凌晨1点11分，南极洲毛德皇后地。寒风像凶猛的野兽一样吼叫着，卷着暴雪到处肆虐。天空中的极光竟然是暗红色的，看起来就像天空裂开了，流出鲜血一样，给这片荒凉的地方增添了许多恐怖的感觉。
11号穿着特别的防寒服，拿着激光切割器，想要切开万年冰层下面的合金闸门。切割的时候，寒气不停地往里钻，他呼吸器的面罩很快就结了一层厚厚的冰，眼睛都看不清了。每次呼吸都像在吞冰块，冷得胸腔发疼。他的战术靴和金属地板冻在了一起，一抬脚，撕扯的声音在空荡荡的通道里回荡，特别吓人。
护目镜上的警告红光不停地闪，还传来电子提示音：“体温降到临界值了，建议使用应急供血。”11号很冷静，低头咬破手腕内侧的保温剂注射器。药剂流进身体的时候，还能听到“咔嗒”的结晶声。就在这时，从三百米深的地方传来一阵隐隐约约的管风琴声，这声音居然和药剂结晶的声音节奏一模一样。11号握紧拳头，等身体暖和一些，就继续朝着前面的黑暗走去。
凌晨2点13分，11号来到了b-7层礼拜堂。这里到处都是冰雪，安静得可怕。他拿起液氮喷枪，对着冰墙喷了过去。液氮碰到冰墙，发出“嘶嘶”的声音，冰墙很快就化了，露出后面的暗门。
暗门后面传来一阵小孩的歌声，唱的是《奇异恩典》，声音特别纯净、空灵，在冰冷的空间里飘来荡去。11号小心地推开门，看到三十个穿着白袍的小孩整整齐齐地站在那里。等孩子们慢慢转过身，11号心里一紧——他们灰绿色的眼睛在紫外线灯下冷冰冰的，完全没有普通小孩该有的生气。
领头的男孩走过来，说：“欢迎回家，父亲。母亲在圣坛等你。”他脖子上的条形码闪着db-11-G9的光，声音又嫩又冷漠。说完，男孩用手指在冰雕的管风琴上划了一下，突然，音管里射出好多有毒的冰刺，像下雨一样朝11号飞过来。
11号反应很快，马上往旁边一滚躲开了。他的战术手套擦过琴键，冒出一串火花。他顺手扯下祭坛上的银质圣餐杯，用杯子反射激光，一下子烧穿了男孩手里的基因图谱。那些克隆小孩立刻乱成一团，身体不停地抽搐，耳朵里还流出蓝色的冷凝液，滴在冰面上“滋滋”响。
男孩跪在地上，冰晶从他的眼睛开始，慢慢爬上脸，他恨恨地说：“她们说疼痛是礼物，就像你当年...切开我们母亲的子宫...”
凌晨2点11分，基因孵化室里充满了诡异的蓝光。一个巨大的环形水舱里，戴安娜本人漂浮在里面。她怀着七个月的身孕，肚子上连着好多光纤，就像被当成了实验品。
戴安娜睁开眼睛，看到11号拿着匕首抵在水舱玻璃上，眼神里闪过复杂的情绪。11号本来很坚定的手，在看到胎儿监测屏的那一刻突然停住了——屏幕显示，胎儿的心跳节奏和他自己的脑电波完全一样，这可把他吓了一跳。
戴安娜的声音通过水波震动传出来：“这才是真正的方舟。等瘟疫把地面上的东西都消灭了，这些胚胎会带着觉醒基因...”说着，她突然痛苦地蜷成一团，羊水里渗出了血丝，“但是他等不及了...”
11号一边扫描水舱的控制系统，一边问：“你给自己设置了死亡程序？”戴安娜扯断锁骨下面的输液管，血在水里散开，她说：“是你教会我...工具不该有生育功能...”这时候，胎儿隔着玻璃伸出小手，掌纹和11号的一模一样，场面变得更加诡异了。
凌晨3点17分，11号刚走进低温武器库，防御系统就失控了，放出一大群纳米机器人。这些机器人在零下60c的空气里，很快变成了冰刃风暴，像一堵墙一样朝着11号压过来。
11号一点也不慌，找准时机撞碎了液氦储存罐。超流体碰到纳米机器人，引发了神奇的量子隧穿效应。只听“轰”的一声，冰刃风暴一下子变成了钻石粉尘，飘得到处都是。
这时候，一个工程师克隆体从通风管跳下来，手里拿着刻着纳粹标志的声波枪，疯狂地喊：“这是元首当年为了消灭劣等基因准备的...”11号扛起一具冰冻的尸体当盾牌，朝着工程师冲过去。打斗的时候，他发现工程师躲左边攻击的时候会慢0.3秒——这和他在伊斯坦布尔给d-11留下的伤口有关。11号抓住机会，一下子拧断了工程师的脖子。
然后，11号把工程师的眼睛按在武器库的虹膜锁上。只听一阵机械声，五百个冷冻舱从地下升了起来。每个舱里都有不同年龄的戴安娜克隆体，她们的肚子里都植入了发光的胚胎，看着让人浑身发冷。
凌晨3点11分，在核心数据库里，11号专心破解基因图谱，一个可怕的真相慢慢被揭开。原来，他身体里的“忏悔基因”，其实是纳粹科学家植入的终止代码。
全息屏上开始播放1945年的录像：快死的希特勒正在签署命令，把“弑神者计划”交给阿根廷的迈耶博士。这时候，戴安娜的投影出现了，她肚子上的伤口结着冰，说：“你才是终极疫苗。杀了我，胎儿携带的觉醒代码会通过空气传播...”
11号一边切割主服务器的管线，一边生气地说：“然后让六十亿人都变成听话的克隆体？”戴安娜的投影一闪一闪的，“不，是让人类有选择善恶的权利...”话还没说完，实验室突然剧烈震动，爆炸的气浪朝着11号冲过来。11号赶紧抢出核心数据盘。这时候，冰层裂缝里渗出金色的液体，碰到空气后，竟然长出了像神经一样的晶体——这就是查士丁尼瘟疫最原始的毒株，危险极了。
凌晨4点30分，冰原上暴风雪还在刮个不停。11号把胚胎培养舱埋进冰缝，完成了戴安娜临死前的数据传输。突然，他的护目镜上出现了柏林地堡的画面：几百个觉醒的克隆体从培养舱里走出来，他们额头的条形码都变成了“Ad-11”，场面又大又吓人。
戴安娜的遗言录音在风雪里断断续续地传来：“你听过创世纪的真正故事吗？上帝用亚当的肋骨造夏娃...是因为最早的胚胎实验...需要双螺旋的镜像...”11号拿出最后一支抑制剂，注射进身体。可他惊讶地发现，自己的血已经变成淡金色了。
他抬起头，看向东方。地平线上升起的不是太阳，而是柏林方向基因武器爆炸形成的极光漩涡，就像世界末日要来了一样。11号握紧拳头，眼神坚定地望着远方，他知道，这场决定人类命运的战斗，才刚刚开始。