桓玄搬回上宫，把侍官们都召集到省中。任命扬州刺史新安王桓谦为征讨都督，让殷仲文代替桓修担任徐、兖二州刺史。桓谦等人请求赶紧派兵攻打刘裕，桓玄却说：“他们的士兵士气太猛了，这是抱着必死的决心来的。要是咱们这儿出点差错，那他们士气大振，咱们可就彻底没戏了。不如在覆舟山屯驻大军，等着他们来。他们白白跑了二百里地，啥也捞不着，锐气就会受挫。这时候突然看到咱们的大军，肯定得吓一跳。咱们按兵不动，摆好坚固的阵势，别跟他们正面交锋。他们求战不得，自然就会散去，这才是上策。”桓谦等人还是坚持要出击，桓玄没办法，只好派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后带兵北上。桓玄这时候害怕得不行。有人就安慰他说：“刘裕他们就是一群乌合之众，势力弱小，肯定成不了事儿，陛下您干嘛这么担心啊！”桓玄说：“刘裕那可是能称霸一世的英雄，刘毅家里穷得叮当响，赌博的时候却能一掷百万，何无忌跟他舅舅刘牢之简直一模一样。他们一起干大事，怎么会成不了呢！”
南凉王秃发傉檀忌惮后秦势力强大，就去掉了自己的年号，撤销了尚书丞郎等官职，还派参军关尚出使后秦。秦王姚兴质问关尚：“车骑将军（指秃发傉檀）向我表示归降称臣，却擅自兴兵修建大城，这难道是做臣子该有的态度吗？”关尚回答说：“王公们设置险阻来守卫自己的国家，这是先王定下的规矩。车骑将军地处偏远的藩地，又紧挨着强大的敌人，修建大城是为国家设置多一道防御，没想到陛下您却对此有所怀疑。”姚兴觉得他说得有道理。秃发傉檀请求兼任凉州刺史，姚兴没答应。
之前，袁真杀了朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃去投奔桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰就把袁真的棺材挖出来，鞭尸泄愤。桓温很生气，要杀了朱绰，桓冲出面求情才免了他一死。从此朱绰侍奉桓冲就像侍奉父亲一样，桓冲去世后，朱绰伤心到吐血而死。刘裕攻下京口后，让朱绰的儿子朱龄石当了建武参军。三月戊午初一，刘裕的军队在江乘和吴甫之碰上了。开战前，朱龄石对刘裕说：“我们家世代受桓家的厚恩，我实在不想拿刀跟他们对着干，请求让我留在队伍后面。”刘裕觉得他挺重情义，就答应了。吴甫之是桓玄手下的猛将，他带的兵也特别精锐。刘裕手里拿着长刀，大喊着冲向敌阵，敌人纷纷躲避，刘裕当场就把吴甫之给斩了，然后进军到罗落桥。皇甫敷带着几千人迎战，宁远将军檀凭之战败身亡。但刘裕越战越勇，皇甫敷把他围了好几层，刘裕背靠大树，顽强抵抗。皇甫敷说：“你想怎么个死法！”说着就拔出戟要刺刘裕，刘裕瞪大眼睛，大声呵斥，皇甫敷被吓得后退。不一会儿，刘裕的援兵到了，一箭射中皇甫敷的额头，他摔倒在地，刘裕趁机提刀上前。皇甫敷说：“你有天命在身，我把子孙托付给你了。”刘裕杀了他之后，好好安抚了他的遗孤。刘裕把檀凭之原来带领的兵交给参军檀祗统领。檀祗是檀凭之的侄子。
桓玄听说两位大将战死，吓得不轻，赶紧召集各路道士术士，又是推算吉凶，又是搞厌胜之术。他还问大臣们：“我是不是要败了啊？”吏部郎曹靖之回答说：“现在民怨沸腾，连神灵都发怒了，我实在害怕。”桓玄问：“老百姓有怨气还能理解，神灵为啥发怒呢？”曹靖之回答：“晋朝的宗庙漂泊在江边，咱们大楚祭祀，都不包括祖宗，这就是神灵发怒的原因啊。”桓玄又问：“你为啥不早劝我？”曹靖之回答：“您身边那些大臣都觉得现在是尧、舜一样的太平盛世，我哪敢说啊！”桓玄听了，沉默不语。他派桓谦以及游击将军何澹之驻守东陵，侍中、后将军卞范之驻守覆舟山西面，兵力总共两万人。
三月己未，刘裕的军队吃完饭后，把剩下的粮食都扔了，进军到覆舟山东面。刘裕让老弱残兵登山，多树旗帜，制造疑兵，分好几路一起向前，把山谷都填满了。桓玄的侦察兵回去报告说：“刘裕的军队到处都是，不知道有多少人。”桓玄更加担忧害怕，又派武卫将军庾赜之率领精锐士兵去增援各路军队。桓谦等人的士兵大多是北府兵旧部，向来敬畏刘裕，这会儿都没了斗志。刘裕和刘毅等人把军队分成好几队，向桓谦的阵地发起突击。刘裕身先士卒，将士们也都拼死作战，个个以一当百，喊杀声震天动地。当时东北风刮得很急，刘裕就下令放火，大火熊熊燃烧，浓烟冲天，战鼓声和喊杀声震动了京城，桓谦等人的各路军队一下子就崩溃了。
