拉蒂欧斯的翅膀穿透源初之山的云层时，空气中的能量浓度几乎凝成实质 —— 整座山峰泛着三色光晕：山脚的土黄（固拉多能量）、山腰的深蓝（盖欧卡能量）、山顶的淡绿（烈空坐能量），却被一道暗红能量网强行缠绕，像是要将三股力量拧成扭曲的绳索。暗骨组织的巨型飞艇悬浮在山顶平台，下方的 “三神融合装置” 正发出刺耳的嗡鸣，三根能量管分别插入山体，贪婪地抽取着丰缘的本源能量。
“终于来了！” 暗骨领头人站在装置顶端，身边浮现出三只改造宝可梦的身影，“这是我为你们准备的‘三神傀儡’—— 改造班基拉斯（地）、改造巨沼怪（水）、改造暴飞龙（空），正好用来测试三神碎片的力量！”
改造班基拉斯率先踏前一步，厚重的脚掌踩碎地面的岩石，暗紫色的沙尘暴从它背后涌起，沙尘中夹杂着尖锐的岩石碎片，朝着小智一行呼啸而来。“固拉多碎片的能量！” 小智立刻举起土黄碎片，淡金光晕从碎片中扩散，地面突然隆起一道土黄色的能量屏障，岩石碎片撞在屏障上瞬间化为粉末，“班基拉斯，你真正的力量不是破坏，是守护大地的厚重！”
班基拉斯的眼中闪过一丝挣扎，却被脖颈上的控制项圈强行压制，它猛地甩动尾巴，带着暗能量的岩崩朝着屏障砸来。“皮卡丘，精准十万伏特！” 小智大喊，皮卡丘的尾巴凝聚起细如发丝的电流，没有攻击班基拉斯，而是瞄准项圈上的能量接口 —— 金色电流如箭般刺入，项圈的红光瞬间闪烁，岩崩的速度骤然减缓。
亚克诺姆的金黄光晕趁机缠绕住班基拉斯的身体，意志能量中浮现出固拉多在火山喷发时守护族群的画面：“你记得的，大地的力量是孕育生命，不是毁灭！” 淡金的意志能量渗入班基拉斯的核心，它突然发出一声震耳的 roar，尾巴不再攻击，反而顶住了即将崩塌的能量屏障，项圈在剧烈的能量冲击下 “咔嗒” 碎裂，沙尘暴渐渐消散，露出班基拉斯眼中恢复清明的淡棕光芒。
“可恶！巨沼怪，用水炮淹没他们！” 暗骨领头人怒喝，改造巨沼怪的鳃部喷出漆黑的水炮，水炮中泛着暗红的毒能量，所过之处，地面的青草瞬间枯萎。米可利立刻跃到前方，美纳斯的身体泛起莹蓝光泽，水幕化作螺旋状的 “净化之涡”，将黑污水炮层层包裹 —— 淡蓝的水之意志与深蓝的盖欧卡碎片能量交织，黑水中的毒能量被强行剥离，化作黑色的雾气消散在空气中。
“巨沼怪，你感受过海洋的温柔吗？” 米可利的声音带着水之共鸣，盖欧卡碎片在他掌心泛起蓝光，“不是狂暴的海啸，是滋养生命的溪流，是守护族群的洋流！” 美纳斯的水幕突然展开，映出巨沼怪未被改造时，在溪流中与同伴嬉戏的画面。
巨沼怪的水炮渐渐减弱，漆黑的水流中渗出一丝纯净的蓝光。“艾路雷朵，古木能量辅助！” 小悠下令，淡紫色光带缠绕住巨沼怪的身体，古木能量顺着光带渗入，它鳃部的暗能量渐渐消退。当美纳斯的净化之涡彻底包裹巨沼怪时，它突然收起水炮，用爪子轻轻碰了碰美纳斯的身体，眼中满是歉意 —— 控制项圈在这一刻自动崩裂，清澈的水炮从它鳃部喷出，朝着融合装置的能量管轰去，瞬间击碎了一根水管。
最后剩下的改造暴飞龙发出刺耳的尖啸，翅膀展开时，暗绿色的破坏死光在它口中凝聚，周围的气流变得狂暴，连山顶的淡绿能量都开始紊乱。“烈空坐碎片！” 小智举起淡绿碎片，空中突然浮现出一道螺旋状的风之轨迹，烈空坐的虚影在轨迹中一闪而过，“暴飞龙，天空的力量是自由，不是被控制的工具！你向往的是无拘无束的飞翔，对不对？”
