朝堂上的短暂平静，并未持续多久。朱高煦及其联合的守旧势力，如同潜伏在阴影中的猎豹，耐心等待着猎物露出破绽。而林庆云与苏婉清因身份坦白而更加紧密的合作，以及他们基于张明远完整知识体系所展现出的、愈发“离经叛道”的研发方向，恰好成了他们发动总攻的号角。
这一次的发难，不再局限于御史的风闻奏事，而是有备而来的组合拳。
首先发难的，是礼部一位掌管典仪的老侍郎。他引经据典，从《礼记》、《周官》出发，痛陈“男女有别，内外有分”乃天地正理，苏婉清以一女子之身，不仅出入朝堂，更主持机巧阁这等要害部门，与众多工匠、官员混杂一处，实乃“牝鸡司晨，阴阳颠倒”，有伤风化，动摇国本。他恳请朱棣恪守祖宗成法，罢黜苏婉清，令其回归内帷。
此论一出，立刻得到了众多恪守传统礼教的文官附和。他们未必全然反对科技，但苏婉清的女性身份，触碰了他们心中不可逾越的礼法红线。
紧接着，一位与朱高煦过往甚密的武将（并非王焕，而是另一位资历更老、在军中颇有声望的勋贵）出列，他没有直接攻击林庆云，而是将矛头指向了“土壤寻药”本身。
“王爷！”老将军声若洪钟，带着战场上历练出的煞气，“末将是个粗人，不懂什么微……微生物，也不懂什么双旋链条！末将只知道，将士们受伤了，需要的是金疮药，是能止血生肌的草药！林主事放着现成的医道正途不走，偏要带着人去挖泥巴，还说什么泥巴里有克制病邪的宝贝？此等行径，与乡野巫祝何异？传扬出去，岂不让天下人笑话我北平无人，竟信此等无稽之谈！更让前线将士寒心！”
他话语粗粝，却极具煽动力，尤其能引起那些对新技术本就心存疑虑的军中旧部的共鸣。
最后，则由一位以博闻强记着称的翰林学士，对张明远手稿的“正统性”提出了根本性质疑。
“王爷，”翰林学士言辞恳切，却暗藏机锋，“忠勇伯张明远，确乃一代神医，活人无数，臣等亦深为敬仰。然，其晚年手稿，多有……多有匪夷所思之论，迥异于圣贤经典，亦不合传统医理。所谓‘万物生机藏于双旋’，此等言论，与道家炼丹之玄谈何异？是否乃忠勇伯晚年……心智昏聩之呓语，尚未可知也！”
他顿了顿，环视众人，继续道：“林主事与苏主事，年纪尚轻，或为先师盛名所惑，一味笃信此等未经验证之‘遗泽’，弃千百年验证之正道于不顾，此非治学之道，更非治国之道！若因其执迷，而延误战机，祸及苍生，则悔之晚矣！臣恳请王爷，明鉴是非，莫使二人误入歧途，更误我北平大局！”
这一连串的攻击，角度刁钻，层层递进。从礼法到实务，再到理论根基，几乎将林庆云与苏婉清，以及他们所代表的科技路线，彻底否定。朝堂之上，反对的声浪一浪高过一浪。许多原本中立甚至略微同情科技派的官员，在“礼法”和“正统”的压力下，也开始动摇、沉默。
朱高煦依旧没有亲自下场，但他站在班首，冷眼旁观着这一切，享受着将对手逼入绝境的快意。他相信，在如此汹涌的攻势下，父王就算再偏爱那两人，也不得不考虑朝野的舆论和军心的稳定。
林庆云与苏婉清面临着空前的压力。关于礼法的指责，苏婉清可以漠视，但关于“土壤寻药”的荒谬性质疑，以及对张明远手稿正统性的否定，却是动摇他们事业根基的致命攻击。
林庆云数次想要出列辩驳，但都被更激烈的声浪压了回去。他心中焦急，却知道在此刻群情汹涌之下，单凭口舌之争，已难以挽回局面。他看向轮椅上的朱棣，王爷依旧沉默，深邃的目光扫过争辩的双方，无人能窥知其内心想法。
姚广孝终于动了动，他微微上前一步，在朱棣耳边低语了数句。朱棣目光微闪，依旧未发一言。
就在局面几乎一边倒之际，突然，殿外传来一阵急促的脚步声，一名百草阁的低级医官，不顾礼仪，气喘吁吁地冲到殿门外，被侍卫拦住。
“王爷！王爷！百草阁急报！林主事！找到了！找到了！”那医官的声音带着狂喜，穿透了殿内的喧嚣。
所有人的目光瞬间被吸引过去。
林庆云心中一动，立刻向朱棣躬身：“王爷，容臣一问？”
朱棣微微颔首。
林庆云快步走到殿门处，低声询问片刻，脸上瞬间绽放出难以置信的激动光彩。他转身，大步走回殿中，之前的凝重与焦急一扫而空，取而代之的是一种如释重负的昂扬。
他面向朱棣，深深一揖，声音因激动而微微发颤，却清晰无比地响彻整个承运殿：
“启禀王爷！臣，幸不辱命！依先师张明远遗法，于西山南麓一份土壤样本中，成功分离出一株奇异霉菌！经初步活体验证，此霉菌分泌之物，对那耐受青霉素的顽固病菌，有极强克制之效！”
他猛地抬起头，目光灼灼，扫过那些刚刚还在激烈抨击他的官员，最终定格在面色骤变的朱高煦脸上，一字一句道：
“先师遗泽，绝非虚妄！土壤寻药，亦非徒劳！”
“攻克抗药菌之新型药剂，已现曙光！”
满殿皆寂。