垂拱三年丁亥（公元687年）
春，闰正月丁卯日，朝廷册封皇子李成美为恒王，李隆基为楚王，李隆范为卫王，李隆业为赵王。
二月丙辰日，突厥首领骨笃禄等人侵犯昌平，朝廷任命左鹰扬大将军黑齿常之率领各路军队讨伐他们。
三月乙丑日，纳言韦思谦以太中大夫的官职退休。
夏四月，朝廷命令苏良嗣留守西京长安。当时尚方监裴匪躬负责管理京郊园林，打算售卖园中的蔬菜水果来获利。苏良嗣说：“从前公仪休担任鲁国宰相，还能拔掉自家菜园的葵菜、赶走织布的妻子，从没听说过天子售卖蔬菜水果的。”于是裴匪躬的计划作罢。
壬戌日，裴居道担任纳言。五月丙寅日，夏官侍郎京兆人张光辅升任凤阁侍郎、同平章事。
凤阁侍郎、同凤阁鸾台三品刘祎之私下对凤阁舍人永年人贾大隐说：“太后已经废黜昏君、拥立明君，何必还要临朝听政、行使皇帝权力！不如归还政权，来安定天下人心。”贾大隐秘密向太后上奏了这番话，太后很不高兴，对身边人说：“刘祎之是我提拔的，竟然背叛我！”有人诬告刘祎之接受归诚州都督孙万荣的金银，还和许敬宗的妾有私情，太后命令肃州刺史王本立审理此案。王本立向刘祎之出示太后的敕令，刘祎之说：“不经过凤阁、鸾台审核签发，怎么能叫敕令！”太后大怒，认为他抗拒朝廷使者；庚午日，赐刘祎之在家中自尽。刘祎之刚入狱时，唐睿宗为他上疏申辩，亲友们都向他道贺，刘祎之说：“这正是加速我死亡的原因啊。”临刑前，他沐浴更衣，神色镇定自如，亲自起草谢恩表，很快就写了好几张纸。麟台郎郭翰、太子文学周思均称赞他的文章。太后听说后，将郭翰降职为巫州司法参军，周思均降职为播州司仓参军。
秋七月壬辰日，魏玄同代理纳言一职。
岭南的俚族百姓过去只缴纳一半赋税，交趾都护刘延佑强迫他们缴纳全额赋税，俚族百姓不从，刘延佑诛杀了他们的首领。首领的同党李思慎等人发动叛乱，攻破安南府城，杀死了刘延佑。桂州司马曹玄静率领军队讨伐李思慎等人，将他们斩杀。
突厥首领骨笃禄、元珍侵犯朔州；朝廷派遣燕然道大总管黑齿常之率军迎击，任命右鹰扬大将军李多祚为副将，在黄花堆大败突厥军队，追击四十多里，突厥人全都逃散到沙漠以北。李多祚世代担任靺鞨酋长，凭借军功得以进入宫中担任警卫。黑齿常之每次得到赏赐，都会分给将士们；他有一匹好马被士兵损伤，下属请求鞭打那个士兵，黑齿常之说：“怎么能因为私人的马而鞭打朝廷的士兵呢！”最终没有追究。
九月己卯日，虢州人杨初成谎称自己是郎将，伪造皇帝诏令在集市上招募人手，准备到房州迎接庐陵王李显；事情败露后，被处死。
冬十月庚子日，右监门卫中郎将爨宝璧与突厥首领骨笃禄、元珍交战，全军覆没，爨宝璧单人匹马逃回。
爨宝璧见黑齿常之立下战功，便上表请求乘胜追击残余的敌人。朝廷下诏让他与黑齿常之商议，从远方进行声援。爨宝璧想独占功劳，不等黑齿常之，率领一万三千名精兵先行出发，出塞两千多里，偷袭突厥部落；到达目的地后，又先派人通报突厥人，让他们得以严密防备，双方交战，爨宝璧最终战败。太后诛杀了爨宝璧；将骨笃禄改名为“不卒禄”。
朝廷命令魏玄同留守西京长安。
武承嗣又派人诬告李孝逸自称“名字里有‘兔’，兔是月亮中的生物，应当有天子的名分”。太后因为李孝逸有功劳，十一月戊寅日，减免他的死罪，撤销官职和爵位，流放儋州，李孝逸最终死在那里。