桓玄虽然派兵去抵挡刘裕，但心里早就想好了要逃跑。他偷偷让领军将军殷仲文在石头城准备好船只。听说桓谦等人战败后，桓玄带着几千亲信，假装要去参战，实际上带着儿子桓昇、侄子桓浚从南掖门出逃。路上碰到前相国参军胡籓，胡籓抓住他的马缰绳劝说道：“现在羽林军中还有八百能射箭的士兵，他们都愿意为正义而战。西部地区的人受了您桓家几代的恩情，不带着他们去拼一战，就这么舍弃他们，您能心安吗！”桓玄不回答，只是举着马鞭指向天空，然后挥鞭催马就跑，往西直奔石头城，和殷仲文等人乘船往江南逃走了。桓玄一整天没吃东西，手下人给他送来糙米饭，桓玄却难以下咽，桓昇抱着他的胸口安抚他，桓玄悲伤得难以自抑。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接刘裕，刘裕在马上抱着王方回，和王仲德相对而哭。刘裕追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕进驻桓谦原来的营地，派刘钟占据东府。三月庚申，刘裕驻军石头城，设立留台和百官，把桓温的神主牌位在宣阳门外焚烧，重新制作晋朝的神主牌位，放入太庙。刘裕还派将领们去追击桓玄，尚书王嘏率领百官去迎接皇帝，把桓玄在建康的族人都杀了。刘裕让臧熹进宫，收集图书、器物，封闭府库。看到有装饰着金子的乐器，刘裕问臧熹：“你是不是想要这个？”臧熹一脸严肃地说：“皇上被幽禁逼迫，流亡在外，将军您首先倡导大义，为国家不辞辛劳，我虽然没什么才能，但实在对这乐器没兴趣。”刘裕笑着说：“跟你开个玩笑而已。”臧熹是臧焘的弟弟。
三月壬戌，桓玄的司徒王谧和众人商议，推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞。于是就让王谧担任侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧又推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕刚到建康的时候，各种重大决策都交给刘穆之处理。刘穆之在仓促之间把事情安排得妥妥当当，大家都很满意。刘裕从此把他当作心腹，一举一动都向他请教。刘穆之也尽心尽力，毫无保留。当时晋朝的政务松弛，法纪不立，豪门大族肆意放纵，老百姓穷困潦倒，再加上司马元显政令错误百出。桓玄虽然想整治，但制定的条规又繁琐又严苛，没人愿意遵从。刘穆之就根据当时的实际情况，随时加以纠正。刘裕以身作则，先用威严的禁令来治理。没过十天，内外百官都恭恭敬敬地履行职责，社会风气一下子就改变了。
之前，诸葛长民到豫州后，错过了约定的起事日期，没办法按计划行动。刁逵抓住了诸葛长民，把他关在囚车里，准备送给桓玄。囚车走到当利的时候，桓玄已经战败，押送的人一起砸开囚车，救出了诸葛长民，诸葛长民转头又赶回历阳。刁逵弃城逃跑，被他的部下抓住，在石头城被斩首，他的子侄不论大小都被处死，只有最小的弟弟给事中刁骋被赦免。刁逵原来的下属把他弟弟的儿子刁雍藏起来，送到洛阳，秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名声不显，地位低下，还行为轻佻，品行不佳，上流社会的人都不怎么搭理他，只有王谧特别看重他，对刘裕说：“你将来肯定是一代英雄。”刘裕曾经和刁逵赌博，没钱按时付赌债，刁逵就把他绑在马桩上。王谧看到后，责备了刁逵，把刘裕放了，还替他还了赌债。因此，刘裕对刁逵恨得牙痒痒，却对王谧感恩戴德。
萧方等评论说：蛟龙潜伏的时候，鱼虾都会冒犯它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝赦免梁鹄，怎么能因为平民时候的嫌隙，就结下帝王与臣子之间的仇怨呢！现在王谧成了三公，刁逵却灭了族，刘裕这样报恩报仇，心胸也太狭隘了吧！
尚书左仆射王愉和他儿子荆州刺史王绥密谋袭击刘裕，事情泄露后，被灭族。王绥弟弟的儿子王慧龙被和尚僧彬藏起来，才逃过一劫。
北魏因为中原地区经济萧条，下诏说，凡是人口不满百户的县，一律撤销。
