在合众地区的冒险结束后，小智、艾莉丝和天桐告别了合众的伙伴们，一同乘船前往新的目的地——杰可罗拉群岛。一路上，他们分享着旅途中的点点滴滴，回忆着那些与宝可梦并肩作战的日子，笑声与海浪声交织在一起，为这段旅程增添了不少欢乐。而星海作为一位研究宝可梦生态的博士，听闻杰可罗拉群岛有着独特的宝可梦种类和生态环境，也决定前往那里展开研究。在船上，她偶然结识了小智一行人，被他们的热情和对宝可梦的热爱所感染，便决定与他们同行一段时间，一起探索这座神秘的群岛。
抵达杰可罗拉群岛后，他们被眼前美丽的自然风光所吸引。阳光洒在金色的沙滩上，海浪轻轻拍打着海岸，远处的山峦被郁郁葱葱的森林覆盖，充满了神秘的气息。小智一行人决定先在岛上的小镇休息一晚，为接下来的冒险养精蓄锐。
星海则迫不及待地拿出自己的研究设备，开始记录岛上的宝可梦生态信息。她观察到岛上的宝可梦们有着独特的行为模式和生活习性，这让她兴奋不已。她一边记录，一边向小智等人分享自己的发现，让他们也对宝可梦的世界有了更深的认识。
第二天，小智一行人得知了一个令人兴奋的消息：据说“乌地多彗星”即将降临，当彗星出现的时候，宝可梦们会聚集在山顶，并且会有不可思议的行动。这个传说激发了小智和伙伴们的好奇心，他们决定和三色堇一起前往山顶，一探究竟。
在前往山顶的途中，他们遇到了各种各样的宝可梦。有些宝可梦友好地向他们打招呼，有些则对他们充满了警惕。小智总是热情地与宝可梦们互动，试图与它们建立联系。而星海则在一旁观察着小智与宝可梦们的交流，她对小智与宝可梦之间深厚的情感纽带感到惊叹。
当他们终于到达山顶时，发现了一个古老的对战区遗迹。据说这里是勇者乌地多曾经展开无数战斗的地方，如今虽然已经破败不堪，但依然能感受到当年战斗的激烈氛围。他们在阴暗的通道中小心翼翼地前进，突然，火箭队从一旁的角落里跳了出来。
“小鬼们，把你们的宝可梦都交出来吧！”武藏嚣张地喊道。
“火箭队！你们又来捣乱了！”小智愤怒地说道。
“这次可不会让你们轻易得逞！”小次郎也跟着附和道。
小智立刻派出了皮卡丘，皮卡丘的脸颊上闪烁着电火花，准备随时发动攻击。星海则静静地站在一旁，她知道小智和皮卡丘的实力，相信他们能够应对这次挑战。
火箭队也派出了自己的宝可梦，一场激烈的战斗就此展开。皮卡丘灵活地躲避着火箭队宝可梦的攻击，同时不断地发动电击技能。火箭队的宝可梦们虽然奋力抵抗，但在皮卡丘的强大攻击下，逐渐陷入了劣势。
就在战斗进入白热化阶段时，一只神秘的宝可梦突然从遗迹中飞了出来。它的身体呈蓝色，翅膀上有着独特的纹路，正是音波龙。音波龙的出现让所有人都感到惊讶，它似乎对火箭队的行为非常不满，发出了强烈的音波攻击，将火箭队的宝可梦们打得措手不及。
火箭队见势不妙，立刻放出烟雾弹，准备逃跑。“哼，这次算你们走运，下次我们还会再来的！”武藏不甘心地喊道。
小智和伙伴们并没有去追火箭队，他们的注意力都被音波龙吸引住了。音波龙在天空中盘旋了几圈后，缓缓降落在他们面前。它的眼神中透露出一种友善，似乎在向他们表达感谢。
小智走上前去，轻轻地抚摸着音波龙的头，说道：“谢谢你，音波龙。你真的很厉害！”音波龙似乎听懂了小智的话，高兴地叫了一声。
星海拿出自己的研究设备，开始对音波龙进行观察和记录。她发现音波龙的音波技能有着独特的频率和能量波动，这让她对宝可梦的技能研究有了新的启发。
随着时间的推移，“乌地多彗星”终于出现在天空中。耀眼的光芒照亮了整个山顶，宝可梦们纷纷从四面八方赶来，聚集在山顶上。它们围绕着彗星欢快地跳跃着，仿佛在举行一场盛大的庆典。
小智和伙伴们被眼前的景象所震撼，他们静静地站在一旁，感受着这神奇的一刻。星海则不停地按下相机的快门，记录下这难得一见的画面。