太后打算派遣韦待价率军攻打吐蕃，凤阁侍郎韦方质上奏，请求按照旧制派遣御史监督军队。太后说：“古代贤明的君主派遣将领，将京城之外的军事事务全部委托给将领。近来听说御史监督军队，军中大小事务都要向御史禀报。以下级节制上级，这不符合典章制度；况且这样又怎能要求将领立下战功呢！”于是废除了御史监军的制度。
这一年，天下发生大饥荒，山东、关内地区尤为严重。
垂拱四年戊子（公元688年）
春正月甲子日，朝廷在神都洛阳建立唐高祖、唐太宗、唐高宗三座宗庙，春夏秋冬四季的祭祀礼仪和西京长安的宗庙相同。又建立崇先庙，用来祭祀武氏的祖先。太后命令有关部门商议崇先庙的殿室数量，司礼博士周悰请求设七间殿室，还建议将唐朝太庙的殿室减为五间。春官侍郎贾大隐上奏说：“按照礼仪，天子设立七座宗庙，诸侯设立五座宗庙，这是历代帝王不变的规矩。如今周悰引用没有根据的议论，违背经典记载，只是为了抬高太后临朝听政的权宜礼仪，不遵守国家的常规制度。皇太后亲自接受先帝的托付，弘扬伟大的谋划，崇先庙的殿室数量应当按照诸侯的标准，国家的太庙不应该随意变更。”太后于是作罢。
唐太宗、唐高宗时期，多次打算建造明堂，儒生们讨论明堂的形制规格，始终没有定论，此事便搁置了。到太后临朝听政时，独自与北门学士商议明堂的形制，不征求儒生们的意见。儒生们认为明堂应当建在国都南郊的丙己方位，距离皇宫三里之外、七里之内。太后认为这个位置离皇宫太远。二月庚午日，朝廷拆毁乾元殿，在原址建造明堂，任命僧人怀义为工程总管，总共征调了数万名役工。
夏四月戊戌日，朝廷处死太子通事舍人郝象贤。郝象贤是郝处俊的孙子。
起初，太后对郝处俊心怀怨恨，恰逢郝象贤的家奴诬告他谋反，太后命令周兴审理此案，最终判定郝象贤灭族之罪。郝象贤的家人前往朝堂，向监察御史乐安人任玄殖申诉冤情。任玄殖上奏说郝象贤没有谋反的迹象，因此被免职。郝象贤临刑前，大声辱骂太后，揭露宫中的隐秘丑闻，还抢夺街上百姓的柴火击打行刑的人；金吾卫士兵一起上前将他打死。太后命令将他的尸体肢解，挖开他父亲、祖父的坟墓，毁坏棺材、焚烧尸体。从此以后，直到太后统治结束，法官每次处决犯人，都会先用木丸塞住犯人的嘴。
武承嗣派人在白色石头上刻字：“圣母临人，永昌帝业。”用紫石粉末混合药物填充在刻字的缝隙中。庚午日，派雍州人唐同泰捧着奏表献上这块石头，声称是在洛水中得到的。太后非常高兴，将这块石头命名为“宝图”，提拔唐同泰为游击将军。五月戊辰日，太后下诏，将亲自前往洛水祭拜，接受“宝图”；在南郊举行祭祀大典，先祭拜昊天上帝；礼仪结束后，前往明堂，接受群臣朝见。命令各州都督、刺史以及宗室成员、外戚在祭拜洛水的前十天聚集到神都洛阳。乙亥日，太后加尊号为“圣母神皇”。
六月丁亥朔日，发生日食。
壬寅日，朝廷制作了神皇的三枚玉玺。
东阳大长公主被削减封邑，和她的两个儿子一起被迁徙到巫州。东阳大长公主品行端正，太后因为她是高氏的人，所以厌恶她。
河南道巡抚大使、冬官侍郎狄仁杰因为吴、楚地区有很多不合礼制的祭祀庙宇，上奏朝廷焚烧了其中的一千七百多所，只保留了夏禹、吴太伯、季札、伍员四座祠堂。
秋七月丁巳日，朝廷大赦天下。将“宝图”改名为“天授圣图”；洛水改名为永昌洛水，册封洛水之神为显圣侯，加授特进官衔，禁止在洛水中捕鱼垂钓，祭祀礼仪等同于长江、黄河、淮河、济水四渎。将发现“天授圣图”的地方命名为“圣图泉”，在泉边设置永昌县。又将嵩山改名为神岳，册封嵩山之神为天中王，授予太师、使持节、神岳大都督的称号，禁止在山上放牧。又因为之前在汜水得到祥瑞石头，将汜水改名为广武。
