任督二脉作为人体最重要的两条经脉，在内丹修炼中扮演着关键角色。任脉循行于颈喉胸腹中线，总领全身阴经，被称为阴脉之海；督脉循行于头项脊背正中线，统摄一身阳经，被誉为阳脉之海。这两条经脉构成了人体阴阳能量的主要通道，也是小周天功法运行的基础路径。
运炼过程始于药物温养完成后的出炉升鼎阶段。此时需要运用武火，将经过充分温养的外药（先天祖气）从下丹田的炉后两个小孔引出。这两个小孔在丹经中被称为玄牝之门，是连接丹田与督脉的重要通道。药物经尾闾穴进入督脉，标志着运炼的正式开始。
尾闾穴位于尾骨尖端，是督脉的起始要穴。药物由此进入督脉后，修炼者需要按照严格的火候法则进行进阳火、退阴符的操作。进火时，用意念引导药物沿督脉上行，经过夹脊、玉枕等重要关窍，直至头顶百会穴。这一过程需要配合特定的呼吸节奏和意念强度，通常采用深吸气来助长火势。
当药物到达百会穴后，即转入退符阶段。此时需要转换呼吸方式，以缓慢深长的呼气配合意念引导，使药物经印堂、膻中等穴沿任脉下行，最终回归下丹田。这一升一降的过程称为一个完整的周天循环，在传统丹法中被称为小周天。
周天运炼的火候调控极为精微。武火主要用于药物出炉和督脉上行阶段，需要较强的意念专注和较快的呼吸节奏；文火则适用于任脉下行和归炉温养阶段，强调柔和绵长的呼吸与似守非守的意念状态。修炼者必须根据自身感受灵活调整，做到火候不失其宜，药物不失其候。
三百息、三百候的运炼要求并非固定数字，而是强调持续不断的积累过程。一息指一次完整的呼吸周期，一候则代表更长时间的火候调控单元。在实际修炼中，每个周天循环都需要数十息的时间，而完成三百候的完整运炼往往需要数月乃至数年的持续修炼。
在运炼过程中，有几个关键点需要特别注意：首先是药物纯度的把控，必须在温养阶段确保先天祖气的充分凝聚；其次是火候的适时转换，避免过犹不及；再次是关窍的通畅程度，特别是尾闾、夹脊、玉枕三关的疏通状况直接影响运炼效果；最后是归炉后的封固功夫，防止精气外泄。
随着运炼的深入，修炼者会逐渐感受到明显的生理变化。初期可能出现督脉温热、任脉清凉的明显气感；中期会体验到精气充盈、神清气爽的状态；后期则能达到气脉通畅、心息相依的深层境界。这些反应都是运炼过程中正常的生理心理变化，但不可执着追求，应当顺其自然。
值得注意的是，运炼功夫需要建立在扎实的筑基基础上。若丹田气机未固、经脉未通就急于运炼，不仅难以见效，还可能引发气机紊乱等偏差。因此传统丹法强调百日筑基的重要性，待精满气足后方可进行周天运炼。
从现代科学角度看，运炼过程可能涉及自主神经系统的调节、内分泌系统的平衡以及大脑功能的优化。督脉上行激活交感神经功能，任脉下行促进副交感神经活动，这种交替刺激有助于建立新的神经-内分泌平衡模式。而三百息、三百候的持续训练，则可能通过神经可塑性机制重塑人体的能量代谢模式。
运炼功夫的终极目标是炼成丹母，为后续的大周天、炼神还虚等更高阶段打下基础。丹母是精气神高度凝聚的产物，具有转化体质、开发潜能的特殊作用。当三百候运炼圆满时，丹母已成，修炼者将进入全新的修行阶段。