咸丰三年二月，江南春色未萌，江风已卷腥膻。洪秀全亲率太平军自武昌顺江东下，五十万众帆樯蔽日，一万余艘战船劈波斩浪，如惊雷破穹。
九江守将见太平军“黄旗遍野，喊声震江”，未战先溃；安庆知府开城纳降，府库粮草尽为太平军所得；芜湖清军水师焚船而逃，江面浮尸与断桅随波逐流。太平军势如破竹，沿江州府望风披靡，兵锋直指江宁府——这座江南第一重镇，已近在咫尺。
三月初七，太平军陆路先锋李秀成部抵南京板桥，马蹄踏碎田埂残雪；次日进驻西善桥，二十四座营垒连绵十里，鹿角、壕沟一夜而成，士兵们挥锹铲土的叮当声与夯土号子响彻旷野。
初九，林凤祥率部猛攻城南雨花台，报恩寺古塔下的清军炮台尚未展开反击，便被太平军的火箭引燃弹药库，轰然巨响中，砖石碎片飞溅如雨。太平军顺势抢占高台，架起数十门红衣大炮，炮口直指聚宝门城楼，轰鸣声震得城内屋瓦簌簌作响，街角的老槐树都在颤抖。
水师则溯江而上，赖汉英亲自掌舵督战，太平军战船以铁链相连，形成稳固阵形，火罐、火油桶如雨点般砸向清军水师，百余艘清军战船转眼化为火海，江水被烈焰映得通红，焦糊的气味弥漫江面。
此时南京城内，旗兵三千、绿营一万二、募勇五千，合计不足两万之众，且多是久疏战阵的老弱残兵。
江宁将军祥厚身着甲胄登城远眺，见太平军“营垒如林，炊烟接天”，脸色铁青如铁，腰间的佩刀被攥得咯咯作响：“陆制台，如今贼势浩大，当速调城外募勇入城，加固城防，再急奏朝廷求援！”
两江总督陆建瀛身着官袍，站在祥厚身侧，双手背在身后不住踱步，额上冷汗涔涔：“祥将军有所不知，城外募勇多是市井无赖，未经操练，调入城中恐添乱局。至于求援？如今江面已被贼寇封锁，求援奏折如何送出？”他顿了顿，眼神闪烁，“依我之见，当紧闭九门，凭城固守，待贼寇久攻不下，粮草耗尽，自会退兵。”
“这与等死何异！”祥厚猛地转身，怒目圆睁，“贼寇五十万众，粮草充足，而我军不足两万，弹药仅够一月之用，固守不过是坐以待毙！”他指向城头瑟瑟发抖的士兵，“你看这些绿营兵，握枪的手都在抖，如何能战？”
陆建瀛想想说道：“不如向城中大户征粮，再拿出一些钱粮安抚将士，许以重赏，令各城门守将严加戒备。”两人又商议一下做出决定：陆建瀛下令将九门城门用千斤闸落下，再填以数尺厚的土袋，连瓮城亦堆满砖石；然后向城中大户征集粮食钱财，祥厚则亲自巡视各城门，慰问守城士兵，总算暂时稳住了军心。可城头清军依旧人心惶惶，有新兵望着城外密密麻麻的太平军，竟吓得双腿发软，手中的长刀都拿不稳。
太平军大营内，洪秀全端坐虎皮椅上，身着明黄色天王袍服，神情威严。杨秀清手持折扇，站在舆图前，声音洪亮：“天王，如今江宁城已被我军三面合围，仅水路尚未完全封锁。我已令赖汉英率水师主力火速赶往下关，切断清军外援；林凤祥、李秀成分别猛攻聚宝门、西善桥，牵制清军兵力；土营则在仪凤门外挖掘地道，准备以炸药破城。”
韦昌辉站在一旁，躬身补充：“东王妙计！只是清军固守城池，我军强攻恐伤亡惨重。不如一面继续宣讲天国纲领，动摇城内民心；一面令间谍加快活动，联络城内百姓作为内应，里应外合方可事半功倍。”
洪秀全微微颔首，目光扫过众将：“杨秀清、韦昌辉所言极是。‘无处不均匀，无人不饱暖’的纲领，是我天国克敌制胜的法宝，务必让江宁百姓人人知晓。待城内民心涣散，再以地道破城，定可一举拿下江宁！”石达开随即起身请命：“天王，臣愿率一部兵力进驻浦口，切断江宁与江北的联系，防止清军从江北逃窜或求援。”洪秀全准奏，众将领命而去，大营内号角声此起彼伏，战意盎然。