太后暗中谋划取代李唐王朝，逐渐铲除宗室成员。绛州刺史韩王李元嘉、青州刺史霍王李元轨等人内心不安，暗中有恢复李氏王朝的志向。
李譶故意写信给李贞说：“内人病情越来越重，应当尽快治疗，如果拖延到今年冬天，恐怕会变成顽疾。”等到太后召集宗室成员前往明堂朝见，诸王相互惊扰说：“神皇打算在祭祀大典的时候，让人告密，将宗室成员全部逮捕，斩尽杀绝。”李譶伪造皇帝的玺书给李冲说：“我被幽禁起来，诸王应当各自发兵救我。”李冲又伪造皇帝的玺书说：“神皇打算夺取李氏的天下，交给武氏。”八月壬寅日，李冲召集长史萧德琮等人，命令他们招募士兵，分别告知韩王、霍王、鲁王、越王以及贝州刺史纪王李慎，让他们各自起兵，一同进军神都洛阳。太后听说后，任命左金吾将军丘神积为清平道行军大总管，率军讨伐李冲。
李冲招募到五千多名士兵，打算渡过黄河夺取济州；先攻打武水县，武水县令郭务悌前往魏州求救。莘县县令马玄素率领一千七百名士兵在中途截击李冲，又担心兵力不足，于是进入武水县，关闭城门坚守。李冲推来草车堵塞武水城南门，趁着风势放火焚烧城门，想乘火势冲入城中；但火起后风向反转，李冲的军队无法前进，士气因此低落。堂邑人董玄寂跟随李冲率军攻打武水，对别人说：“琅邪王与朝廷交战，这就是谋反啊。”李冲听说后，将董玄寂斩首示众，士兵们感到恐惧，纷纷逃入草丛沼泽，无法阻止，只剩下李冲的家仆和身边几十人。李冲逃回博州，戊申日，到达城门时，被守门人杀死，起兵总共七天就失败了。丘神积到达博州后，当地官吏穿着白色丧服出城迎接，丘神积挥刀将他们全部杀死，总共攻破了一千多家。
越王李贞听说李冲起兵，也在豫州起兵，派兵攻陷上蔡县。九月丙辰日，太后任命左豹韬大将军麴崇裕为中军大总管，岑长倩为后军大总管，率领十万军队讨伐李贞，又任命张光辅为各路军队的节度使。朝廷削除李贞、李冲在宗室名册中的名字，将他们的姓氏改为“虺”。李贞听说李冲战败，打算捆绑自己前往京城请罪，恰逢他任命的新蔡县令傅延庆招募到两千多名勇士，李贞于是向众人宣称：“琅邪王已经攻破魏、相等几个州，拥有二十万军队，很快就会到达这里。”他征调下属各县的士兵，总共得到五千人，分为五个营寨，派汝阳县丞裴守德等人率领，任命了五百多名九品以上的官员。这些被任命的官员都是被迫的，没有斗志，只有裴守德和他同谋，李贞将女儿嫁给裴守德，任命他为大将军，把他当作心腹。李贞让道士和僧人诵经祈祷起兵成功，身边的人以及士兵都佩戴避兵符。麴崇裕等人的军队到达豫州城东四十里的地方，李贞派小儿子李规和裴守德率军抵抗，结果军队溃败而回。李贞非常害怕，关闭府门坚守。麴崇裕等人抵达城下，身边的人对李贞说：“大王怎么能坐着等待被杀受辱呢！”李贞、李规、裴守德以及他们的妻子都自杀了。李贞和李冲的头颅都被悬挂在东都洛阳的宫门前示众。
起初，范阳王李蔼派使者对李贞和李冲说：“如果天下诸王同时起兵，事情没有不成功的。”诸王相互约定结盟，但还没等商议妥当，李冲就率先起兵，只有李贞仓促响应，其他诸王都不敢发动，因此失败。
李贞将要起兵时，派使者告知寿州刺史赵环，赵环的妻子常乐公主对使者说：“替我转告越王：从前隋文帝打算篡夺北周的天下，尉迟迥是北周的外甥，尚且能起兵匡救北周。虽然没有成功，但威震天下，足以成为忠烈之士。何况你们诸王都是先帝的儿子，怎能不把国家放在心上！如今李氏王朝危在旦夕，你们诸王不舍生取义，还犹豫不决、不敢起兵，想要等到什么时候呢！灾祸就要降临了，大丈夫应当做忠义之鬼，不要白白死去。”
