这时候除了留下了近千人的部队，守住了登州城的南城门和南城墙以外，吴世恭和刘泽清的部队被全部赶出了登州城。这么小的城池，挤进了这么多的明军，攻打水城的时候施展不开啊！
吴世恭和刘泽清是一身轻松。对于他们俩来说，这次围剿登莱叛军的作战可以说已经是结束了。孔有德的叛军也根本没有翻盘的机会了。所以这俩人就象是现代足球场上，大比分领先的球队换下来的球星一样，满脸轻松地坐在场边指点欣赏着接下来的作战。
而等到登州城内的明军把一切都安顿好了以后，已经近黄昏了。我们也知道了，在明朝，挑灯夜战的故事是几乎不可能发生的，所以明军就准备着明天的攻城。
但是明军并没有闲着，因为叛军的大意，登州城内靠近水城城墙的房屋都没有拆除，可以给明军的行动以掩护。所以游击刘良佐亲自领兵，暗中率人潜入靠近水城城墙的永福寺（现在蓬莱阁景区的一个景点），从中挖地道至城下，准备明天在地道里装填火药，炸塌水城的城墙。
而登州城内的叛军也没有闲着，他们加紧地把人员和物资装上船，并且把以前孙元化购买的，架设在水城里防御水面敌军战舰的二十门六磅和十二磅的西洋火炮和大量的小炮、鹰铳和火铳装上船。
趁夜出海虽然危险，但是叛军也顾不得了。他们装满一艘扬帆一艘。还好，舰只的数量是足够了。登州港内原有明朝水师的主力舰队，加上被诈降蒙蔽被斩的孙应龙带来的战船，足以使这支庞大的队伍逃脱。
黑夜就是叛军逃亡行动的最好掩护，当东方大海的海平面上升起了一轮朝阳的时候。登州港外已经开出去了六十几艘叛军的舰只。
而这时候的吴世恭正在休息呢，当他听到观察水面的汝宁军探子向他禀告以后，吴世恭毫不犹豫地命令：“山头上的神舟炮架好了没有？叫他们立刻开炮。”
在平时吴世恭是有着无利不起早的坏习惯，但是如果只是举手之劳，吴世恭也不介意给友军一些帮忙的。
而这一次经过葡萄牙军官指点的烧红炮弹的发射，引起了叛军巨大的恐慌。汝宁军现在也只有四门二磅的神舟炮，打中舰只的炮弹那就更少。但只要炮弹一打到舰只，炮弹附近的木板都会燃烧起来。而在甲板上取水又很不容易，有两艘叛军的船只的火势就失去了控制，熊熊地燃烧了起来。
燃烧船只上的人急于换船。港内的船只急于出港，整个叛军都是大乱。
孔有德大声命令道：“叫少公子快些过来。所有的船都起锚。等到少公子他们一上船，立刻开船。”
孔有德口中所称的“少公子”，就是毛文龙的儿子毛承禄。他现在也是叛军的一位武官。而因为他的身份，孔有德和耿精忠总是把毛承禄安排得比较妥当。
可是昨天晚上确定驻守水城城墙和最后一批撤退的叛军的时候。叛军的武官们又进行了一次抽签。而这次抽签谁也不敢玩作弊了，毛承禄倒霉。抽到了这个断后的苦差事。
可就在这时。一声巨响，水城倒塌了一段近十丈的城墙。孔有德也顾不得了，他立刻下令道：“开船！开船！给少公子留下五艘空船。其他的船全部出港。”
一艘艘船只从狭小的港口入口处挤出了登州港。船只的碰撞也引起了一些船的损伤。好不容易孔有德的船出了登州港，远远地看着明军从水城城墙的缺口源源不断地涌入，孔有德仿佛有些自言自语地说道：“只有听天由命了。”
孔有德的这句话不知道是说还没有上船的毛承禄，还是说他自己。虽然其他叛军的武官大多数想找个岛。做个逍遥的岛主，可是孔有德和耿精忠已经准备投靠后金了。但是他们这些东江镇的人和后金军撕杀了这么久的时间，双方都有着血海深仇，这时候的孔有德确实不知道自己投降后的命运将会如何。
攻入水城的明军动作很快。毛承禄被活捉。其余一千多守水城城墙的叛军大多数被擒被杀。但仍有一部分叛军退守登州城海边的丹崖山，准备做困兽之斗，（丹崖山上有宋代修建的蓬莱阁、苏公祠等名胜古迹）。
朱大典对最后这支叛军队伍并没有斩尽杀绝，他派出了宋把总这些反正的叛军武官对他们进行劝降，叛军大部下山投降，一部分人投海自杀。登州城终于收复了。
而这时候驻守在皮岛、旅顺的明军总兵黄龙率领的水师也赶到了。水师对叛军的舰船进行了截杀，叛军武官陈光福被俘。叛军舰船又损失了七艘。
