宇宙监察署成立后的百年间，表面上维持着脆弱的和平，星学院也逐渐发展成集科研与防御为一体的中枢机构。然而，在看似平静的时空褶皱里，新的危机正在悄然酝酿。沈梦璃在例行检查中发现，宇宙各处的暗物质流动出现异常波动，这些波动以量子纠缠的形式连接在一起，形成一张覆盖整个星系群的隐秘网络。更令人不安的是，监察署的档案库中，关于初代观测者的记录正在被神秘力量篡改。
伊璇培育的新生永恒之树虽已亭亭如盖，却时常在深夜发出呜咽般的声响。树灵传递的意识碎片模糊不清，只重复着“深渊之眼...即将睁开”。她在树根处发现了一些黑色晶体，晶体中封存着扭曲的未来景象：无数文明被吸入一个散发着暗紫色光芒的漩涡，永恒之树在强光中化为灰烬。
雷掣改造后的量子核心出现了周期性的紊乱，每当他靠近宇宙中的某些特定坐标，核心就会自动生成加密信息，这些信息在解析后竟指向银河系最古老的球状星团——那里被初代观测者列为“绝对禁区”。他带领一支机械生命体小队秘密前往调查，却在星团外围遭遇了未知力量的攻击。攻击者的形态如同液态暗物质，能瞬间重组并吸收任何形式的能量攻击。
洛凛训练的新一代守护者在实战演练中，部分学员突然出现意识失控的症状。他们的瞳孔变成暗紫色，手中的共生武器释放出带有腐蚀性质的熵能。经过检测，这些学员都曾接触过一种来自宇宙黑市的神秘药剂，而药剂的成分中，赫然含有微量的熵念种子提取物。
林羽在查阅星学院古籍时，意外发现了一本用特殊星纹书写的日记。日记的主人是初代观测者的助手，其中记载着一个可怕的实验：观测者们曾试图将虚无之主的力量与宇宙的初始能量融合，创造出一种能“掌控命运”的终极存在。实验最终因不可控的后果被终止，但部分实验样本下落不明。
全宇宙文明联合议会再次因资源分配问题爆发冲突，监察署的调解收效甚微。一些激进派文明开始秘密组建军事同盟，他们声称“唯有强大的武力才能抵御未知威胁”，而这个所谓的“威胁”，直指星学院与守护者们。
沈梦璃通过协律中枢的量子计算，锁定了暗物质网络的核心位于一片被称为“寂静之渊”的星域。这片星域被一种特殊的能量场笼罩，所有进入的探测器都会失去信号。她将这一发现告知林羽时，监察署的数据库突然遭到大规模黑客攻击，关于寂静之渊的所有资料都被彻底清除。
伊璇带着新生永恒之树的枝条，试图通过树灵的力量定位深渊之眼的位置。在冥想中，她被拉入一个黑暗空间，那里漂浮着无数发光的眼睛，每只眼睛都倒映着不同文明的末日景象。当她试图靠近时，一只巨大的眼睛突然睁开，从中传出初代观测者的声音：“你们以为能阻止命运的齿轮？一切都在按照既定的剧本上演。”
雷掣在球状星团的探索中，发现了一座古老的环形建筑。建筑内部的墙壁上刻满了禁忌的星图，图中展示着虚无之主与宇宙能量融合的过程。在建筑的核心，他找到了一个正在缓慢充能的能量容器，容器中封印着一团混沌状的物质，其能量波动与熵念种子截然不同，却同样令人心悸。
林羽决定带领守护者们深入寂静之渊，揭开暗流背后的真相。他们的星舰刚进入星域边缘，就遭到了由暗物质构成的巨型触手攻击。这些触手不仅能吸收能量，还能将攻击转化为诡异的声波，直接冲击船员们的精神防线。与此同时，星学院遭到了不明势力的突袭，新生守护者们在叛徒的里应外合下节节败退。
在混乱中，林羽收到了一条来自未来的加密讯息，发件人显示为“林羽”。讯息中只有一句话：“不要相信任何人，深渊之眼的真相，将颠覆所有认知。”宇宙的命运再次被推向悬崖边缘，守护者们能否在信任崩塌与未知威胁的双重夹击下，找到破解危机的关键？而深渊之眼背后，究竟隐藏着怎样颠覆宇宙认知的终极秘密？