李贞战败后，太后打算将韩王、鲁王等诸王全部诛杀，命令监察御史蓝田人苏珦审理他们的秘密谋反案件。苏珦经过审讯，没有找到确凿的证据，有人诬告苏珦与韩王、鲁王勾结，太后召见苏珦责问，苏珦直言争辩，毫不退缩。太后说：“你是品行高尚的人，我会另有任用，这个案件不用你审理了。”于是命令苏珦前往河西担任监军，改派周兴等人审理此案。随后，朝廷在东都洛阳逮捕了韩王李元嘉、鲁王李灵夔、黄公李譶、常乐公主，强迫他们全部自杀，他们的亲信党羽也都被诛杀。
朝廷任命文昌左丞狄仁杰为豫州刺史。当时正在惩治越王李贞的党羽，应当连坐定罪的有六七百家，被登记没收家产的有五千人，司刑寺催促尽快执行刑罚。狄仁杰秘密上奏说：“他们都是被牵连的无辜之人，我想公开上奏，又像是在为叛逆者申辩；明知实情却不禀报，又恐怕违背陛下仁爱怜悯的旨意。”太后特意赦免了他们，将他们全部流放到丰州。这些人路过宁州时，宁州的父老乡亲迎接慰劳他们说：“是我们的狄使君救了你们啊？”众人相互搀扶着在德政碑下痛哭，设斋祭祀了三天才继续前行。
当时张光辅还在豫州，将士们凭借军功，大肆索取财物，狄仁杰一概不予回应。张光辅大怒说：“州刺史敢轻视元帅吗？”狄仁杰说：“扰乱河南的，只有一个越王李贞而已，如今一个李贞死了，却生出一万个李贞！”张光辅追问他这话的意思，狄仁杰说：“明公统领三十万大军，所诛杀的不过是越王李贞一人。城中百姓听说官军到来，纷纷翻越城墙出城投降，道路都被踩成了小路，而明公却放纵将士残暴抢掠，杀死已经投降的人来邀功，鲜血流遍原野，这不是一万个李贞又是什么！我恨不得拿到尚方斩马剑，架在明公的脖子上，即便死了也心甘情愿！”张光辅无法反驳，返回京城后，上奏说狄仁杰傲慢无礼，狄仁杰被降职为复州刺史。
丁卯日，左肃政大夫骞味道、夏官侍郎王本立一同担任同平章事。
太后召集宗室成员前往明堂朝见时，东莞公李融秘密派使者询问成均助教高子贡，高子贡说：“一来必定会死。”李融于是声称生病没有前往。越王李贞起兵后，派使者邀约李融，李融仓促之间无法回应，被下属官员逼迫，逮捕了使者并上报朝廷，因此被提拔为右赞善大夫。不久，李融被同党牵连，冬十月己亥日，在集市上被斩首，家产被登记没收。高子贡也受牵连被诛杀。
济州刺史薛顗、薛顗的弟弟薛绪、薛绪的弟弟驸马都尉薛绍，都与琅邪王李冲勾结谋划。薛顗听说李冲起兵后，制造兵器、招募人手；李冲战败后，薛顗杀死录事参军高纂来灭口。
十一月辛酉日，薛顗、薛绪被处死，薛绍因为是太平公主的丈夫，被杖打一百，最终饿死在狱中。
十二月乙酉日，司徒、青州刺史霍王李元轨因与越王李贞勾结谋反，被废黜王位后迁徙到黔州，用囚车押送，走到陈仓时去世。江都王李绪、殿中监成公裴承先都在集市上被斩首。裴承先是裴寂的孙子。
朝廷命令裴居道留守西京长安。
左肃政大夫、同平章事骞味道一向对殿中侍御史周矩无礼，多次说他办事不力。恰逢有人告发骞味道，太后下令让周矩审理此案。周矩对骞味道说：“您常责备我办事不力，如今我来为您办这件事。”乙亥日，骞味道和他的儿子骞辞玉都被处死。
