洪武十三年（4077年）春正月癸巳日初一，皇帝驾临奉天殿接受朝贺，大规模宴请群臣及其有封号的女眷，在坤宁宫朝拜皇后，皇后赐宴。
高丽朝贡不如约定，因此下诏询问他们说：‘过去元朝统治天下，国运没有超过百年，上天就改变了心意。’朕代替元朝成为君主，已经统治了十三年，四方夷族都来朝贡，只有这三个地方还像以前一样。唯独你们东夷国原本依仗着大海，在国内杀害自己的国王，对外给百姓制造灾祸，进贡不像约定的那样，必定是三韩的地方有变故才这样的吧？命令使者前去询问，（你们）反叛与归服变化无常，想要做什么呢？
甲午日，御史中丞涂节告发左丞相胡惟庸和御史大夫陈宁等人谋反，以及以前毒杀诚意伯刘基的事情，（皇帝）命令朝廷大臣审讯记录，皇上时常亲自前往查问这件事。起初，自从杨宪被诛杀之后，胡惟庸总理中书省的政务，因为皇上对他非常信任，他便独断专行，作威作福，官员的任免升降，甚至有不向皇上奏请就擅自执行的情况。朝廷内外各部门的奏章送到朝廷，胡惟庸总是先取来看。有揭发自己的人，就隐瞒起来不让（上级）知道，私自提拔奏差胡懋担任巡检，料理他的家事。因此四方争名逐利、奔走钻营的人都投奔到他的门下，那些武臣中阿谀奉承的人大多依附于他，给他赠送财物。金银布帛、名贵的马匹、供玩赏的奇珍异宝，数也数不清。魏国公徐达非常痛恨他的奸诈邪恶，曾经私下里对皇上说起（这些情况），胡惟庸因此忌恨徐达。徐达有个看门的人名叫福寿，胡惟庸暗中引诱他为自己所用，希望得到他的帮助，来对付徐达，后来福寿告发了他。诚意伯刘基也曾经对皇上说胡惟庸奸诈放肆，不可任用，胡惟庸知道后，因此怨恨刘基。等到刘基生病时，皇帝诏令胡惟庸去探视他，胡惟庸带着医生前往，用毒药毒害刘基，刘基最终死去。当时是八年正月。皇帝认为刘基病了很久，没有怀疑。刘基死后，胡惟庸更加没有什么顾忌害怕的了。与李善长等人相互勾结，把哥哥的女儿嫁给李善长的儿子李佑，贪婪受贿，玩弄权术，无所畏惧。一天，他在定远的旧宅的井里忽然长出石笋冒出水来，有几尺高，阿谀奉承的人争相说这是丞相吉祥的征兆。又说他祖父三代人的坟墓上夜里都有火光照亮天空。于是胡惟庸更加自负，有了谋反的阴谋。当时，吉安侯陆仲亨从陕西回来，擅自乘坐驿站的车马，皇上愤怒地斥责他说：“中原地区经历了战乱之后，百姓才开始恢复生产，登记户籍、购买马匹，非常艰苦。假使（大家）都效仿你做的事，百姓即使把子女都卖了，买来马匹，用来赶路传递（文书），（也）不能供给（需求）啊。他被派到代县抓捕盗贼。平凉侯费聚曾经奉命前往苏州安抚军民，他却不能胜任。费聚做事只喜好酒色，召回京城后，太祖责令他去西北招降彭达，彭达没有投降，太祖也责备他。两人害怕了，胡惟庸暗中用权势利益威胁利诱他们。这两个人向来憨厚而勇猛，又看到胡惟庸在当朝掌权势力强盛，于是就跟他来往，时间长了关系更加密切。陆仲亨曾经去胡惟庸家喝酒，酒喝到兴头上，胡惟庸让左右的人退下，趁机说：‘我们做了很多不合法的事情，一旦事情败露，该怎么办呢？’两人惶恐不安，想不出什么办法。胡惟庸就把自己的想法告诉了他，并且让他在外面收集兵马等待时机。两个人听从了他的意见。又和陈宁坐在中书省中，查看天下兵马的簿籍，命令都督毛骧选取卫士刘遇宝和逃亡在外的魏文进等人作为心腹，说：‘我有用得到你们的地方。’太仆寺丞李存义，是李善长的弟弟，胡惟庸的岳父，因为亲戚的缘故经常去胡惟庸家。胡惟庸让李存义私下劝说李善长一同起事，李善长惊恐地说：‘你说的这是什么话？’如果这样的话，你的九族都会被诛灭。李存义害怕地离开了，去告诉了胡惟庸。胡惟庸知道李善长一向贪婪，可以用利益来打动他。