暗黑主力撤退后的第三日，灵明带着妖皇玺和上古残卷，前往天庭面见玉帝。凌霄宝殿内，玉帝坐在龙椅上，神色复杂地看着灵明 ， 他既需要妖族的力量对抗暗黑族，又忌惮妖皇玺的强大。
“灵明天帝，你所说的五重本源，涉及天庭的昊天镜，此物乃天庭至宝，岂能轻易交出？” 玉帝开口，语气带着犹豫。
灵明将上古残卷递给玉帝：“玉帝陛下，若不摧毁暗黑本源晶核，暗黑族会源源不断地入侵三界，到时候别说昊天镜，整个天庭都会被暗黑气息吞噬。只要集齐五重本源，开启暗渊通道，俺愿亲自前往暗渊，摧毁晶核，绝不牵连天庭。”
二郎真君站在一旁，上前说道：“父皇，灵明天帝所言极是。如今暗黑族已对天庭构成威胁，凌云关的天兵已多次与暗黑族残余交火，若不尽快解决，后果不堪设想。”
玉帝沉吟片刻，终于点头：“好！朕同意借出昊天镜，但需二郎真君陪同，确保昊天镜的安全。”
离开天庭，灵明又前往西天极乐世界。阿弥陀佛早已在雷音寺等候，他看着上古残卷，双手合十：“阿弥陀佛，贫僧同意借出九品莲台本源。只是暗渊通道开启时，需三界气运共鸣，妖皇城、天庭、西天极乐世界需同时举行祭祀，汇聚气运，否则通道会不稳定。”
“多谢阿弥陀佛大师！” 灵明大喜，“俺这就去东海龙宫，寻找龙族的深海之心。”
东海龙宫位于东胜神洲的东海深处，灵明乘坐混沌战船抵达时，龙王正带领龙族士兵加固防御。看到灵明，龙王连忙上前：“灵明天帝，你来得正好！暗黑族的残余已多次攻击龙宫，幸好有深海玄冰卫守护，才勉强守住。”
灵明说明来意后，龙王沉默片刻，说道：“深海之心乃龙族的本源至宝，献出它，老龙的修为会大跌。但为了对抗暗黑族，老龙愿意献出！”
龙王带领灵明来到龙宫的禁地，禁地中央的水池中，一颗蓝色的水晶悬浮着，散发着浓郁的水之本源气息 ， 正是深海之心。龙王伸手将深海之心取出，递到灵明手中，他的头发瞬间变得花白，气息也弱了不少。
“龙王陛下，多谢！” 灵明接过深海之心，心中满是感激。
集齐昊天镜、九品莲台本源、深海之心后，灵明返回妖皇城，接下来要寻找的，是妖神刑天的残魂。根据妖神陵的记忆，刑天的残魂除了融入妖皇玺的部分，还有一缕藏在妖神陵的雕像中。
灵明带领阿尘和烈风，再次前往妖神陵。雕像前，灵明手持妖皇玺，恭敬地行礼：“刑天前辈，如今暗黑族入侵三界，晚辈需借您的残魂一用，摧毁暗黑本源晶核，还请前辈成全！”
妖神雕像突然亮起，淡紫色的光芒凝聚成刑天的虚影：“灵明，吾早已知晓你的来意。这缕残魂，便赠予你。只是你要记住，上古妖族曾因贪婪，试图借助暗黑之力统一三界，最终反被暗黑族反噬。你前往暗渊时，定要守住本心，不可被暗黑本源晶核的力量诱惑。”
灵明躬身承诺：“晚辈定不负前辈所望！”
刑天的残魂化作一道淡紫色的光芒，融入妖皇玺中。至此，五重本源已集齐：妖神刑天残魂、混沌石猴本源（灵明自身）、龙族深海之心、佛门九品莲台本源、天庭昊天镜本源。
开启暗渊通道的日子定在三日后，妖皇城、天庭、西天极乐世界同时举行祭祀，汇聚三界气运。灵明站在妖皇城的祭祀台上，手中握着妖皇玺，身边摆放着深海之心；天庭的祭祀台上，玉帝手持昊天镜；西天极乐世界的祭祀台上，阿弥陀佛悬浮着九品莲台。