己酉日，太后前往洛水祭拜并接受“天授圣图”，皇帝、皇太子一同随行，朝廷内外的文武百官、蛮夷部落酋长各自按方位排列站立，珍禽异兽、奇珍异宝陈列在祭坛前，礼仪的隆重、仪仗的盛大，是唐朝建立以来从未有过的。
辛亥日，明堂建成，高二百九十四尺，宽三百尺。总共三层：下层象征四季，各自按照方位的颜色装饰；中层象征十二时辰，上面是圆形顶盖，由九条龙支撑；上层象征二十四节气，也有圆形顶盖，上面安放一只铁凤，高一丈，用黄金装饰。明堂中间有一根十围粗的巨大木柱，上下贯通，斗拱、横梁等都以这根木柱为基础。下方设置铁渠，模仿古代的辟雍形制。明堂被命名为万象神宫。太后设宴赏赐群臣，大赦天下，允许百姓进入明堂参观。将河南县改名为合宫县。又在明堂北面建造五层天堂，用来存放巨大的佛像；天堂建到第三层时，从上面就可以俯视明堂了。僧人怀义凭借功劳被任命为左威卫大将军、梁国公。
侍御史王求礼上书说：“古代的明堂，茅草屋顶不加修剪，柞木椽子不加砍削。如今的明堂用珠玉装饰，用丹青彩绘，铁凤高耸入云，金龙隐现于云雾之中，即便是商纣王的琼台、夏桀的瑶室，也无法与之相比。”太后没有回应。太后打算征调梁州、凤州、巴州的獠族百姓，从雅州开山修路，出兵攻打生羌，进而袭击吐蕃。正字陈子昂上书认为：“雅州边境的羌人，从唐朝建立以来从未做过盗贼。如今无故诛杀他们，他们必定会心怀怨恨；而且害怕被灭族，一定会纷纷起兵做盗贼。西山盗贼兴起，蜀地的边境城镇就不得不接连出兵防守，战事长期不能平息，我认为西蜀的祸患，从此就要开始了。我听说吐蕃贪图蜀地的富饶，想要夺取它已经很久了，只是因为山川阻隔、关隘不通，才没能采取行动。如今国家却骚扰边境的羌人，开辟关隘通道，让吐蕃得以收纳逃亡的羌人，作为向导来攻打边境，这是借给敌人兵器、为盗贼清除道路，把整个蜀地拱手送给吐蕃啊。蜀地是国家的宝库，能够接济中原地区。如今掌权者却贪图侥幸之利，去征讨西羌，即使得到他们的土地也不能耕种，得到他们的财富也不能使国家富足，只是白白浪费钱财，对陛下的圣德没有任何益处，更何况成败还不可知呢！蜀地所依靠的是地势险要，百姓之所以安居乐业是因为没有徭役；如今国家却开辟它的险要之地，役使它的百姓，险要之地被开辟就方便了敌人入侵，百姓被役使就会耗费财力，我担心还没见到羌人和吐蕃的军队，蜀地内部就已经出现奸贼盗贼了。况且蜀地百姓体弱，不熟悉打仗，山川辽阔遥远，距离中原很远，如今无故招致西羌、吐蕃的祸患，我预见不到一百年，蜀地就会被异族占据。国家近来废除安北都护府、撤销单于都护府、放弃龟兹、疏勒，天下人都一致称赞这是盛德之举，因为陛下致力于休养百姓，而不是扩张土地。如今山东地区饥荒，关陇地区疲惫，却听从贪婪之人的建议，谋划动用军队、发动大规模徭役，自古以来国家灭亡、家族衰败，没有不是因为穷兵黩武的，希望陛下慎重考虑。”后来，这项徭役最终没有实施。
永昌元年己丑（公元689年）
春正月乙卯朔日，太后在万象神宫举行盛大祭祀，太后身穿帝王的衮袍礼帽，腰插大圭，手持镇圭，作为初献者；皇帝作为亚献者，太子作为终献者。祭祀先祭拜昊天上帝的神位，接着是唐高祖、唐太宗、唐高宗，然后是魏国先王，最后是五方帝的神位。太后亲临则天门，大赦天下，更改年号。丁巳日，太后驾临明堂，接受群臣朝贺。戊午日，太后在明堂宣布政令，颁布九条训诫来教导百官。己未日，太后再次驾临明堂，设宴款待群臣。