过了十几天，胡惟庸又让李存义把这件事告诉李善长，并且说：‘事情如果成功，应当把淮西地区封给您，封您为王。’李善长虽然有才能，但他是一个文官，心思深沉而工巧，虽然假装吃惊不答应，但心里非常赞同。又听说将淮西之地封给自己就会结束这场战斗。这样不但可以保持自己的富贵，而且可以观察局势，为子孙后代做打算。于是叹息着起身说：‘我老了，任由你们去做吧。’李存义回来报告，胡惟庸很高兴，于是拜访李善长，李善长把他请进府中，胡惟庸面朝西而坐，李善长面朝东而坐，屏退左右，密谈了很久，没有人知道他们说了什么，只远远地看见他们点头。胡惟庸欣然接受了这个任务，派指挥使林贤到海上招募倭军，约定日期来会合。又派元臣封绩给元朝写信，自称臣子，请求出兵作为外应。事情都还没有发生。恰逢胡惟庸的儿子骑马在集市上奔驰，马冲到挽车的行列里被撞死了。胡惟庸立即杀了这个挽住车驾的人，皇帝很生气，命令胡惟庸抵命。胡惟庸请求用金帛来赏赐他家，皇上不同意。胡惟庸很害怕，于是与李善长以及涂节、陈宁等人谋划起兵造反，还派人暗中通知四方以及自己的部下。皇帝上朝时，觉得胡惟庸等人的行为举止有些奇怪。涂节担心事情败露，就上书告发了这件事。当时商暠被贬为中书省的小吏，也来告发胡惟庸的秘密之事。皇上说：朕没有对不起胡惟庸这些人，他们怎么能做出这样的事。（朱元璋）命令群臣再次审讯，胡惟庸理屈词穷无法隐瞒，于是吐露了实情。
戊戌日，群臣上奏胡惟庸等人的罪状，请求诛杀他们。于是赐死胡惟庸、陈宁。又说：涂节本来是胡惟庸的主谋，看到事情不能成功，才开始向皇上告发谋反之事，（他）告发说（胡惟庸）如果不诛杀就没有办法惩戒大臣中的奸恶之人，于是（皇上）就连涂节一起诛杀了，（胡惟庸的）其余党羽都被牵连治罪。胡惟庸，定远人。乙未年侍奉皇上，担任元帅府奏差，后转任宣使。丁酉年，他被授予宁国县主簿的官职，后来升为知县。甲辰年，他被调任为吉安府通判。丙午日，他被提拔为湖广按察佥事。吴元年，（他）入朝担任太常少卿，不久升任太常卿。洪武三年，（他）被授予中书省参政的官职。四年，胡惟庸升任中书省右丞相。六年，被任命为右丞相。陈宁，是茶陵人，最初名叫亮，他精通经学，有治理的才能。元末，他是镇江的小吏，后来从军到了金陵，住在军帅家。皇帝进入金陵，命令各位将领陈述政事，军帅都是武人，不会表达，就让陈宁代替他们写了奏书。皇帝看了以后非常高兴，召见了他，提拔他为江南行省的掾史。己亥年，（他）升任广德知府。辛丑日，（他）被任命为枢密院都事。癸卯年，（他）改任提刑按察司佥事之职。甲辰年，他升任浙东按察使。己巳日，被提拔为中书参议。丙午日，因为这件事被降职为太仓市舶令。洪武元年，（他）入朝担任司农卿，不久升任兵部尚书。二年，他出任松江知府，不久后升为中书参政。三年，赐名为宁。因事获罪而被任命为苏州知府。他曾经监督运粮，想让事情迅速完成，就命令左右的人用烧红的铁块烫人。（他用烙铁烫人的）肌肤，人们深受其苦，称他为陈烙铁。他被调任为浙江参政，还没出发，胡惟庸推荐他担任御史大夫，他更加崇尚严刑酷法。皇上曾经严厉地责备他，（他）却不改正。他的儿子孟麟也多次劝谏他，陈宁发怒，用棍棒打了他数百下，直到他死去。皇帝对他的不通人情十分厌恶，曾经说：‘他对自己的儿子都这样，对君主和父亲又能怎样呢？’陈宁听说这件事很害怕，于是就和胡惟庸一同谋划。群臣又请求诛杀李善长、陆仲亨等人。皇帝说：“我当初起兵的时候，李善长前来军营拜谒，说：‘（您起兵就像）有了天有了日（一样正义）啊。’”。当时朕二十七岁，李善长四十一岁，他说的话大多符合朕的心意，于是朕任命他掌管文书，协助朕谋划大事。他功成名就，被封为上公，皇帝把女儿嫁给了他的儿子陆仲亨。陆仲亨十七岁的时候，父母兄弟都已经死了，他担心被乱兵掳掠，就拿着一升麦子藏在草丛里。我看到了他，招呼他说：‘过来！’于是就跟着我长大，建功立业，因为功劳被封为侯。这些人都是我当初起兵时的心腹和得力助手，我不忍心惩罚他们，这件事不要再问了。”封绩是河南人，原本是元朝的大臣，前来归附（明朝），（朝廷）授予他官职，他不接受，（朝廷）打发他回故乡，他又不离开，（于是朝廷）将他贬谪到边疆戍守。所以胡惟庸等人写信给他并派人送过去。