城外，太平军在雨花台、西善桥搭起三座高台，每日由杨秀清麾下“宣传官”登台宣讲：“如今清廷苛政猛于虎，田赋十取其五，官吏层层盘剥，百姓无立锥之地！我天国主张‘无处不均匀，无人不饱暖’，有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使！”
台下不仅有太平军将士，更有附近乡镇的百姓，听闻此言，有人掩面而泣，有人振臂高呼。与此同时，太平军间谍扮作货郎、乞丐、僧人潜入城内，散布“清军已无外援”“太平军进城分粮分地”的流言，城内贫苦百姓与不满清廷的手工业者都人心浮动，盼望太平军进城。
城内百姓早已不堪重负：漕运苛捐、盐税加价，加上去年江南水灾，米价涨至斗米千钱，不少人家卖儿鬻女。听闻太平军纲领，街巷间竟有百姓暗中传唱“天军到，百姓笑，分田地，免徭役”的歌谣。江宁府衙役奉命缉拿传唱者，却往往被邻里掩护，不了了之。
陆建瀛得知后，下令“宵禁搜城”，却只搜得些老弱妇孺，反而激起更多民怨——有百姓在府衙门前张贴匿名揭帖，写道“清军不灭，百姓难活”。
三月十二日，赖汉英率领水师主力抵达下关、七里洲，战船横亘江面，炮口对准江面往来船只，彻底封锁长江水道。土营士兵则在仪凤门外静海寺附近，借着庙宇掩护连夜挖掘地道。地道深三尺，宽五尺，士兵们赤着膀子，用铁锹、锄头交替挖掘，泥土用竹筐运出，堆在寺庙后院伪装成柴垛。
为防清军察觉，土营统领下令每隔百丈挖掘一个透气孔，并用湿毛巾捂住口鼻，减少咳嗽声。士兵们日夜不休，数日后，终于将地道挖到了城墙根下，数十桶炸药被小心翼翼地分装其中，引线引至百米外的隐蔽处。同日，石达开率部攻占浦口，清军江北援军被拦在长江以北，南京彻底陷入重围，插翅难飞。
十七日黎明，太平军发起总攻。南门聚宝门战事最为激烈，林凤祥亲自擂鼓督战，鼓声如雷，太平军将士肩扛云梯，冒着清军的滚石、热油、火箭奋勇冲锋。一名太平军士兵刚攀上云梯，便被清军的长矛刺穿胸膛，鲜血顺着云梯流下，后面的士兵却毫无惧色，踩着同伴的尸体继续向上攀爬。清军则在城头拼命抵抗，祥厚的侄子祥福手持大刀，斩杀三名登上城头的太平军士兵，却被一枚利箭射中肩头，惨叫着滚下城头。祥厚见状，双目赤红，拔出腰刀嘶吼道：“城在人在，城破人亡！谁敢后退一步，立斩不赦！”可清军士气低迷，不少绿营士兵竟偷偷放下兵器，趁着大战，督战队分身乏术之际，号衣一脱，逃进街巷。
十九日黎明，天色未明，仪凤门外突然响起一声惊天巨响——土营点燃了地道内的炸药。城墙被炸开一道二丈有余的缺口，砖石飞溅，清军守城士兵多被震死震伤，缺口处烟尘弥漫，伸手不见五指。数百名太平军先锋战士手持短刀，顺着缺口冲入城内，分为两队：一队直扑鼓楼，抢占制高点；一队绕神策门至成贤街，直插清军重兵驻守的总督衙门。
两江总督陆建瀛正在总督府议事，听闻仪凤门失守，惊得茶杯落地，茶水泼湿了奏折。他仓促率领百名亲兵前往黄家塘阻拦，刚至街口，便与太平军先锋遭遇。“陆建瀛休走！”太平军战士纷纷大喝，一个个持刀挺矛上前。陆建瀛虽为文臣，却也拔出佩剑抵抗，可亲兵们早已魂飞魄散，纷纷溃散。激战片刻，陆建瀛被一名太平军卒长刺穿胸膛，倒在血泊之中，临死前仍嘶吼道：“守住江宁……”
总督战死的消息迅速传遍全城，城南清军防线彻底崩溃。林凤祥、赖汉英率数千人架设云梯，从聚宝、水西、旱西三门入城，打开城门，太平军大军如潮水般涌入。街道上，不少百姓开门迎接，有端出热水、粮食犒劳太平军。
祥厚率领旗兵退守满城，依托满城高墙拼死抵抗。满城是南京城内旗人聚居之地，墙高池深，祥厚下令“每户出一丁，坚守街巷”，旗兵与太平军逐街逐院厮杀，鲜血染红了青石板路。太平军战士用火攻焚烧旗兵驻守的房屋，浓烟滚滚，惨叫声、厮杀声不绝于耳。午后时分，满城被破，祥厚见大势已去，拔剑自刎于将军府内，死前大呼“愧对列祖列宗”。