在彗星的光芒消失后，宝可梦们也逐渐散去。小智和伙伴们带着满满的收获，离开了山顶，继续他们的冒险之旅。
在接下来的几天里，小智一行人继续在杰可罗拉群岛上探索。他们遇到了各种各样的训练家，与他们进行了激烈的宝可梦对战。小智在对战中不断地提升自己的实力，他的宝可梦们也在战斗中变得更加默契和强大。
星海则专注于自己的研究工作，她深入了解了岛上宝可梦的生态环境和进化历程。她发现岛上的一些宝可梦在特殊的环境下能够发生独特的进化，这一发现让她兴奋不已。她将这些发现详细地记录下来，准备带回研究所进行更深入的研究。
然而，天下无不散之筵席。随着时间的推移，小智、艾莉丝和天桐也到了分别的时候。艾莉丝为了要与小椿对战而来到了城都地区的烟墨市，天桐则决定暂时驻足在城都地区，想要收服一只暴鲤龙。他们为了各自的梦想，和小智告别，继续踏上了旅程。
小智虽然心中充满了不舍，但他知道每个人都有自己的梦想和道路要走。他祝福艾莉丝和天桐能够实现自己的梦想，然后带着皮卡丘，朝着自己的故乡真新镇出发。
在船只终于抵达关都地方的枯叶市之后，小智和星海也迎来了分别的时刻。星海要前往其他地区继续她的研究工作，而小智则要回到真新镇，看望自己的妈妈和寄放在大木博士研究所的宝可梦们。
“小智，这段时间和你一起冒险真的很开心。谢谢你让我看到了宝可梦训练家的热情和坚持。”星海感激地说道。
“我也很高兴能认识你，星海博士。希望你在研究中能有更多的发现。”小智笑着回应道。
两人告别后，小智带着皮卡丘回到了真新镇。他的妈妈看到他平安归来，激动地流下了眼泪。小智向妈妈讲述了自己在合众地区和杰可罗拉群岛的冒险经历，妈妈听得津津有味，为他的成长感到骄傲。
回到真新镇后，小智迫不及待地前往大木博士的研究所。他已经很久没有见到自己的宝可梦们了，心中充满了思念。当他走进研究所时，宝可梦们纷纷围了过来，用亲昵的动作表达着对他的思念。
“大家，我回来了！”小智兴奋地喊道。
皮卡丘也跳了下来，和其他宝可梦们一起玩耍起来。它们的欢声笑语回荡在研究所里，充满了温馨的气息。
星海在离开小智后，继续她的宝可梦研究之旅。她来到了一个神秘的地区，这里有着丰富的宝可梦资源和独特的生态环境。她在这里建立了自己的临时研究基地，开始对当地的宝可梦进行深入研究。
在研究过程中，星海遇到了一些困难和挑战。有些宝可梦非常神秘，难以接近和观察；有些则具有强大的力量，对她的研究设备造成了破坏。但星海并没有放弃，她凭借着自己的智慧和勇气，逐渐克服了这些困难。
她发现这里的一些宝可梦拥有特殊的能力和技能，这些能力和技能与它们的生存环境密切相关。她通过对这些宝可梦的研究，不仅深入了解了宝可梦的进化和生态，还为宝可梦的保护和培育提供了新的思路。
星海在神秘地区的研究工作取得了一些重要的进展。她发现了一种新的宝可梦进化形态，这种进化形态具有强大的力量和独特的技能。她将这一发现记录下来，并通过宝可梦通讯器与大木博士进行了交流。
“大木博士，我发现了一种新的宝可梦进化形态。它的能力非常强大，我想这对于宝可梦的研究来说是一个重要的突破。”星海兴奋地说道。
“哦？真的吗？这真是一个了不的发现！星海，你能详细说说它的特点吗？”大木博士也对这个发现非常感兴趣。
星海详细地向大木博士介绍了新进化形态的宝可梦的特点和能力，大木博士听后连连称赞。他鼓励星海继续深入研究，争取取得更多的成果。
在研究新进化形态宝可梦的过程中，星海还发现了一些关于宝可梦能量来源的线索。她发现这些宝可梦能够吸收周围环境中的特殊能量，并将其转化为自身的力量。这一发现让她对宝可梦的能量机制有了新的认识，也为宝可梦的训练和培育提供了新的方法。
与此同时，小智在真新镇也没有闲着。他开始对自己的宝可梦们进行新一轮的训练，为下一次的冒险做准备。他与宝可梦们一起进行各种训练项目，不断提升它们的能力和默契。