暴飞龙的破坏死光停在口中，翅膀的扇动变得犹豫。超梦的红色光带突然缠住它的翅膀，超能力中传递出烈空坐与飞行宝可梦群在高空翱翔的画面：“你本可以和它们一起，在天空中追逐云朵，而不是成为别人的武器。” 淡红的超能力与淡绿的烈空坐碎片能量交织，形成一道 “天空之链”，将暴飞龙的身体轻轻托起。
七夕青鸟突然冲向暴飞龙，粉光与淡绿光交织，风系能量在它们身边形成一道小小的彩虹：“一起飞吧，像以前一样。” 暴飞龙的眼中泛起水光，破坏死光彻底消散，它猛地挣脱暗骨组织的控制，翅膀上的暗纹渐渐褪去，露出原本的亮蓝羽毛。当它与七夕青鸟并肩飞向高空时，山顶的淡绿能量突然变得温顺，与烈空坐碎片的能量形成完美的共鸣。
“不可能！融合装置，过载启动！” 暗骨领头人疯狂地拍打控制台，装置的核心突然爆发出刺眼的暗红光芒，三根能量管同时断裂，源初之山的三股本源能量开始失控 —— 山脚的土黄能量引发剧烈的地震，山腰的深蓝能量掀起丈高的水浪，山顶的淡绿能量形成狂暴的龙卷风，整座山峰仿佛要被撕裂。
“三神碎片，平衡能量！” 小智将三块碎片举过头顶，土黄、深蓝、淡绿的光芒同时爆发，在空中形成一道三色交织的光轮。亚克诺姆的金黄意志能量融入光轮，美纳斯的水之能量、班基拉斯的大地能量、暴飞龙的天空能量也纷纷汇入 —— 当所有能量在光轮中融合时，失控的本源能量突然变得温顺，地震停止，水浪消退，龙卷风化为柔和的风，重新环绕在源初之山周围。
光轮缓缓降下，落在融合装置的核心上，暗红能量被瞬间净化，装置发出 “滋滋” 的电流声后彻底熄火。暗骨领头人瘫坐在控制台前，看着恢复平静的山峰，眼中满是绝望：“为什么…… 为什么你们总能唤醒它们？”
“因为你从来不懂宝可梦的心意。” 小智走到他面前，三神碎片在掌心泛着柔和的光，“力量不是用来控制的，是用来守护的；羁绊不是用来利用的，是彼此愿意并肩的心意 —— 这才是三神真正的力量，也是你永远得不到的东西。”
班基拉斯走到小智身边，用头颅轻轻蹭了蹭他的手臂；巨沼怪和米可利的美纳斯并肩站在山腰，守护着重新清澈的溪流；暴飞龙与七夕青鸟在高空翱翔，翅膀划出的光带与烈空坐的虚影交织。源初之山的三色光晕重新变得和谐，土黄、深蓝、淡绿的能量在山顶汇聚，形成一枚巨大的 “三神平衡印记”，映照着小智与伙伴们的身影。
超梦的红色眼眸中满是欣慰：“丰缘的平衡保住了，暗骨组织的阴谋彻底破产了。” 米可利走到小智身边，递给他一枚淡蓝的 “水之徽章”：“这是琉璃道馆的徽章，也是丰缘守护者的证明 —— 你用羁绊的力量，做到了连三神都认可的平衡。”
小智握紧徽章和三神碎片，抬头望向高空的暴飞龙与七夕青鸟，嘴角扬起灿烂的笑容：“不是我一个人做到的，是大家的羁绊，是三神的信任，是所有愿意守护和平的宝可梦们一起做到的！”
夕阳西下，源初之山的光芒与晚霞交织，形成一片温暖的光海。拉蒂欧斯和拉蒂亚斯展开翅膀，载着小智一行朝着琉璃市的方向飞去，身后的三神平衡印记渐渐融入山峰，成为丰缘永恒的守护象征。第 2 卷的冒险落下帷幕，但属于小智与伙伴们的羁绊征程，还将在更广阔的世界里，继续书写新的传奇。