话说大宋熙宁年间，汴京城西有个叫清水巷的所在，巷尾住着个年轻后生名叫陈实，原也是读书人家出身，奈何父母早亡，只留得三间旧屋并半架残书。这陈实虽通文墨，却不愿走科举之路，整日只爱钻研些医卜星相之术，尤善针灸推拿，在街坊间得了个“陈一手”的绰号。
这日清明才过，陈实正在院中晾晒药材，忽闻得隔壁传来啼哭之声。原是邻家张老汉突发急症，四肢抽搐口吐白沫。陈实拎起针囊赶去，见那老汉面色青紫，当即取出三寸银针，照准人中、合谷几处穴位刺下。不过半柱香工夫，老汉悠悠转醒，全家千恩万谢。陈实却盯着老汉眉心一团若有若无的黑气暗自心惊——这分明是中了“离魂散”的迹象，江湖上早已失传的毒物。
当夜月色昏黄，陈实正对灯研究医书，忽听得窗棂笃笃作响。开窗看时，只见个青衣小婢递进封信来，落款处画着只三足金蟾。信中邀他明日午时往城南紫云观相见，事关张家老汉性命。陈实捏着信纸沉吟：那金蟾标记乃是三十年前“鬼医门”的印记，这派专以活人试药，早被官府剿灭，怎会重现世间？
次日陈实如约前往。那紫云观荒废多年，野草没膝。才进殿门，便见个戴斗笠的黑衣人背身而立：“陈先生果然来了。”声音嘶哑如破锣。陈实拱手道：“阁下既知离魂散，想必与鬼医门有旧？”黑衣人嘿嘿一笑，摘下面具竟是个面容姣好的女子，左颊却纹着只栩栩如生的青蝎：“老身温三姑，今日请先生来，是要借你祖传的《青囊秘录》一观。”
陈实心中剧震。这《青囊秘录》是陈家不传之秘，祖父临终前再三嘱咐不可示人。正待推拒，温三姑忽将个瓷瓶掷在地上：“张家老汉中的是改良过的离魂散，三日内不服解药，必会狂性大发伤及无辜。先生忍心见满巷百姓遭殃？”陈实咬牙思忖片刻，忽生一计：“秘录藏在祖宅地窖，需得子时阴气最盛时方能取出。”
当夜子时，陈家老宅突然起火。待邻里赶来救火，却见陈实拎着个铁箱从火场冲出，身后温三姑紧追不舍。眼看要被迫上，斜刺里忽杀出个虬髯大汉，刀光闪处逼退温三姑。陈实定睛一看，竟是常来巷口卖炊饼的武大郎！这武大郎扯下面具，露出张英气勃勃的脸：“在下皇城司缉捕使赵敢，追查鬼医门余孽已半年有余。”
三人且战且走，逃至城隍庙暂避。赵敢道出原委：原来鬼医门欲用《青囊秘录》配制“傀儡香”，控制朝中大臣。温三姑不过是小卒，幕后主使竟是当朝太师府总管。陈实闻言苦笑：“我一介布衣，怎卷入这等漩涡？”正说着，庙外传来簌簌声响，数十个双目赤红的百姓围拢过来——竟是中了傀儡香的症状！
赵敢挥刀护住陈实：“先生快想解法！”陈实猛记起秘录中记载，傀儡香需用施毒者心头血做引。眼看那些百姓如行尸走肉般扑来，忽见温三姑从树影中跌出，心口插着支金镖。暗处转出个华服老者：“废物，还要老夫亲自善后。”正是太师府总管薛贵。
薛贵狞笑着掏出个铜铃摇动，中蛊百姓愈发狂躁。陈实急中生智，银针连发刺向温三姑尸身膻中穴，果然逼出几滴黑血。混入药粉洒出，百姓们纷纷软倒。薛贵见势不妙欲逃，赵敢甩出铁链锁住他双脚：“薛公公，官家等你交代很久了。”
事毕已是五更天。赵敢押着薛贵离去时，留下句话：“先生日后行医且谨慎，江湖水深。”陈实望着初升的日头，忽觉怀中异样，摸出本绢册——《青囊秘录》竟一直在身上！翻至末页，祖父遗墨赫然在目：“医者仁心，然逢乱世，当藏锋敛锷。”