至此，南京城彻底被太平军占领。
三月二十二日，洪秀全乘坐黄轿进入南京，将江宁府改称天京，定为太平天国都城。随后，太平军高层在天王府召开议事大会。洪秀全端坐龙椅，意气风发：“如今我天国占据天京，声威震动天下。清廷必会倾力围剿，我等需固守天京，再分兵北伐西征，直捣清廷腹地，一统天下！”
杨秀清上前一步，说道：“天王所言甚是。北伐可由林凤祥、李开芳率领两万精锐，从扬州出发，经安徽、河南、直隶，直逼京师；西征则由胡以晃、赖汉英率领三万大军，溯江而上，攻占安庆、九江、武昌，巩固长江中游防线。同时，令李秀成、罗大纲分别驻守镇江、扬州，与天京形成犄角之势，抵御清廷的进攻。”众将纷纷赞同，洪秀全当即下令，各路人马整装待发。
消息传至北京，养心殿内一片死寂。咸丰帝将御案上的奏折扫落在地，龙颜大怒。
军机大臣肃顺连忙跪倒在地，叩首道：“皇上息怒。江宁失守，固然是贼寇势大，也因陆建瀛、祥厚调度失当。如今当务之急是派遣大军围剿，重建江南、江北大营，牵制贼寇兵力。”
祁寯藻也上前劝谏：“肃大人所言极是。但国库空虚，军饷匮乏，若要调兵，需先筹集粮草军饷。臣建议暂停江南漕运，加征剿饷，以解燃眉之急。”
“加剿饷？”咸丰帝眉头紧锁，“百姓早已不堪重负，再加征，恐引发民变。”
肃顺答道：“皇上，如今贼寇未除，江山社稷危在旦夕，只能暂解燃眉。待平定贼寇后，再减免赋税，安抚百姓。”咸丰帝沉吟良久，最终咬牙应允：“准奏！令向荣率一万五千人赶赴天京城东，建立江南大营；琦善率一万二千人进驻扬州外围，建立江北大营，南北夹击，伺机夺回天京。再令各省督抚招募勇丁，集合士绅团练，就地围剿贼寇，不得有误！”
千里之外的成都，大都督府内一片哗然。余盛手持加急情报，站在舆图前，目光落在江南与云贵交界处。太平军攻占南京，清廷焦头烂额，必然会抽调各地兵力围剿，西南防务势必空虚——这正是他谋取云贵的绝佳时机。
“大都督！”参将马云大步流星走进堂内，脸上难掩兴奋，“太平军势如破竹，清廷无暇西顾，此时攻打云贵，如探囊取物！”
左宗棠却缓步走出，手摇折扇，沉声道：“马将军此言差矣。太平军虽占天京，但根基未稳，且清廷精锐尚在。我军若此时贸然出兵，一则内部新政未稳，田亩、税务改革尚未落地，粮草、兵源难以支撑；二则云贵民族杂处，矛盾尖锐，仓促用兵恐陷入泥潭。三则此举恐会惹得清军分兵对付我们，给太平军壮大的机会，我们要的是清廷和太平军持续消耗。”他指向舆图，“当务之急，是稳定四川内部，加快军械局新式步枪、火炮的生产，扩充新军，待太平军与清廷陷入苦战，两败俱伤之时，再挥师南下，方可一举拿下云贵。”
余盛凝视舆图良久，缓缓点头：“左先生所言极是。传令下去：其一，布政使司加快推行‘均田减赋’新政，安抚百姓，稳定后方；其二，军械局日夜赶工，务必在三月内造出新式步枪三千支、火炮五十门；其三，再扩编一个近卫师，由马云操练，随时待命；其四，情报司密切关注太平军北伐、西征战况及清廷动向，每三日汇报一次。”
左宗棠等人领命离去后，余盛召来内卫指挥使李信：“彦云（吴天字）出使云南已有一个多月，可有消息传回？”
李信躬身答道：“回义父，三天前收到彦云兄密报，他已抵达蒙化，探查到一股反清力量，首领名叫杜文秀，是当地回民领袖，如今正在接洽。”
“杜文秀……”余盛眼中闪过一丝精光，“此人我早有耳闻，为人正直，在回民中威望极高。彦云那边有任何新消息，立刻报我。另外，”他语气一沉，“你的内卫需严密监察省内官员士绅，新政触动了不少人的利益，这些人必然会暗中作祟，切不可掉以轻心。”
“义父放心，”李信拱手道，“内卫已在各州府布下眼线，一旦发现异动，即刻处置。”