避疫所的改建，在刘院判的全力支持和林婉清不眠不休的督导下，以惊人的速度推进。石灰画出的白线将义庄分割成泾渭分明的区域，简易的草棚被改造成相对隔离的病舍，熬药、净手、更衣的处所一一设立。林婉清亲自示范如何穿戴浸过药汁的罩衫、佩戴多层棉纱口罩，如何用烈酒净手，事无巨细，严格要求。起初，无论是衙役、药工还是征召来的民夫，都对这套繁琐苛刻的规矩怨声载道，但在林婉清身先士卒、数次严厉惩戒违规者后，秩序终于勉强建立起来。
然而，真正的挑战，在于病患本身。重症区内，哀鸿遍野，痛苦呻吟不绝于耳。孙医正主导的大剂清瘟败毒方，对部分体质强健的早期患者确有缓解，但对于老弱及重症者，往往回天乏术，死亡率依旧居高不下。更可怕的是，不断有新的病患被送入，疫情并未得到有效遏制。绝望的气息，如同瘟疫本身，在隔离区内弥漫。
林婉清深知，被动治疗如同杯水车薪，必须主动出击，寻找预防之法。她将目光投向了那些极少数的、在与病魔搏斗后幸存下来的人。她冒险进入康复区，仔细询问、记录他们的发病过程、症状变化乃至饮食起居的每一个细节。她发现，这些幸存者，此后似乎对痘疹有了抵抗力，照顾其他病患也未见再感染。
一个大胆的、在此刻堪称惊世骇俗的念头，在她心中疯狂滋长——人痘接种法！
她知道，这个方法风险极高。取自痊愈者痘痂的“疫苗”，若毒性控制不当，或接种者体质特殊，极易引发真正的感染，甚至死亡。但面对汹涌的疫情，这或许是唯一能大规模保护健康人群的希望。
她将自己关在临时辟出的“医案室”内，翻阅着所能找到的一切关于“以毒攻毒”的零星记载，结合现代免疫学知识，反复推敲取痂、研粉、稀释、接种的每一个步骤，试图将风险降到最低。她知道，这个想法一旦提出，必将引来滔天巨浪般的反对，尤其是来自孙医正和钱医士。
果然，当她小心翼翼地向刘院判透露此想法时，一直支持她的刘院判也骇然变色：“林医官！此法闻所未闻！主动将疫毒植入健康人体内，此非治病，实为造疫！若有不测，激起民变，你我有几个脑袋够砍？！”
“院判大人！”林婉清言辞恳切，目光灼灼，“下官深知此法凶险。然观疫情，若只治不防，疫火焚原，终将无可收拾。人痘之法，虽险，却有一线生机。古籍有载‘取苗苗以稀毒’，民间亦有类似传闻。下官愿立军令状，先以自身试苗，若成，再择体健者小范围试种，若有差池，婉清一力承担！”
她的决绝让刘院判动容，但兹事体大，他依旧犹豫不决。
消息不知如何走漏，孙医正立刻联合钱医士及几位保守太医，气势汹汹地前来问罪。
“林婉清！你妖言惑众，竟欲行此戕害生灵的妖法！”孙医正指着她的鼻子厉喝，“刘大人！万不可听信此女妄言！若酿成大祸，太医院声誉扫地，你我皆成千古罪人！”
钱医士阴恻恻地附和：“林医官莫非是想用百姓性命，来验证你那不知从何处学来的邪术？其心可诛！”
面对围攻，林婉清孤身而立，背脊挺得笔直。她不再辩解，只是深深一揖：“诸位大人，疫病当前，常规之法已见瓶颈。婉清愿以性命担保，只求一个试法的机会。若败，甘愿领死；若成，或可救万千生灵于水火。孰轻孰重，请刘院判、孙副使明鉴！”
她的坚持与无畏，让喧闹的场面暂时安静下来。所有人的目光都聚焦在刘院判身上。
就在刘院判左右为难之际，一名衙役惊慌失措地跑来禀报：“大人！不好了！城外流民聚集地发现疫情，已有数十人病倒，流民躁动，恐要冲击关卡！”
屋漏偏逢连夜雨！刘院判脸色剧变，若流民区失控，疫情将彻底扩散，后果不堪设想！
“刘大人！”林婉清抓住机会，疾声道，“流民体质羸弱，一旦感染，十死无生！请允许下官前往流民区，试行隔离防疫之法，并……寻找自愿试种人痘者！此为控制疫情最后的机会！”
孙医正还想反对，刘院判已猛地一拍桌子，下了决心：“罢了！非常之时，行非常之法！林婉清，本官准你前往流民区，全权处置！但需立下字据，一切后果，由你自负！孙副使，你留守主隔离区，不得有误！”
这是将最大的风险，也是唯一的机会，交给了林婉清。
林婉清没有丝毫犹豫，提笔立下军令状，随即带着几名自愿跟随的医工和衙役，奔赴城外那片更加混乱、更加绝望的流民聚集地。
流民区的状况比想象中更糟。污水横流，人畜杂处，新发现的病患被随意丢弃在草棚中，等死。恐慌和绝望如同瘟疫般蔓延。
林婉清没有浪费时间，她立即以铁腕手段划定隔离带，组织尚有气力的流民清理环境，焚烧秽物，分发煮沸的饮水。她穿梭于病患之间，仔细检查，将症状轻微者与重症者分开。
同时，她开始寻找合适的“种子”。她找到了一位刚刚痊愈、身体相对强健的少年，耐心说服其父母，取得了极少量的痘痂。她按照深思熟虑的方案，极其小心地研磨、稀释，然后，在无数双或怀疑、或恐惧、或期盼的目光注视下，她卷起自己的衣袖，用洁净的银针，在臂上划开一道微小的血痕，将第一份“痘苗”，种入了自己的体内！
那一刻，万籁俱寂。所有人都屏住了呼吸。
接下来的几天，是煎熬的等待。林婉清强忍着低热、不适，仔细记录着自己的每一点反应。孙医正派来的眼线日夜监视，等着她“毒发身亡”的消息。流民中谣言四起，有人称她为菩萨，也有人骂她是妖魔。
五天后，林婉清臂上的痘疹如期出现，但症状轻微，很快结痂脱落。她成功度过了危险期！人痘接种，在她身上初步验证了可行性！
消息传开，流民区沸腾了！希望之火，首次在这片死亡之地点燃。陆续有胆大者或走投无路者，自愿要求接种。
然而，就在林婉清准备扩大接种范围时，一天深夜，她存放药材和痘苗的临时棚屋，突然燃起了熊熊大火！火势迅猛，瞬间吞噬了多半心血。
纵火！有人不想看到她成功！
林婉清站在焦黑的废墟前，火光映照着她沾满烟灰却异常冷静的脸庞。她知道，与瘟疫的战争还未结束，与人的战争，已经图穷匕见。