经此一劫，陈实依旧在清水巷行医，只是银针收起大半，添了杆青布幌子。偶有夜行人叩门求医，他总要先望其眉心三分。某日黄昏细雨，有个撑油纸伞的姑娘叩响门环，腕间金铃叮当：“陈先生，奴家中老母病重，听闻先生善治疑难杂症...”檐下风灯摇曳，照见姑娘鞋面上绣着对戏水鸳鸯，鞋底却沾着些许紫色泥土——那是城西乱葬岗特有的土色。
陈实捻了捻袖中银针，温声道：“姑娘且细说症状。”目光掠过她耳后淡青胎记，心中咯噔一声：这分明是幼时走散的胞妹才有的印记！当年家中突逢大火，五岁的妹妹就此失踪，父母为此郁郁而终。而今这姑娘眉眼间确与母亲有七分相似，可为何出现在此时？又怎会踏足乱葬岗？
姑娘自称姓柳名依依，住在城西杏花坞。陈实不动声色写下药方，暗将特制的追魂香抹在笺角。待她离去，陈实唤来驯养的信鸽，尾随而去。不过半个时辰，鸽子竟带伤飞回，爪上缚着片带血的柳叶——正是鬼医门传讯的标记。
当夜陈实辗转难眠，忽闻屋顶瓦片轻响。他吹熄灯烛潜至院中，但见柳依依黑衣劲装，正与个蒙面人低声争执：“...必须取得《青囊秘录》真本...”蒙面人冷哼：“休因私情误大事！”扬手间三枚毒蒺藜射向陈实藏身处。陈实闪避不及，忽有柄铁伞旋来挡开暗器，赵敢的声音在墙头响起：“好个兄妹相认的戏码！”
柳依依见行迹败露，袖中甩出条金丝鞭：“赵捕头何必赶尽杀绝？”三人战作一团。陈实忽道：“且慢！妹妹，你可知左肩可有蝴蝶胎记？”柳依依招式骤停，眼中闪过惶惑：“你...你怎知...”话音未落，蒙面人突撒迷烟遁走。赵敢欲追，陈实拦住：“由她去吧。”
三日后，陈实正在捣药，柳依依踉跄闯进，肩头血迹斑斑：“哥...他们给我下了蚀骨丹...”原来鬼医门主早在她身上种下奇毒，逼其盗书。陈实查验毒性后倒吸凉气：“此毒需千年雪莲为引...”话音未落，赵敢拎着个玉盒进来：“巧了，大理国刚进贡的雪莲遭窃，看来是有人故意送药上门。”
解毒那夜风雨大作。陈实施针到紧要关头，忽闻屋顶传来凄厉笛声。柳依依猛然睁眼，瞳仁变成诡异的绿色：“门主...来了...”但见纸窗映出个佝偻巨影，八个黑衣拾轿人如鬼魅般落在院中。轿帘掀处，戴着青铜面具的门主阴森道：“陈一手，你父当年叛出鬼医门，偷走秘录，今日该物归原主了！”
陈实银针疾射，门主袖中飞出群毒蜂。赵敢挥刀劈砍时，柳依依突然扑向轿辇：“爹！收手吧！”全场俱惊。门主颤抖着摘下面具，露出与陈实相似的眉眼：“傻丫头，为父苦心经营二十年，就是要重振鬼医门...”原来当年陈父携书叛逃时，竟带走了门主幼子，便是如今的陈实！
雷声炸响，陈实望着生父扭曲的面容，忽将秘录掷入火炉：“这害人之物，留它何用！”门主疯癫般扑救，被梁上坠落的铁笼罩住——竟是赵敢早布的机关。火光中，柳依依握住陈实的手：“哥，我们终是殊途...”
此后汴京少了位陈一手，终南山却多了对采药兄妹。有人说曾见他们救治过中蛊的商队，用的金针手法颇似失传的青囊术。每逢月圆之夜，总能在老君观听见兄妹合奏的笛声，那调子忽悲忽喜，如诉尽人间离合。