在训练过程中，小智也遇到了一些问题。有些宝可梦在掌握新技能时遇到了困难，有些则在与其他宝可梦的配合上出现了问题。但小智并没有气馁，他耐心地引导和帮助宝可梦们，通过不断地尝试和调整，最终解决了这些问题。
在城都地区的烟墨市，艾莉丝终于迎来了与小椿的对战。这是她成为龙之大师的重要一步，她心中充满了期待和紧张。
比赛开始前，艾莉丝和牙牙来到镇上，却突然发生了一件意外。一座喷水池不知为什么遭到了破坏，周围布满了坑洞。此时，一只野生的圆陆鲨突然从地底出现，咬住了艾莉丝的牙牙之后便逃掉了。
市民们本想要把圆陆鲨抓起来交给君莎小姐，但艾莉丝却阻止了他们。因为她认为“龙属性宝可梦没有坏孩子”，一定是发生了什么事。于是，艾莉丝决定要想办法找出圆陆鲨，并不再让它到处捣乱。
艾莉丝四处寻找圆陆鲨的踪迹，终于在一座废弃的建筑里找到了它。圆陆鲨因为害怕而躲在角落里，对艾莉丝充满了警惕。艾莉丝慢慢地靠近它，轻声地安慰着它，试图让它放松下来。
在艾莉丝的努力下，圆陆鲨逐渐放下了警惕。它向艾莉丝讲述了自己的遭遇，原来它是因为迷路才来到了城市，对这里的环境感到陌生和恐惧，所以才会到处捣乱。
艾莉丝决定帮助圆陆鲨回到它原来住的地方。在寻找圆陆鲨家乡的过程中，艾莉丝遇到了返程经过的道馆馆主小椿。小椿被艾莉丝的善良和对宝可梦的关爱所感动，决定帮助她一起寻找圆陆鲨的家乡。
通过小椿的说明，艾莉丝得知圆陆鲨可能来自于花田。她们沿着线索一路寻找，终于找到了圆陆鲨的家乡。圆陆鲨回到家乡后，开心地与同伴们团聚，艾莉丝也感到非常欣慰。
按照约定，艾莉丝与小椿前往烟墨道馆，艾莉丝正式对小椿进行了道馆对战请求。这场对战吸引了众多观众的目光，大家都期待着两位龙系宝可梦训练家之间的精彩对决。
对战开始，艾莉丝派出了快龙，小椿则派出了之前收服的异色赤面龙。快龙展开巨大的翅膀，在空中盘旋，展示出强大的气场。赤面龙也不甘示弱，发出一声怒吼，准备迎接挑战。
快龙率先发动攻击，它喷出一道炽热的喷射火焰，向着赤面龙飞去。赤面龙迅速躲避，然后使用龙尾攻击快龙。快龙灵活地避开了攻击，接着使用冰冻光束将赤面龙的龙尾冰冻住。
赤面龙用力挣脱了冰冻，然后使用喷射火焰反击。快龙的喷射火焰不敌对方的喷射火焰，被打中后失去了平衡，从空中坠落。这一击让快龙受到了不小的伤害，它的情绪变得有些不稳定，开始胡乱攻击。
艾莉丝看到快龙陷入了困境，心中非常着急。她大声呼唤着快龙的名字，试图让它恢复理智。在艾莉丝的呼唤下，快龙逐渐冷静下来，它重新振作起来，准备再次战斗。
快龙使用了它的绝招——逆鳞。它全身散发着强大的能量，向着赤面龙冲了过去。赤面龙也使用龙之怒进行反击，两道强大的能量在场地中央碰撞，产生了巨大的爆炸。
烟雾散去后，快龙和赤面龙都受了重伤，但它们依然坚持着。快龙最后使出了浑身解数，使用冰冻光束将赤面龙冰冻了起来。然而，赤面龙并没有被打败，它用劈开技能打破了冰冻，然后接上一发龙之怒，快龙终于不敌，被打败了。
虽然艾莉丝输掉了这场对战，但她并没有感到沮丧。她从这场对战中收获了很多，她更加了解了自己的宝可梦，也明白了自己还有很多需要学习和提升的地方。她决定继续修行，朝着龙之大师的目标前进。
在艾莉丝与小椿对战的同时，小智也在真新镇关注着这场比赛。他通过宝可梦通讯器观看了比赛的全过程，为艾莉丝的精彩表现鼓掌。他知道，艾莉丝一定会实现自己的梦想，成为一名优秀的龙之大师。
而星海在完成了神秘地区的研究工作后，也决定回到自己的研究所，对这次的研究成果进行整理和分析。她期待着下一次的冒险，能够发现更多关于宝可梦的秘密。
在这个充满无限可能的宝可梦世界里，小智、艾莉丝、星海和他们的宝可梦们的故事还在继续。他们将带着对宝可梦的热爱和对梦想的追求，不断前行，迎接新的挑战和机遇。