二月丁酉日，太后追尊魏忠孝王为周忠孝太皇，追尊其妻子为忠孝太后，将文水的陵墓命名为章德陵，咸阳的陵墓命名为明义陵。设置崇先府官员。戊戌日，追尊鲁公为太原靖王，北平王为赵肃恭王，金城王为魏义康王，太原王为周安成王。
三月甲子日，张光辅代理纳言一职。
壬申日，太后询问正字陈子昂当今治理国家的关键。陈子昂退朝后，上书认为：“应当放宽刑罚、尊崇道德，停止战争，减轻赋税徭役，抚慰宗室成员，让他们各自安心。”奏疏言辞委婉、情意恳切，议论十分精辟，将近三千字。
癸酉日，朝廷任命天官尚书武承嗣为纳言，张光辅代理内史。
夏四月甲辰日，朝廷处死辰州别驾汝南王李炜、连州别驾鄱阳公李謓等十二名宗室成员，将他们的家属迁徙到巂州。李炜是李恽的儿子，李謓是李元庆的儿子。
己酉日，朝廷处死天官侍郎蓝田人邓玄挺。邓玄挺的女儿是李謓的妻子，他又和李炜关系友好。李謓谋划从庐陵迎接唐中宗回京，向邓玄挺询问意见，李炜也曾对邓玄挺说：“想要采取紧急行动，你看怎么样？”邓玄挺都没有回应。因此他以“知道谋反却不告发”的罪名，与李炜、李謓一同被诛杀。
五月丙辰日，朝廷任命文昌右相韦待价为安息道行军大总管，率军攻打吐蕃。浪穹州蛮人酋长傍时昔等二十五部，之前归附吐蕃，到这时前来投降；朝廷任命傍时昔为浪穹州刺史，让他统领本部部众。
己巳日，朝廷任命僧人怀义为新平军大总管，北上讨伐突厥。大军走到紫河，没有遇到突厥军队，于是在单于台刻石记功后返回。
诸王起兵时，只有贝州刺史纪王李慎没有参与谋划，但也被牵连入狱；秋七月丁巳日，李慎用囚车迁徙到巴州，改姓虺氏，走到蒲州时去世。他的八个儿子，包括徐州刺史东平王李续等人，相继被诛杀，家属被迁徙到岭南。
李慎的女儿东光县主李楚媛，自幼以孝顺恭谨闻名，嫁给司议郎裴仲将为妻，夫妻相敬如宾；婆婆生病时，她亲自尝药喂饭；对待妯娌，都能赢得她们的欢心。当时宗室的各位女子都以骄奢为荣，讥讽李楚媛独自坚守节俭朴素，说：“富贵的可贵之处，在于能随心所欲；如今你独自忍受劳苦，想要追求什么呢？”李楚媛说：“我自幼喜爱礼仪，如今践行礼仪，这难道不是随心所欲吗！纵观自古以来的女子，都以恭敬节俭为美，以放纵奢侈为恶。我只是害怕玷污亲人的名声，还有什么可追求的呢；富贵是偶然得到的东西，有什么值得骄傲的！”众人都感到惭愧并佩服她。等到李慎的死讯传来，李楚媛悲痛大哭，呕血数升；守丧期满后，将近二十年不施粉黛、不穿华丽衣服。
韦待价的军队抵达寅识迦河，与吐蕃交战，大败。恰逢天降大雪，粮草运输中断。韦待价本就没有将领的才能，此时陷入狼狈境地、失去凭据，士兵们又冻又饿，死亡众多，于是率军返回。太后大怒，丙子日，韦待价被撤销官职，流放到绣州，副大总管安西大都护阎温古被斩首。安西副都护唐休瓃收拢残余兵力，安抚安西的土地，太后任命唐休瓃为西州都督。
戊寅日，朝廷任命王本立为同凤阁鸾台三品。
徐敬业战败后，他的弟弟徐敬真被流放到绣州，后来逃回，打算逃往突厥，路过洛阳时，洛州司马弓嗣业、洛阳令张嗣明资助他逃走；到达定州时，被官吏抓获，弓嗣业上吊自杀。张嗣明、徐敬真牵连出许多海内有交往的人，声称这些人都有谋反的图谋，希望借此免除死罪；于是朝野上下被牵连定罪处死的人很多。张嗣明诬告内史张光辅，说他“征讨豫州时，私下议论图谶、天文，心怀二心”。八月甲申日，张光辅与徐敬真、张嗣明等人一同被诛杀，家产被登记没收。