己亥日，胡惟庸等人已经被诛杀之后，皇上晓谕文武百官说：‘朕自从登基执政以来，已经十三年了，这期间谋求任用大臣，期望他们辅助朕。’来达到天下大治（的局面）。所以设立中书省来总管天下的文治，设立都督府来统领天下的兵政，设立御史台来整肃朝廷的纲纪。没想到奸臣窃取国家权柄，贪赃枉法，诬陷贤良，怀着不轨之心，肆意施展奸诈欺瞒的手段，用甜言蜜语迷惑众人，结党营私，败坏朝政，图谋危害国家。就像堤坝即将决堤，烈火即将燃烧，有滔天燎原的势头。幸亏神明发觉了他们的阴谋，把他们都消灭了。朕想废除中书省，提升六部，仿照古代六卿的制度，让他们各司其职，再设置五军都督府，用来分别统领军队和卫所。像这样，权力就不会集中在一个部门，事情也不会被积压、蒙蔽。你们认为怎么样呢？监察御史许士廉等人回答说：‘每个朝代的制度，都是根据当时的实际情况制定的。’何况创立制度、建立法律，这是天子的事务，既然出自圣上的裁决，实际上就是法典和纲要。只是担心陛下每天要处理繁多的政务，过度耗费精神。臣认为应当设立三公府，任命有功劳的旧臣担任太师、太傅、太保，统领百官的事务。像封建诸侯、调兵遣将、选拔官吏、制定礼仪、创作音乐等重大的政事，就上奏请求裁决，其余的日常事务，依照制度执行。或许臣下能杜绝奸佞弄权的忧患，君主也不会有繁重的劳累。皇上认为他说得对。
庚子日，征召山西布政使司左参政契斯为吏部尚书，河南按察使郑九成为礼部尚书，前北平按察副使刘崧为礼部侍郎，任命应天府尹徐铎为户部尚书，都赐予诰命。契斯诰说：‘我认为国家用人，任免的权力虽然掌握在皇帝的手中，但是官员的考核、选拔和任用必须要通过吏部来完成。’得到贤良的人，就可以选拔提拔才德优良的人，甄别流品，分清清浊善恶，不至于混淆，这样各级官员就能治理好了。你侍奉朕多年，一直恭谨尽职，考察你的举措，确实很恰当，朕任命你为吏部尚书，你要努力啊！九成的诰令说：‘礼的作用是很大的，把它施行于郊祭、宗庙祭祀以及朝廷之中，是用来处理神与人之间的关系，协调上下尊卑的。’然而从夏、商、周三代、汉代、唐代一直到现在，那些礼仪、器物、制度等，也够繁多的了。朕拥有天下之后，命令商议礼制的大臣们仔细考虑进行增减改动（的内容），已经有了既定的制度，只在于得到合适的人才，遵守（制度）并且施行它。只有你郑九成熟悉典章制度（典故），举止行为审慎周密，现在任命你担任礼部尚书，你要恭敬谨慎啊。徐铎的诰文说：“国家将户口、土田、赋役税粮等事务，以及仓廪、府库、会计收支等方面，统一归到户部管理，这是古代的制度。如果不是才识周遍、练达时务的人，又怎么能胜任这个职位呢？你在职时公正勤勉，处理事务通达敏捷，现在任命你为户部尚书。你还应明白生财的方法，务必培育国家的根基，使物资钱财充足而国家费用充裕，以符合我节约用度、爱护百姓的心意。崧的诰令说：国家用礼义引导民众，要让天下的人都遵循它，那等级的区分，制度的详细内容，也已经考察确定并且颁布施行，如果不是明了通达朝廷典章的人主管并且遵守它，难道足以成为中外（朝廷内外）的表率吗？尔崧学问贯通古今，行为举止安详文雅，所以任命你为礼部侍郎。你要恭敬地修养自身，恭谨地处理政事，使朝廷的礼仪分明而有条理，那么天下就会闻风仰慕，从而有教化百姓形成良好风俗的成效了。前往就职，你要努力啊！
