皇帝震怒，旨意如雷霆般传遍朝野。东厂的黑骑番子与锦衣卫的缇骑，如同嗅到血腥味的猎犬，在刑部、都察院、大理寺官员的“陪同”下，兵分多路，直扑登州以及京城中几处与成国公府往来密切的宅邸、商铺。京城上空，霎时间阴云密布，人人自危。
林琛并未亲赴一线抓人，而是坐镇工部衙门，如同一台精密仪器的中央处理器，统筹着各方汇集而来的信息，并用他那独特的“格物”思维，将看似零散的证据，锻造出一条条冰冷坚固、无可辩驳的锁链。
专案衙署临时设在了刑部大堂，往日庄严肃穆之地，此刻灯火通明，人影幢幢，空气中弥漫着紧张与压抑。被抓捕的登州水师参将李魁，以及几名涉案的中下层军官、还有成国公府几个外围管事、心腹清客，被分别隔离审讯。
起初，这些人还心存侥幸，或是矢口否认，或是胡乱攀咬，试图搅浑水。李魁更是仗着自身武职和背后靠山，在刑部大堂上咆哮叫屈，声称林琛诬陷边将，居心叵测。
然而，当林琛将他整理好的那份基于格物勘验的“技术报告”副本，以及王启年秘密护送回来的关键物证、人证，一一摆上公堂时，局面瞬间逆转。
“李参将，”主审官之一，一位素以刚正着称的都察院左佥都御史，指着托盘中被琉璃罩小心保护起来的火铳引药池残片，“此物，经格物院检测，其成分与兵仗局去年拨付登州水师的那批制式火铳引药池完全一致！且其熔毁痕迹，与东平湖漕船起火点残留的高温物质吻合！你作何解释？莫非是‘水匪’恰好捡到了你登州水师废弃的火铳，又恰好用它引发了那场大火？”
李魁脸色一白，强辩道：“或……或是军中火铳有所流失，被匪人所得……”
“流失？”另一位刑部侍郎冷笑，拿起那份船只撞击力学分析图，“那这又作何解释？格物院依据漕船残骸断裂角度、木材纤维走向、水流速度，精确还原出撞击船只的船首形状、速度与角度！结果证明，撞击船经过特殊加固，且操船者对漕船结构了如指掌！你登州水师，何时开始钻研起漕船撞击之术了？还是说，你麾下恰好有精通此道的‘水匪’？”
李魁额头冷汗涔涔，嘴唇哆嗦，难以应对。
“还有这个！”大理寺少卿拿起一份口供，正是那名被王启年秘密控制的登州水师逃兵画押的证词，“此人已招认，受你指使，伪装水匪，参与袭击，目标明确，就是销毁那几艘装载贡品税银的漕船！人证在此，你还有何话说？！”
铁证如山，一环扣一环！从物证到推理，再到人证，形成了一条逻辑严密的证据链，将李魁死死钉在了犯罪事实之上！
面对这超越他认知的、冰冷而精确的“格物”证据，李魁的心理防线彻底崩溃。他知道，再狡辩下去，只会罪加一等。在巨大的压力和对那未知“格物”手段的恐惧下，他终于瘫倒在地，涕泪横流地招认了受命伪装水匪、袭击漕船的事实。
“是……是成国公府的大管家朱福！是他传的话，许以重金，让我等假扮水匪，制造事端，务必让漕运新政背上黑锅！他说……说只要事成，日后少不了我等的好处……”李魁如同泄了气的皮球，将背后的指使者供了出来。
拿到李魁的口供，专案组立刻雷霆出击，直扑成国公府拿人。然而，那大管家朱福，却仿佛人间蒸发了一般，踪迹全无！成国公朱希忠更是闭门不出，对外宣称染病，拒绝见客。
线索，似乎断在了成国公府的门槛之外。
“部堂，朱福定然是被藏起来了，或者已经灭口！”王启年愤愤道，“朱希忠这老狐狸，定然是见势不妙，断尾求生了！”
张居正也蹙眉道：“仅凭李魁一面之词，难以直接定成国公之罪。他完全可以推脱是下人背主妄为。若无更直接的证据链指向他本人，恐怕难以将其扳倒。”
案件再次陷入了僵局。朝野的目光都聚焦于此，若不能将最终的幕后黑手揪出，此案便算不得圆满，林琛之前的险招和皇帝的信任，效果也将大打折扣。
压力再次回到了林琛身上。
他没有急躁，而是再次将自己关进了格物院的档案库和实验室。他相信，只要是人为的行动，就必然会留下痕迹，而格物之学，最擅长的便是从细微之处，发现这些痕迹。