三月丁卯，刘裕把驻地迁到东府。
【内核解读】
这段史料生动还原了东晋末年桓玄篡权与刘裕起兵反击的关键历程，字里行间不仅展现了军事交锋的激烈，更暗藏着权力游戏中人性的复杂、战略的得失与时代的转折。透过历史的细节，我们能看到决定成败的核心因素往往超越兵力强弱，直指人心向背与领导者的格局境界。
战略短视：桓玄的败亡伏笔
桓玄在面对刘裕起兵时，最初提出的“屯兵覆舟山”策略本是极具可行性的高招。他准确预判到刘裕军队“空行二百里，锐气必挫”的疲态，主张以静制动、消耗对手，这体现了他对军事规律的基本认知。然而，在下属的坚持下，他轻易放弃了正确决策，派遣吴甫之、皇甫敷仓促应战，暴露了其性格中优柔寡断、缺乏主见的致命缺陷。
更具讽刺意味的是，桓玄在战前已清醒认识到对手的可怕——“刘裕足为一世之雄，刘毅樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅”，这种对敌人实力的精准判断，与其后续慌乱失措的应对形成强烈反差。当战事不利时，他寄望于“道术人推算及为厌胜”，向群臣追问“朕其败乎”，这种将希望寄托于迷信而非实际行动的行为，彻底瓦解了军心士气。曹靖之“民怨神怒”的直言，点出了桓玄败亡的根本：篡晋自立失去正统性，“晋氏宗庙飘泊，大楚之祭不及祖”的礼制缺失，使其政权从根基上丧失了合法性。
刘裕的崛起密码：勇谋兼具与人心经营
刘裕的胜利绝非偶然，而是其军事才能、人格魅力与政治智慧的综合体现。在江乘之战中，他“手执长刀，大呼以冲之”，以悍勇之气冲破敌阵，亲手斩杀吴甫之；罗落桥之围时，面对皇甫敷的生死威胁，他“瞋目叱之”震慑敌胆，最终反败为胜。这种身先士卒的勇猛，成为凝聚军心的旗帜。
更难得的是刘裕的格局与分寸。袁龄石因“世受桓氏厚恩”请求避战，他“义而许之”，展现出对忠义之人的尊重；斩杀皇甫敷后“厚抚其孤”，体现了对敌将家属的人道关怀；进入建康后，他没有急于清算旧怨，而是先“立留台百官，造晋新主纳于太庙”，迅速恢复朝廷秩序，稳定人心。在处理战利品时，面对金饰乐器与臧熹的对话，既试探了下属品性，又展现了“以大义为先”的姿态，寥寥数语尽显政治智慧。
刘裕对人才的信任同样关键。他将“诸大处分皆委于刘穆之”，而刘穆之“斟酌时宜，随方矫正”，短短十日内便扭转“晋政宽驰”的积弊，使“风俗顿改”。这种“用人不疑、疑人不用”的气度，与桓玄的猜忌忧惧形成鲜明对比，成为双方成败的重要分野。
恩怨纠葛中的人性百态
这段历史中的人物命运，折射出权力场域中恩怨情仇的复杂交织。袁绰因桓冲救命之恩，“事冲如父，冲薨呕血而卒”，其子袁龄石却效力于刘裕阵营，这种家族忠义与现实选择的矛盾，在“乞在军后”的请求中得到温和化解，展现了乱世中人性的温情角落。
王谧与刁逵对刘裕的不同态度，导致了截然不同的结局。王谧早年赏识刘裕，在他被刁逵捆绑时“责逵而释之，代之还直”，这份知遇之恩换来了刘裕掌权后“以谧为侍中、领司徒”的回报；而刁逵因早年羞辱刘裕、囚禁诸葛长民，最终落得“斩于石头，子侄无少长皆死”的下场。萧方等评论“醻恩报怨何其狭哉”虽有道理，但在乱世争霸中，这种恩怨分明的态度，恰恰是刘裕团结人心、树立权威的手段。
历史启示：合法性与治理效能的永恒命题
桓玄的速败与刘裕的崛起，揭示了政权更迭的核心逻辑：合法性来源于人心认同与正统传承，而治理效能则取决于制度设计与执行力度。桓玄试图以繁密科条“厘整”朝政却“众莫之从”，而刘裕通过刘穆之“随方矫正”与自身“以身范物”，迅速实现“内外百官肃然奉职”，证明了“治乱世用重典”需与柔性治理相结合。
南凉王傉檀“去年号、罢尚书丞郎官”向秦称藩的选择，则反映了弱小政权在强权夹缝中的生存智慧。关尚对秦王兴的应答“王公设险以守其国，盖为国家重门之防”，以大义包装自保意图，展现了外交辞令的艺术，也从侧面说明：即使在军事对抗中，话语体系的构建同样至关重要。
这段历史最终指向一个结论：权力的本质是人心的凝聚。刘裕之所以能以弱胜强，不仅在于军事谋略的高明，更在于他懂得尊重忠义、体恤民情、任用贤能，在乱世中竖起了“重建秩序”的旗帜。而桓玄的失败，则印证了失去人心认同的政权，即便拥有强大兵力，也终将如沙上建塔，难逃崩塌的命运。