急了吧。”
大木博士也笑着说道：“不瞒你说，我也很想赶快知道。”
佐竹神秘地笑了笑：“啊…不用太着急，只要站在这里，那个大发现就会自己出现的。各位，这里是完全仿照两百万年前的海岸的地方，你们要仔细看清楚了。”
就在众人翘首以盼的时候，平静的水面突然泛起了阵阵涟漪。
紧接着，从水里缓缓出来了两只菊石兽和一只多刺菊石兽。它们可爱的模样，在水中缓缓游动，仿佛是从远古走来的精灵。
“那个是…”莎莉娜瞪大了眼睛，满脸惊喜。
“是菊石兽和多刺菊石兽！”小智兴奋地喊道。
莎莉娜仔细端详着它们，惊叹道：“做得好像真的。”
小智眼神坚定，语气肯定地说道：“不，是真的神奇宝贝，这应该就是大发现了。”
佐竹惊讶地看着小智：“你居然看出这是真的神奇宝贝！”
小智自信地点点头：“嗯，我能感觉得出来。而且我也有收服过。”说着，他的脑海中不禁浮现出曾经与自己的神奇宝贝并肩作战的画面。
大木博士蹲下身子，和蔼地和菊石兽、多刺菊石兽打招呼。随后，他抬起头，看向佐竹问道：“佐竹同学，你是在哪里发现的这个菊石兽跟多刺菊石兽的？”
佐竹神情有些疑惑，回忆道：“其实，当我注意到的时候，它们已经跑进这里了，不知道是不是这里住起来太舒服了，它们都没有离开的意思，既然它们中意这个环境，我就决定在这里观察它们这些活化石。”
小智皱起眉头，担忧地说道：“可是，要是这里开放的话…”
佐竹无奈地点点头：“对，我想会引起大骚动的，也就是因为这个原因，才请博士过来，想要商量整个对策。”
大木博士站起身，目光柔和地看着菊石兽和多刺菊石兽，说道：“这个地方刚好成了培育它们的最佳环境。”
随后，佐竹带着众人来到了监控室。房间里，一排排监视器整齐排列，屏幕上实时显示着公园各个角落的画面。
大木博士看着监视器，说道：“你就是在这里进行菊石兽跟多刺菊石兽的观察啊。”
佐竹点点头：“是的，这些监视器本来是用来做保全的，现在成了24小时使用的观察摄影机。”
莎莉娜看着屏幕中可爱的菊石兽和多刺菊石兽，脸上露出了温柔的笑容：“看到它们那可爱的模样，我的心也跟着好安祥哦。”
突然，小智指着其中一个监视器的显示屏，激动地喊道：“啊！这个！这个！”
大木博士顺着小智指的方向看去，只见屏幕中又多了一只菊石兽和多刺菊石兽。
“啊！”大木博士也忍不住惊呼出声。
“还有另外一只菊石兽！”莎莉娜兴奋地说道。
“多刺菊石兽有两只！”小智满脸惊喜。
大木博士沉思片刻，转头问佐竹：“水是从哪引来的？”
佐竹回答道：“刚才跟您提过的后山的水源。”
就在这时，一位工作人员慌慌张张地跑了进来，气喘吁吁地说道：“佐竹主任，糟糕了！”
佐竹连忙问道：“怎么了？”
工作人员焦急地说：“设施内全部的供水完全都中断了。”
大木博士神情严肃地说道：“佐竹同学，带我们到水源去。”
“知道了。”佐竹应道。
众人迅速跟着佐竹来到停车场，坐上一辆越野车。佐竹发动车子，越野车在崎岖的山路上快速行驶。
一路上，车子颠簸得十分厉害，大木博士忍不住抱怨道：“这条路是怎么搞的嘛！”
“我快咬到舌头了。”大木博士苦着脸说道。
佐竹解释道：“这附近很少有人进来的。”
终于，越野车抵达了水源处。佐竹把车停好，众人下车后，眼前的景象让他们愤怒不已。
只见火箭队三人组——武藏、小次郎和喵喵正在忙碌着，水池边散落着许多宝特瓶，而水池里，许多菊石兽和多刺菊石兽被火箭队抓住，它们挣扎着，发出无助的叫声。
“火箭队！你们不是挑战道馆去了吗？”小智愤怒地喊道。
佐竹看着火箭队，一脸疑惑地问道：“你们是什么人啊？”
火箭队三人组摆出标志性的姿势，大声念起了开场白：“既然你诚心诚意地发问了！”
“我们就大发慈悲地告诉你！”
“为了防止世界被破坏！”