乙未日，秋官尚书太原人张楚金、陕州刺史郭正一、凤阁侍郎元万顷、洛阳令魏元忠，都被免去死罪，流放到岭南。张楚金等人都是被徐敬真牵连，说他们与徐敬业勾结谋划。临刑前，太后派凤阁舍人王隐客骑马快速传来赦免的命令。命令传到集市时，即将受刑的人都欢呼跳跃，不停翻滚；只有魏元忠安然静坐，有人让他起身，魏元忠说：“真假还不知道。”王隐客到达后，又让他起身，魏元忠说：“等宣布敕令后再说。”敕令宣布完毕，他才慢慢起身，行舞蹈礼后再拜，始终没有露出忧愁或喜悦的神色。这一天，天空阴云密布，赦免张楚金等人后，天气立刻转晴。
九月壬子日，朝廷任命僧人怀义为新平道行军大总管，率领二十万军队讨伐突厥骨笃禄。
起初，唐高宗在位时，周兴以河阳县令的身份被召见，高宗想要提拔任用他，有人上奏说他不是出身清流官员，于是作罢。周兴不知道内情，多次在明堂等候任命。各位宰相都没有告诉他实情，地官尚书、检校纳言魏玄同当时担任同平章事，对他说：“周县令可以回去了。”周兴认为魏玄同排挤自己，心怀怨恨。魏玄同一向与裴炎关系友好，当时的人因为他们的友谊始终不变，称他们为“耐久朋”。周兴上奏诬告魏玄同说：“太后老了，不如侍奉继位的君主才能长久。”太后大怒，闰九月甲午日，赐魏玄同在家中自尽。监刑御史房济对魏玄同说：“您为什么不告密，希望能得到召见，从而为自己辩白！”魏玄同叹息说：“被人杀死和被鬼杀死，又有什么区别，我怎能做告密的人呢！”于是从容就死。太后又在隐蔽的地方杀死了夏官侍郎崔詧。除此之外，朝廷内外的大臣被处死、流放贬官的有很多。
彭州长史刘易从也被徐敬真牵连；戊申日，在彭州被诛杀。刘易为人仁爱孝顺、忠诚谨慎，即将在集市受刑时，官吏百姓怜悯他无辜，远近的人都赶来，争相脱下衣服扔在地上说：“为长史祈求阴间的福分。”有关部门估算，这些衣服的价值超过十万钱。
周兴等人诬告右武卫大将军燕公黑齿常之谋反，将他征召入狱。冬十月戊午日，黑齿常之上吊自杀。
己未日，朝廷处死宗室鄂州刺史嗣郑王李璥等六人。庚申日，嗣滕王李修琦等六人被免去死罪，流放到岭南。
丁卯日，春官尚书范履冰、凤阁侍郎邢文伟一同担任同平章事。
己卯日，太后下诏，太穆神皇后、文德圣皇后应当配祭皇地只，忠孝太后陪同配祭。
右卫胄曹参军陈子昂上书认为：“《诗经·周颂》称颂成王、康王，汉朝称赞文帝、景帝，都是因为他们能够搁置刑罚。如今陛下的政令，虽然已经十分完善，但太平盛世里，君臣百姓都乐于接受教化，不应该有乱臣贼子天天触犯天意被诛杀。近来大案增多，叛逆之徒越来越广，我愚昧无知，起初以为他们都是确实有罪的，直到上月十五日，陛下特意查明囚犯李珍等人无罪，百官欢庆喜悦，都祝贺陛下圣明，我才知道也有无辜之人被网罗入狱。陛下致力于宽缓刑罚，而狱官却急于施行重刑，这损害了陛下的仁爱之心，玷污了太平盛世的政治，我私下感到惋惜。另外，九月二十一日陛下下令赦免张楚金等人死罪时，起初阴雨密布，随后转为祥云。我听说阴沉凄惨是刑罚的象征，阳和舒展是德行的象征；圣人效法上天，上天也会帮助圣人。天意如此，陛下怎能不顺从呢！如今又阴雨连绵，我担心过错在于狱官。凡是关押在监狱里的囚犯，大多面临死刑，路上的人们议论纷纷，有的认为他们有罪，有的认为他们无辜，陛下何不全部召见他们，亲自询问他们的罪行。确实有罪的就公开执行刑罚，被冤枉的就严厉惩罚狱官，让天下人都信服，让人们了解政令和刑罚，这难道不是最高的德行和明察吗！”