平次此次来到京都的目的，与敖游和毛利小五郎的初衷大相径庭。他此行是为了追踪一个臭名昭着的盗贼组织——“源氏萤”。这个组织在十几年前曾如幽灵般游荡在日本各地，盗取了大量珍贵文物，其成员之间以义经及其随从的名字互称，行事诡秘。
然而，就在人们以为他们已销声匿迹多年之后，近期，大阪、京都、东京等地却接连发生了多起杀人案件。调查发现，这些被害人竟然都是“源氏萤”的成员，也就是说，这个曾一度消失的盗贼组织如今却以被害人的身份重新进入了警方的视线。
在这些被害人中，有一位在大阪经营着一家大阪烧店，平次是那里的常客。尽管震惊于这位店主竟是盗贼集团的一员，但出于过去的交情，平次决定深入调查凶手，为老板讨回公道。
他之所以选择京都作为调查地点，是因为警方判断这伙人的老巢很可能就藏匿于此。这次案件由京都府主导调查，而京都府警察本部向来是世家聚集之地，那里的警察心高气傲，自然不会允许侦探插手案件工作。
更何况，京都这个地方鱼龙混杂，世家们更倾向于依靠自己的私兵来解决纠纷，京都府警察则更偏向于维持表面的治安。因此，京都府堪称日本少数几个坚决不允许侦探插手警方案件的地区。当然，他们并不禁止侦探这个职业，侦探来这里调查自己的事情，他们也不管。
因此，哪怕是平次，也只是打算一个人调查而已。若不是小爱盛情邀请，平次原本是不会带着和叶一同前来的，只是没想到这次京都之行竟然暗藏玄机，有个大坑等着他们。
而毛利小五郎和敖游二人此次的任务，则是受一座石庙的委托，寻找十年前被盗走的一尊佛像。虽然佛像被盗已久，但当年住持并未选择报警，他秉持着一种随缘的心态，认为佛像若是有缘自会重现人间，同时也不希望此事曝光。结果这十年来，寺庙方面愣是什么也没做，佛像依旧下落不明。
然而，问题在于这尊佛像每十年就要公开展示一次，如今眼看就要藏不住了。在底下人的再三劝说下，主持终于决定聘请两位东京侦探来破案。之所以不请京都本地的侦探，估计是出于家丑不可外扬的考虑吧。当然，最重要的原因是几天前，有人匿名给寺庙邮寄了一张类似藏宝图的谜语，并声称解开这个谜语就能找到佛像的所在地。这一线索让主持决定请人前来解密。
听完这个委托，小爱忍不住心里调侃道：“这玩意儿该不会是被那主持老头自己监守自盗，卖了换酒喝了吧？瞅他那模样就不老实，那个谜语估计也是他自己搞出来的鬼把戏！”
不过，这个谜语本身对小爱他们来讲其实无所谓。虽然佛像已经消失了十年，但原本用来放置佛像的寺庙房间依然保留着，而且这些年寺庙对房间的打扫也算勤快，与佛像相关的很多东西都未曾丢失。因此，除非这尊佛像牵扯到异人界的深层次秘密，否则只要让一里施展一个追踪阵法，就能轻松找到它的下落。
果不其然，一里在拿到与佛像相关的物品后，偷偷布下了一个阵法。不久，她便发现这尊佛像其实就藏在京都鞍马山的玉龙寺的一座建筑内。
一里本打算将这个发现偷偷告诉敖游和快斗，但快斗却看了看远处的平次和柯南，说道：“一里，这个佛像的事情你就不用和我说了。我去解读一下这个暗号。佛像的事情，你们先去看看什么情况。十年都没能脱手，估计里面有什么问题。”
小爱则满不在乎地说：“那我就去京都溜达溜达，傍晚再过去瞅一眼吧。你们最好在傍晚前解开谜团。”
快斗点了点头：“我知道了，我先去和平次、柯南汇合了。”
于是，快斗、平次、柯南加上刘虎和敖游，自然都动了解谜的心思。而小爱这些女士加上小孩子，则决定去京都旅行一番，毕竟她们在温泉酒店已经定了一个星期的房间，自然要好好享受一番。皇室方面其实已经派了导游过来，因此小爱她们是有专业向导的。见完委托人后，小爱她们便直接和向导汇合，由向导开着大巴车带着众人游览京都的风景名胜。
一位身姿婀娜、面容姣好的美女款步走来，在小爱他们面前站定后，盈盈一礼，脆生生地说道：“叶大人，我是这次负责为各位引路的向导，花田。”那声音如黄莺出谷，清脆悦耳。
小爱挑了挑眉，嘴角挂着一丝笑意，大大咧咧地开口：“请多指教哈！对了，你是哪家的呀？”
花田微微一笑，眼神不经意间看向了皇居的方向。小爱何等聪慧，只这一个眼神，便心里有数了，这定是皇家的人，而且看这气质和实力，估计还是宗师级别的人物，说不定就是御藩众中的一员呢。
京都的景色宛如一幅徐徐展开的绝美画卷，美不胜收。毕竟与东京那种在现代发展中迅速崛起的城市不同，京都可是有着深厚历史底蕴的古城，街头巷尾处处可见古色古香的建筑，飞檐斗拱，雕梁画栋，仿佛在诉说着往昔的繁华。小爱这一大帮人就像一群欢快的鸟儿，在京都的各个景点间穿梭游览着，欢声笑语回荡在古巷之中。
然而，和叶却显得兴致缺缺，整个人有些无精打采，眼神中隐隐透露出一丝忧虑。小兰见状，轻轻走到和叶身边，挽住她的胳膊，关切地问道：“怎么了和叶？还在为红叶的事情犯愁吗？山本先生不是都说了，不会让红叶乱来的嘛。况且快斗他们也在呢，要是红叶真来了，他们肯定会第一时间联系我们的呀。”
和叶轻轻叹了口气，摇了摇头说道：“不是啦，我是担心别的事情。平次来京都可不只是为了眼前这些事儿，他还有另一个目的，就是找到那个让他心动的女孩！昨天被红叶的事情搅得，我差点把这事儿给忘了！红叶那事儿本来就是她自己在那儿瞎臆想，可平次要找心动女孩这事儿总不是假的吧！”