小蓝消失后的日子，魔仙堡被一层沉重的阴霾笼罩。美琪常常抱着小蓝留下的魔仙棒发呆，美雪反复查阅古籍寻找复活之法，游乐则整日在训练场疯狂射击，凌枫的笛声中再也没有了往日的轻快，只剩下无尽的哀伤与思念。
然而，危机并不会因为伤痛而停止脚步。一日，魔法协会紧急召唤众人，会长的脸色凝重如铁：“各位，大事不妙！守护魔法世界四大元素平衡的‘元素宝石’——赤焰石、幽蓝晶、青木髓、玄冰魄，全部不翼而飞！”
美雪推了推眼镜，魔法笔记本快速运转：“元素宝石分别封印在火山之巅、深海秘境、精灵森林核心与冰川极地，其防护结界堪称固若金汤，若非强大的魔法力量，绝不可能被盗。”她突然想到什么，脸色骤变，“难道……是哈莱王后？在小蓝封印暗月之匙后，她很可能趁机……”
“不管是谁，我们必须尽快找回宝石！”游乐握紧拳头，“元素失衡会导致魔法世界灾难频发，火山喷发、海水倒灌、森林枯萎、冰川融化……人类世界也会受到牵连！”
众人兵分四路，前往四大宝石的封印之地调查。美琪和凌枫来到精灵森林，往日生机勃勃的森林如今一片死寂，树木失去了翠绿，花朵凋零，就连最活泼的小精灵们也躲了起来。在森林核心，封印青木髓的魔法阵被破坏，只剩下一圈焦黑的痕迹。“这是黑暗魔法的灼烧痕迹。”凌枫蹲下身子仔细查看，“而且对方刻意抹去了大部分魔法波动，但……”他突然抬头，“我在树洞中发现了一丝残留的气息，很微弱，却很熟悉——和灰衣人的手下，暗影狐狸有关！”
与此同时，游乐独自潜入深海秘境。他的魔动枪在水中受到限制，只能依靠魔法护盾艰难前行。在海底宫殿，封印幽蓝晶的贝壳已经破碎，周围漂浮着被撕碎的魔法符咒。“这些符咒是哈莱星的加密咒文。”游乐冷哼一声，“看来哈莱王后果然参与其中。”突然，他感觉到一股危险的气息逼近，迅速转身，只见一群哈莱星机械鱼人张牙舞爪地扑来。
美雪则来到冰川极地，寒风如刀，冰雪中透着诡异的紫色光芒。封印玄冰魄的冰棺空空如也，冰棺周围的魔法铭文正在以肉眼可见的速度消散。美雪用魔法笔记本扫描，发现了一些奇特的能量波动：“这不是哈莱星的魔法，也不是灰衣人的，倒像是……某种古老而神秘的力量。”她的话音未落，脚下的冰层突然裂开，一只巨大的冰霜怪物破土而出。
而在火山之巅，本应喷发的火山陷入了诡异的沉寂。负责调查的魔法协会成员们正在争论不休，看到众人赶来，立刻围了上来：“自从宝石消失，火山的火焰就熄灭了，我们担心随时会发生地壳变动！”
众人在魔仙堡汇合，交换信息。线索杂乱无章，却又隐隐指向多个势力。“现在怎么办？”美琪焦急地问，“元素失衡的迹象已经开始显现，南方的农田干旱龟裂，北方的海域却掀起了巨大的海啸。”
凌枫突然想起什么：“我在星际魔法学院时，曾听闻过一个传说。在宇宙的边缘，有一个名为‘时空夹缝’的地方，那里不受任何法则约束，是藏匿赃物的绝佳地点。或许，宝石就在那里？”
但进入时空夹缝谈何容易，那是连奥玛都不敢轻易涉足的危险之地。美雪调出魔法笔记本中的资料：“根据古籍记载，进入时空夹缝需要集齐三件信物——星尘罗盘、月光钥匙、太阳徽章。星尘罗盘在魔法协会手中，月光钥匙据说在精灵女王那里，而太阳徽章……已经失落了千年。”
“不管多难，我们都要找到信物！”游乐的眼神坚定，“小蓝为了守护世界牺牲自己，我们绝不能让她的付出白费！”
于是，众人再次踏上征程。寻找信物的道路充满艰难险阻，不仅要面对来自各方势力的阻挠，还要应对元素失衡带来的自然灾害。在寻找月光钥匙时，精灵森林突然爆发了一场由黑暗魔法引发的瘟疫，美琪和凌枫一边与暗影狐狸的手下战斗，一边救助感染的小精灵；游乐在前往魔法协会的途中，遭遇了哈莱星的埋伏，魔动枪再次派上用场，在枪林弹雨中杀出一条血路；美雪则在古老遗迹中寻找太阳徽章的线索，却陷入了重重机关陷阱。
而在暗处，灰衣人、哈莱王后，还有那股神秘的力量，都在注视着他们的一举一动，一场更大的阴谋，正在时空夹缝的阴影中悄然酝酿……