“为了守护世界的和平！”
“贯彻爱与真实的邪恶！”
“可爱又迷人的反派角色！”
“武藏！”
“小次郎！”
“我们是穿梭在银河的火箭队！白洞，白色的明天在等着我们！”
“就是这样！喵~”
莎莉娜指着水池说道：“你们看，好多菊石兽被抓了。”
“还有多刺菊石兽。”小智心疼地看着被抓的神奇宝贝。
小次郎继续炫耀道：“你们羡慕吧，水池里面多的抓不完。挑战道馆也不耽误我们捕捉宝可梦。 ”
武藏做了个鬼脸，嚣张地说道：“我们不会送给你们的。”
佐竹看着火箭队用来装水的宝特瓶，疑惑地问道：“那些宝特瓶是…”
喵喵得意地说道：“我们要在全国销售阿露福的名水，为我们创造光明的未来喵。”
“什么！”佐竹愤怒地握紧了拳头。
大木博士皱起眉头，分析道：“佐竹同学，古代神奇宝贝们可能是因为他们破坏了水源，才逃到神奇宝贝公园的吧。”
“居然做这种事！”佐竹怒不可遏。
武藏冷笑一声，喊道：“为了明天我们美好的感觉，今天你们就得体会讨厌的感觉了。去吧，阿柏怪！”她抛出神奇宝贝球，一只阿柏怪瞬间出现在众人面前，它吐着信子，眼神凶狠。
小次郎也不甘示弱，喊道：“双弹瓦斯也去吧！”双弹瓦斯摇摇晃晃地出现，身上散发着难闻的气味。
小智毫不畏惧，眼神坚定地喊道：“猫头夜鹰就决定是你了！”他抛出神奇宝贝球，一只帅气的猫头夜鹰展翅飞了出来。
战斗一触即发。阿柏怪率先发动攻击，它快速地冲向猫头夜鹰，身体如同一道黑色的闪电。
猫头夜鹰敏捷地闪避，然后迅速飞到空中，发出尖锐的鸣叫，使用了“空气斩”。强大的气流如同利刃般向阿柏怪和双弹瓦斯袭去。阿柏怪和双弹瓦斯连忙躲避，但还是被气流擦伤。
武藏和小次郎见势不妙，指挥着神奇宝贝继续反击。双弹瓦斯喷出大量的烟雾，试图迷惑猫头夜鹰。
然而，猫头夜鹰凭借着敏锐的视力和听力，在烟雾中准确地捕捉到了对手的位置。它俯冲而下，用利爪狠狠地抓向双弹瓦斯。双弹瓦斯疼得发出一声惨叫。
这时，阿柏怪绕到猫头夜鹰身后，想要发动偷袭。小刚见状，大喊道：“小心后面！”小智立刻反应过来，指挥猫头夜鹰使用“电光一闪”。
猫头夜鹰瞬间消失在原地，下一秒出现在阿柏怪身后，狠狠地撞击在阿柏怪身上。阿柏怪被撞得飞了出去，重重地摔在地上。
在激烈的战斗中，莎莉娜也在一旁为小智加油助威。经过一番激烈的较量，火箭队的神奇宝贝渐渐体力不支。
小智抓住机会，指挥猫头夜鹰发动了最后的攻击。猫头夜鹰使出全力，发出一道强大的“勇鸟猛攻”。巨大的力量将阿柏怪和双弹瓦斯直接击飞，火箭队三人组也被波及，摔倒在地。
“我们一定会回来的！”火箭队三人组不甘心地喊道，然后乘着热气球灰溜溜地逃走了。
众人看着火箭队离去的背影，松了一口气。他们急忙跑到水池边，解救被抓住的菊石兽和多刺菊石兽。
看着重新获得自由的神奇宝贝们欢快地游回水中，大家脸上都露出了欣慰的笑容。
莎莉娜看着水中的神奇宝贝，有些不舍地说道：“不知道这些神奇宝贝还会不会再来公园玩。”
佐竹摇摇头，眼神中带着一丝遗憾：“不，这里恢复平静以后，它们可能不会再回来了。”
“啊？”莎莉娜满脸惊讶。
佐竹望着远方，缓缓说道：“因为它们有它们该呆的地方，这底下不知道是一个什么样的地方。”
小智沉思片刻，说道：“让它们一直这个样子或许挺好的，让研究所的也都放到这里吧。”
大木博士赞同地点点头，语重心长地说道：“也可以，就让这保持原样吧，我们现代的人碰到这种情况很难不像刚才那样引起骚动的，为了保护菊石兽们的生活环境，什么都不做是最好的方法，我们绝对不可以去破坏过去还有现在的平衡。”
佐竹恭敬地说道：“是，您说的对，大木博士。”
夕阳西下，余晖洒在这片神奇的土地上，小智和莎莉娜带着满满的收获和对神奇宝贝更深的敬意。