撤销山西大同府的兵马指挥司。
命令工部派遣官员监督太仓、镇海、苏州三个卫所的官军建造一百六十六艘海船，用来准备从海上运输（物资等）。
癸卯日，在南郊举行大型的祭祀天地的活动。废除中书省，提升六部的地位，将大都督府改为五军都督府，并昭告天下。
皇帝诏令说：“我顺应天命，统治中原和边疆，刚即位的时候，召集群臣，讨论官制，借鉴汉唐，加以增减，也参考了宋朝的典制。朝廷内部设置中书省、都督府、御史台。朝廷六部之外设置都指挥使司、承宣布政使司、都转运盐使司、提刑按察司以及府、州、县等机构，管理各种事务，来安定百姓。朕曾经发号施令，把责任交给中书省，让（他们）量刑与奖赏务必恰当，没料到任用的不是合适的人。丞相汪广洋、御史大夫陈宁，日夜荒淫昏乱，尽情唱歌，肆意享乐，各自都不尽职尽责，坐视国家兴衰（不管）。以至于胡惟庸私自勾结一群小人，攀附权贵结党营私，有的歪曲法律来赦免罪犯，有的扰乱朝政来诬陷贤臣，因此被揭露，这些人都被诛杀。于是皇帝特地向天下颁布诏令，撤销中书省和广都府，提升六部，使官员知道更替官职的制度，工作和调任都有各自的归属，希望这样不会出现混乱和繁杂的情况。唉！周朝设置六卿，使百姓在天下安居乐业；汉朝任命萧何、曹参，开创了四百年的伟大基业。现在命令五府、六部，详细审查这件事，务必做到尽职尽责。所以特此下诏书告知天下。左军都督府统领在京城的骁骑左卫、水军左卫、留守左卫、龙虎卫、英武卫这五个卫所，在外地的山东、辽东、浙江、广东四个都指挥使司以及它们所管辖的卫所；右军都督府统领在京城的虎贲右卫、水军右卫、留守右卫、武德卫、广武卫这五个卫所，在外地的陕西、四川、江西三个都指挥使司以及它们所管辖的卫所。中军都督府统管在京城的神策军、广洋卫的留守事务。中军都督府统属在京的神策、广洋、留守中、应天、和阳这五个卫，在外的苏州、太仓、镇海、扬州、高邮、大河、淮安、沂州、凤阳左、凤阳右、凤阳中、皇陵、长淮、怀远留守中、留守左、徐州这十七个卫，还有滁州、徽州、六安、庐州、镇江、安丰、信阳、宿州、洪塘这九个千户所，以及河南都司所管辖的卫所。前军都督府统辖在京城的天策卫、豹韬卫、龙骧卫、飞雄卫、龙江卫这五个卫所，在京城之外统辖湖广、福建、广西三个都指挥使司以及福建行都指挥使司和它们所管辖的卫所。后军都督府统领在京城的鹰扬卫、江阴卫、兴武卫、横海卫、蒙古左卫、蒙古右卫这六个卫所，在京城之外统领北平、山西两个都指挥使司以及山西行都指挥使司和它们所管辖的卫所。
甲辰日，确定六部和御史台等官员的品级与俸禄。六部的尚书为正二品官职，侍郎为正三品官职；郎中为正五品官职，员外郎为从五品官职。御史台的左右中丞，官阶为正二品；左右侍御史的官阶为正四品。在外则设承宣布政使，正三品，左右参政，从三品。提刑按察使，为正四品官职；提刑按察副使，为从四品官职。佥事为正五品官职。都转运盐使，官阶为正四品；副使，官阶为从四品。确定五军都督府为正二品，在京城的亲军指挥司，在外地的各卫指挥司以及护卫指挥司，都为从三品。都指挥使司，为正三品官职。让金吾、羽林、虎贲、府军等十个卫所负责守卫皇宫禁地，凡是有支取（钱财物资）、领取（物资等）的情况，直接到六部办理，（这些卫所）不隶属于五军都督府。
朝廷任命武官子弟常安等一百三十人担任参侍舍人。常安，是振武卫指挥同知常荣的儿子。常荣，是开平忠武王常遇春的再从弟。