“祭祀开始！” 灵明大喊，妖皇玺爆发出黑紫双色光芒，深海之心也泛起蓝色的光芒。玉帝和阿弥陀佛同时发力，昊天镜的金光和莲台的佛光冲天而起，三道光芒在天空中交汇，形成一道巨大的三色光柱。
光柱击中妖皇城上空的空间，空间开始扭曲，一道黑色的通道缓缓打开 ， 正是通往暗渊的通道。通道中传来浓郁的暗黑气息，让人头晕目眩，周围的空间也开始不稳定，地面出现一道道裂缝。
“不好！空间要崩塌了！” 阿弥陀佛大喊，佛光更加浓郁，试图稳定空间。
灵明运转混沌之力，妖神之力疯狂注入通道，将暗黑气息一点点压制：“大家坚持住！只要俺进入暗渊，摧毁晶核，通道就会关闭！”
就在灵明准备进入通道时，通道中突然传来一个威严的声音：“灵明，你以为集齐五重本源就能摧毁本帝的晶核？太天真了！”
一道黑色的虚影从通道中浮现，正是暗黑族的最高统领 ， 暗黑大帝！他的身影笼罩在黑色的雾气中，双眼泛着红色的光芒，散发着令人窒息的威压。
“暗黑大帝！” 灵明心中一沉，没想到暗黑大帝竟能通过通道投影。
暗黑大帝冷笑一声：“上古妖族的愚蠢，你也一样！本帝的晶核蕴含着无尽的暗黑之力，只要你进入暗渊，就会被晶核的力量诱惑，成为本帝的傀儡！当年的上古妖皇，就是这样堕落的！”
灵明心中一震，难怪刑天前辈要提醒他守住本心。他深吸一口气，眼神变得坚定：“俺与上古妖皇不同！俺的目标是守护三界，不是追求力量！今日，俺定要摧毁晶核！”
灵明纵身跃入通道，阿尘想要跟随，却被灵明拦住：“阿尘，俺去去就回！你带领妖族士兵，守住通道，不要让暗黑族趁机冲出！”
通道中一片漆黑，只有前方隐约传来红色的光芒 ， 正是暗黑本源晶核的位置。灵明朝着光芒飞去，途中，无数暗黑气息试图钻入他的识海，诱惑他放弃抵抗，接受暗黑之力。
“妖神之力，守护本心！” 灵明大喝一声，淡紫色的光芒笼罩识海，将暗黑气息一一驱散。他加快速度，终于来到暗渊的中心 ， 一颗巨大的红色晶核悬浮在半空中，晶核周围环绕着无数灵魂，正是被暗黑族吞噬的三界生灵。
灵明举起混沌破魔枪，妖神之力凝聚到极致：“混沌变?妖神破！”
淡紫色的枪尖刺向晶核，晶核突然爆发出红光，一道黑色的屏障挡住了攻击。暗黑大帝的声音再次响起：“灵明，放弃吧！只要你归顺本帝，本帝可以让你成为三界的统治者！”
“休想！” 灵明加大妖神之力的输出，枪尖一点点穿透屏障。晶核中的灵魂感受到了希望，纷纷朝着灵明的方向汇聚，形成一道白色的光带，融入灵明的身体，增强他的力量。
“不！” 暗黑大帝发出一声怒吼，晶核的红光更加浓郁，试图抵挡灵明的攻击。
灵明咬紧牙关，将五重本源的力量全部注入枪尖：“五重本源，破！”
“咔嚓！” 黑色的屏障碎裂，枪尖刺穿了暗黑本源晶核。晶核爆发出耀眼的红光，随后渐渐黯淡，里面的灵魂得到解脱，化作一道道白光，朝着通道飞去。
暗黑大帝的虚影发出一声惨叫，彻底消散。暗渊开始崩塌，灵明转身朝着通道飞去，身后的暗渊一点点被空间吞噬。
当灵明冲出通道时，通道正好关闭，周围的空间也恢复了稳定。阿尘和妖族士兵们看到灵明，纷纷欢呼起来：“吾皇回来了！晶核被摧毁了！”
灵明落在祭祀台上，身体有些虚弱，却笑着说道：“暗黑族的核心已被摧毁，剩下的残余，咱们很快就能清理干净！”