随着战场扩大，苍梧星、烁金族、星翼族的协作逐渐暴露矛盾，这些差异在战斗中被无限放大：
苍梧星擅长 “防御牵制”，烁金族偏好 “主动进攻”，星翼族注重 “游击干扰”，三种战术常冲突。玄冰星系摧毁暗物质提炼厂时，玄铁未等星翼族发 “干扰完成” 信号，就下令铁脊战舰冲锋，导致暗物质炸弹提前引爆，三艘战舰被炸毁。
“玄铁！你为什么不等信号！” 青禾在通讯器里怒吼，“我们的星藤还没缠住敌舰，你们就冲了！” 玄铁也很激动：“再等下去，掠夺者就要转移病毒样本了！难道要眼睁睁看着他们跑？” 丰收立刻调解：“别吵了！我们制定个衔接流程 —— 星翼族干扰后发蓝色信号，苍梧星用星藤缠住敌舰发绿色信号，最后烁金族进攻，这样谁都不耽误。” 后续演练中，众人严格按流程行动，战术配合效率提升 40%，玄铁也主动向青禾道歉：“之前是我太急了，以后一定按约定来。”
星际掠夺者内奸故意篡改情报，让苍梧星误以为烁金族隐瞒暗物质解毒剂研发进度。战斗中，玄铁的旗舰被虹吸炮锁定，向青禾请求星藤支援，青禾却犹豫：“你们有解毒剂却不分享，凭什么让我们冒险？” 最终旗舰被击中，装甲受损严重。
揪出内奸后，陈蕾在联盟会议上公开解毒剂研发数据：“所有进度都在这里，没有任何隐瞒。内奸的挑拨不能让我们失去信任。” 玄铁看着数据，对青禾说：“是我没及时沟通，对不起。” 青禾也有些愧疚：“我不该轻信假情报，以后苍梧星的星藤技术，也会和大家共享。” 信任裂痕逐渐修复，众人明白：盟友间的坦诚，比任何武器都重要。
长期战斗让团队成员的个人执念暴露，与 “守护文明” 的大义产生冲突：
丰收在方舟中发现父亲的未完成日志，记载着 “用三星堆技术复活上古先民” 的计划 —— 需消耗大量火种能量，可能导致方舟激活失败。血骨趁机传递虚假技术方案：“只要抽 30% 火种能量，我就能帮你复活父亲，这是你唯一的机会。”
丰收盯着日志，陷入挣扎：父亲的遗愿近在眼前，可文明存续也至关重要。战斗中，他因分心查看日志，误判掠夺者进攻方向，启元号能源舱险些被击中；又因错过三星共振时机，延长了方舟激活时间。陈蕾看着他日渐憔悴，拿出父亲的另一本笔记：“你看这里，叔叔写着‘文明的火种，从不是某个人的延续，而是所有人的守护’。他要是知道你为了复活他放弃文明，肯定会难过的。”
丰收沉默许久，终于将日志上传联盟数据库：“你说得对，父亲的心愿，应该是让文明更好地延续。” 那一刻，他彻底放下执念，指挥也重新变得果断。
陈蕾多次破解密钥失误：反噬波导致小张受伤、暗物质病毒泄露、输错分流密码…… 她甚至提出：“让其他科学家来做吧，我总是出错，会连累大家。” 一次战斗中，她因犹豫未及时关闭受损能量导管，导致暗物质病毒扩散，老李为清理病毒，防护服被腐蚀。
“陈蕾，看着我！” 丰收抓住她的肩，“你破解青铜纵目面具、激活玄戈星系中继站，哪次不是关键？这次失误只是意外，我们一起改进就好！” 小张也说：“陈姐，要不是你研发的干扰程序，我上次就被傀儡击中了！你别放弃啊！” 陈蕾看着众人的信任目光，终于重拾信心：“好，我再试一次 —— 这次我把神经接驳装置和方舟核心直接连接，用意识校准频率，一定不会错！” 尽管操作有大脑损伤风险，但她眼神坚定，最终成功校准频率，激活了方舟能源分流系统。
这些困境，本质是文明成长的必经之路：星际掠夺者的技术升级，考验人类的创新能力；上古文明的考验，筛选文明的道德底线；盟友的矛盾，锻炼协作的包容心；个人的执念，要求在 “小我” 与 “大我” 间抉择。
丰收在战后总结时说：“我们对抗的从来不是星际掠夺者，而是文明里的‘贪婪’‘猜忌’‘恐惧’。在玄戈星系，我们学会和盟友磨合；在方舟，我们克服了自己的执念。只有战胜这些，才能真正成为银河文明的一员。”