乙巳日，皇帝驾临奉天门选拔官员，命令吏部让北平、山西、陕西、河南、四川籍的人到浙江、江西、湖广、直隶的官府任职；浙江、江西、湖广、直隶籍的人，到北平、山东、山西、陕西、河南、四川、广东、广西、福建的官府任职；广西、广东、福建籍的人，也到山东、山西、陕西、河南、四川的官府任职。考核不称职以及因事被解除官职降职的官员，不分南方北方，全都迁到广东、广西、福建、汀漳、江西、龙南、安远、湖广、郴州等地任用，以此来表示劝勉和惩处。皇上对身边的大臣说：“人们说天子处在最尊贵的地位，掌握着可以招致（天下太平或祸乱）的权力，奖赏、惩罚、给予、剥夺（等权力），能够自行专断。”我却不这样，凡是说出一句话，做出一件事，都小心谨慎，只怕对上违背上天的旨意，对下违背人心。何况奖赏、惩罚、给予、剥夺，是国家的重大权柄，一旦在其中掺杂喜爱、憎恶、愤怒、暴戾的情绪，那就不是非常公正的做法，因此片刻也不敢疏忽这种心思。侍臣回答说：‘陛下怀着这样的心思，这是国家太平长治久安的方法啊。’
设置邳州卫指挥使司。
丙午日，重新设立五军都督府，官秩为正一品。革除湖州守御千户所。
丁未日，朝廷废除了铁甲、弓箭、毛皮、织染、神帛等局。撤销军需库，设置军器局，专门掌管应当使用的军器。凡是军队一百户，要配备十支鸟铳，二十副刀牌，三十副弓箭，四十副枪。撤销龙江分司，设置龙江提举司。
戊申日，将鸡笼山改名为鸡鸣山。
己酉日，派遣使者给河南、征西将士一万九千六百多人赏赐丝绸、棉帛和钞币，赏赐各有不同。
庚戌日，将王府左右相的官职定为从二品，左右傅的官职定为正三品。派使者核查天下仓库粮食储备数量的多少。
辛亥日，朝廷任命府军前卫指挥佥事马龙为广武卫指挥佥事，虎贲左卫指挥使王虎为留守右卫指挥使。
壬子日，皇帝到太庙祭祀。皇帝派遣官员在鸡鸣山庙祭祀功臣，让济宁侯顾时等二百八十人配享。
癸丑日，裁撤礼部备用库、书画库、凤阳行工部营造提举分司储用库、盐运司纲官押运。
丁巳日，改任御史大夫安然为左御史中丞。
戊午日，原元朝平章薛帖木儿前来投降，向朝廷进献马匹，朝廷赐予他绸缎、宝钞，数量各不相同。
己未日，裁撤山西、河南、北平、凤阳等城的兵马司。
庚申日，湖广布政使司进言说：商人向靖州、崇山两座卫所缴纳粮食来换取盐引的，每二石米给一张淮盐盐引，米价贵而盐引价值低，并且商人很少，应该降低价格来方便（商人换取盐引）。于是下令削减旧例的四分之一。
辛酉日，吏部说：‘天下税课司局每年征收的税粮不足五百石的有三百六十四个，应该废除，由府州县征收税粮比较方便。’听从了他（她、它）。任命大都督府掌判官洪彝为吏部尚书。
这个月，赏赐兴武卫征讨归来的卫所将校十三人丝绸七十八匹。赏赐河南等卫所参加征讨后返回卫所的将校士卒二万九千二百多人，钞二万八千九百多锭。赏赐儒生、监生、孝廉、刚入朝为官的人才每人三袭衣服，赏赐的钞各有不同。广东右卫百户翁显讨伐山寇房文广，在矮岭交战，翁显战死。翁显，是建昌府新城县人。从小就有胆量和谋略，喜欢读兵书。徐寿辉僭越称帝，攻陷江右，欧阳贞告诉父亲吉甫说：‘贼寇的势力日渐强大，郡县将要遭受灾祸。’如果能够预先集结义兵，保卫家乡，就可以保全整个宗族。吉甫认为他说得对。翁显于是招募乡兵，多次与贼人交战，将他们打败赶走。等到陈友谅在太平杀死徐寿辉自立为王，任命王溥为宣慰元帅，进攻建昌，翁显于是归附了陈友谅。王溥任命翁显为万户。朝廷的军队攻取江西，翁显跟从王溥一同前来投降，被授予百户之职，镇守漳州。洪武二年，翁显被调往广东右卫任职。到这时，房文广作乱，翁显作为前锋奋力作战而死。皇帝下诏书追赠翁显为昭勇将军都指挥佥事，让他的儿子翁仪承袭职位担任湖广都指挥佥事。
《大明太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝实录》第一百二十九卷。