他调阅了所有与成国公府有关的、看似无关的档案记录：近期的物资采购清单、银钱往来账目（通过特殊渠道获得的部分）、府中人员的出行记录等等。同时，他也让格物院的学子，对从李魁及其他涉案人员处搜查到的所有物品，进行了一次更为彻底的“科技”筛查。
功夫不负有心人。数日后，一条看似微不足道的线索，引起了林琛的注意。
一名负责检验从李魁住处搜出的私人物品的学子，在一件寻常换洗衣物的内衬夹缝中，发现了几粒极其细微的、不同颜色的矿物粉末。这些粉末混杂在灰尘中，肉眼几乎难以察觉，但在格物院特制的放大镜下，却显露出了独特的晶体结构。
“大人，您看，”那学子兴奋地指着放大镜下的颗粒，“这红色颗粒，疑似朱砂；这白色结晶，像是硝石；还有这少许金色碎屑……似乎是……金粉？”
朱砂？硝石？金粉？这三样东西同时出现在一个水师参将的衣物夹缝里，显得极不寻常。朱砂可入药，亦可作颜料；硝石是炼丹、制火药之物；金粉则更是贵重。
林琛心中一动，立刻吩咐：“分析这些粉末的纯度、颗粒度，看看有无特殊标记或混合比例！另外，查！京城及周边，何处会同时、大量使用这三样东西？尤其是……与成国公府相关的产业！”
格物院的效率极高。很快，分析结果出来：那些朱砂纯度极高，非市面寻常货色；硝石颗粒均匀，像是经过精心筛选；金粉更是质地纯净。更重要的是，分析显示，这三种粉末的混合比例，与宫中某些特定丹方所需辅料的配比，有隐约的相似之处！
而王启年那边的调查也有了惊人发现！据暗线回报，成国公府在城西有一处极为隐秘的别院，平日守卫森严，外人难以靠近。而近期，有眼线曾见到有道士模样的人出入此别院，且曾闻到过类似炼丹的气味！更关键的是，负责给此别院运送物资的采办，近期曾多次、小批量地采购过纯度极高的朱砂、硝石以及……用于描画法器的金粉！
所有的线索，在这一刻，仿佛被一道闪电照亮，瞬间串联了起来！
成国公朱希忠，为了固宠，竟敢私设丹房，窥探帝心！而那李魁衣物上的特殊粉末，极可能是在与成国公府核心人员接触时，无意中沾染上的！这便是一条直接指向朱希忠本人的、极其致命的物理证据链！
林琛立刻将此重大发现，连同那包作为物证的粉末、相关的分析报告以及暗访所得情报，整理成一份绝密奏疏，通过黄锦，直接呈报给了嘉靖帝。
凝神阁内，当嘉靖帝看到那份奏疏，特别是看到那包来自李魁衣物、却与成国公府秘密丹房用料一致的粉末时，这位沉迷修道、对丹室之事最为敏感的皇帝，勃然大怒！
“朱希忠！安敢如此！！！”怒吼声几乎要掀翻凝神阁的屋顶！私设丹房，窥探丹方，此乃帝王大忌！比之指使袭击漕船，更令嘉靖帝无法容忍！
“查！给朕查！！！”皇帝的声音因愤怒而颤抖，“查封那处别院！将朱希忠……给朕锁拿进宫！朕要亲自问问他，他到底想干什么？！”
这一次，不再是专案组出动，而是东厂督主亲自带着大队番子，如狼似虎地包围了成国公府，直接闯府拿人！
曾经权倾朝野、门生故旧遍布天下的成国公朱希忠，在铁一般的证据链面前，尤其是在触犯皇帝逆鳞的私设丹房罪行面前，任何挣扎与辩解都显得苍白无力。他被除去冠带，锁链加身，在无数人震惊、恐惧、复杂的目光中，被押往皇宫。
一条由格物之学锻造的、从东平湖残骸到成国公府丹房的铁证锁链，终于将这位盘踞朝堂数十年的勋贵巨头，彻底锁死！
消息传出，朝野巨震！所有人都意识到，一场真正的政治风暴，已然降临！而手持“知识权杖”的林琛，凭借其超越时代的洞察与手段，不仅洗刷了自身的冤屈，更是以一己之力，撬动了整个勋贵集团的根基！
新学砥柱，在这场惊心动魄的较量中，展现出了其无可替代的、决定性的力量！大明的朝堂格局，将因此而发生天翻地覆的变化！