虽然损失还不算大，但是这次截杀彻底把叛军设想的：在辽东沿海占据一个岛屿或一块三不管的地方，武装割据一方的梦想给彻底打碎。走投无路之下，孔有德和耿精忠铁了心，他们带领剩下的舰船、人员，投降明朝的敌国——后金。
于是孔有德立刻派人与后金联络接洽，接着他们在后金指定的地点登陆。皇太极派出了汉八旗将领打退了明军的追剿，接应孔有德叛军进入后金的领土。
对于孔有德这些东江镇的叛军的投降，一开始皇太极也有些不敢相信，到底东江镇和后金之间的仇恨太深了。皇太极开始还以为是明朝做出的苦肉计呢。
不过当皇太极了解到这次孔有德是把他们家属全部带在身边来投降的，也证实了这次是真实的投降行动后，皇太极是大喜过望，他亲自在盛京（即现在的沈阳）城外迎接孔有德、耿仲明。
孔有德这次投降的人数有一万零三百多叛军及其家属（其中战斗部队三千一百人），孔有德投降后，他的部队被改编为汉八旗，但番号却不是“尼堪超哈”（汉兵）而是“乌珍超哈”（火器兵），这足以看出皇太极对这支部队的另眼相看。
但最令后金高兴的是，孔有德带来了至少二十门葡萄牙澳门造炮局原装的西洋大炮和大量明朝自造的小炮、鹰铳和火铳，还有大量的由葡萄牙军事顾问所直接传授，弹药制造技术以及瞄准知识与仪器操作的军事技术人才。
与一般现代人所了解的不同的是，在清朝建国之前，后金军对于火器是相当重视的。作为一个战争民族，他们怎么会对火器这种军国利器视而不见呢？之所以后金军中没有广泛的使用火器，无非是他们在火器的人才和技术上太缺乏了。
不过在皇太极的督促和重视下，在大凌河城战役中，为了阻击救援的明军，由早期投降后金的汉人武官佟养性仿制的西洋大炮，第一次投入了战场，后金军队的一个崭新的战术——炮骑合击，开始初露端倪。
但是仿制的火炮到底威力太小，后金军中会使用火炮的兵丁也太少。可这次得到了孔有德叛军的加强，后金军野战，尤其是攻城战的战斗力提高了不止一个等级。
不仅如此，海战是后金最欠缺的地方，而孔有德带来了大量的战船，使后金也建立了自己的海军，他们可以凭船运炮使他们可以绕过山海关，在明朝沿海任何一个地方登陆。
因此可以这么说，孔有德叛军的投降，使得后金军补上了自己身上的最后一块短板。
而在投降三个月后，孔有德就迫不及待的要求在后金军进攻皮岛、旅顺的战役中，充当马前卒。在汉奸党的领路之下，旅顺失陷总兵黄龙自杀，孔有德算是报了被海上追杀的一箭之仇，也算是交上了自己的入伙投名状。
同时在此役中，他还策反了山东三矿徒的第三个人尚可喜。这样山东三矿徒——孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降后金。至此，皇太极通过连续的招降纳叛，他的的汉兵部队已经有了相当大的规模，可以这么说，此时与明朝对抗的已经不仅是满族（女真），而是整个东北地区以满族为首的各民族的武人集团。
更由于皇太极对于孔有德他们优厚的待遇，起到了千金买马的作用，以致于在今后与后金军的作战中，明军多了一条投降后军的新出路。由此可以看出，从人物的本身来说，皇太极的眼光和个人气度，完全称得上是雄才大略。
自此，历时十八个月孔有德叛乱结束。虽然明朝平息了叛乱，并在太庙举行了盛大的献俘仪式，将李应元、毛承禄两个匪酋凌迟处死，算是给连战连败的帝国打了一针强心剂。
但明朝的登莱两州，这个辽东前线的后勤练兵基地，被叛军捣了个稀巴烂，也给近在京畿的山东地区带来杀人十余万、残破三百里的恶果。尤其是登州城，只留下了五百多名做军妓的年轻女子，完全就是变成了一座鬼城。而且数位朝廷封疆大吏和大批地方官员被杀。同时，叛乱的两个首犯都没有落网。
但是，还算是幸运，吴世恭这个蝴蝶翅膀终于微微地扇动了一下。在原来的历史上，孔有德投靠后金可有一万二千多叛军及其家属，其中战斗部队三千六百人。虽然这些改变似乎有些微不足道，但起码后金的实力有了一些耗损了。(未完待续……