元至元元年（1264年），大都城的晨钟惊起群群白鸽，在新建的总制院金顶上空盘旋。这座位于皇城西北的宏伟建筑群，融合了汉式庑殿顶与藏式平顶的独特风格，正门匾额以八思巴文、汉文、回鹘文并列镌刻总制院三字，象征着其统摄天下释教的重任。三十五岁的八思巴立于九级台阶之上，绛红色袈裟外披着忽必烈亲赐的织金云纹斗篷，手中转动的金刚念珠在朝阳下泛出温润光泽。
总制院正堂的《四海佛域图》前，八思巴创设的三学提举司正在进行首次议事。戒律提举司的梵文贝叶经卷与汉文《百丈清规》并列，教理提举司的《甘珠尔》目录与《大藏经》雕版相映成趣，工巧提举司的坛城模型旁摆放着营造法式图册。当回回官员质疑为何要收录南传佛教典籍时，八思巴轻触案头地球仪，指出斯里兰卡佛牙寺与大都的精确距离：佛法如光明，岂分南传北传？
在整顿僧伽制度时，八思巴展现出卓越的行政才能。他将全国寺院划分为三级管理，首创度牒考试制度。某日巡查大兴教寺，发现住持竟不识《现观庄严论》要义，当即召集三百僧众现场命题：不解五部大论，何谈住持佛法？考试持续三昼夜，淘汰二十六名滥竽充数者，擢升的年轻学僧后来多成为佛教栋梁。
至元三年春，八思巴启程返藏。车队行至六盘山时，他特意绕道探望当年佛道辩论的旧坛。在荒草丛生的辩经台基上，他命人重建了一座融合汉藏建筑风格的白塔，塔身铭刻蒙藏汉三体《和谐颂》。当夜宿营时，随行史官看见八思巴帐中透出七彩光芒，翌晨见他正在补绘《世界宗教源流图》，将景教、伊斯兰教、道教与佛教的传承脉络梳理得清晰如掌纹。
车队渡过金沙江那日，正值藏历四月十五。八思巴在江畔巨岩上展开特制的桑皮纸，以矿物颜料亲手绘制《十三万户舆图》。当绘至拉萨河谷时，他突然以朱笔将汉地传来的与藏传符号相连，对随行万户长们宣示：雪山大小溪流，终将汇入中华瀚海。话音未落，江心突然跃起金色鲤鱼，鱼鳞在阳光下映出舆图倒影，众首领见状纷纷解刀盟誓。
途经康巴地区时，八思巴巧妙化解了一场百年草场纠纷。他将争执双方的牦牛群混编，按《十善经》制定放牧规则，又指导牧民建造可移动的轮转经堂。当看见汉式木工与藏式彩绘在经堂上完美结合时，当地头人感叹：原来佛法不仅在心，也在斧凿之间！
回到萨迦寺的第八日，八思巴在五明学院开学典礼上亲自击响法鼓。这座依《时轮经》理念修建的学术圣殿，设有声明堂、工巧明堂、医方明堂、因明堂、内明堂五进院落。在医方明堂，汉地传来的《本草纲目》与藏医《四部医典》并列陈设；工巧明堂内，印度天文仪与中原浑天仪交相辉映；因明堂墙上悬挂着以三色丝线绣制的逻辑推导图。
最令人惊叹的是声明堂的声律水钟。当学员诵读梵文声律时，水钟铜管会奏出相应音阶；若发音不准，水面便泛起涟漪。某日讲授《诗镜论》时，八思巴即兴创作的双语偈颂，竟使水钟自动演奏出《吉祥九转》的旋律。来自克什米尔的声明学大师希拉曼陀罗见状，当场将祖传的《梵语波尼尼经》注疏赠予学院。
在工巧明领域，八思巴指导学员改良印刷术。他将藏式雕版与汉活字结合，创制出能同时印刷三体文字的转轮排字盘。当第一本《三体文殊名号经》印成时，经页飘出的墨香竟在空中凝成文殊剑影。此法后经河西走廊传至中原，成为元代多种文字佛经刊印的范本。
医方明堂更成为民族医学交汇的熔炉。八思巴命人将汉地针灸铜人与藏医经络图对照研究，发现奇经八脉三脉七轮的对应关系。某次治疗中风牧民时，他先用金针刺激百会穴，再以藏药浴配合诵经，患者瘫痪的左臂当场恢复知觉。这套汉藏医合治法后被收入《御药院方》。
至元六年的雪顿节，萨迦寺举办首届五明辩经大会。汉地僧侣展示的水力浑天仪与藏族学者制作的沙盘坛城同台竞技，回回医师的星盘与蒙古巫医的灸石各显神通。八思巴在闭幕时指出：工巧明造桥连通两岸，医方明治病消除苦痛，皆是菩萨行。这番话被刻在五明学院的正梁上，成为萨迦学派的治学宗旨。
在总制院任职期间，八思巴先后向朝廷举荐二百七十名各族高僧。他给忽必烈的奏章中写道：佛法如海，纳百川方成其大；治世如医，集众方才奏其功。这份奏章后来成为元代宗教政策的核心文献，现存于中国第一历史档案馆的秘档中。
当八思巴晚年重游总制院时，庭中他手植的柏树已亭亭如盖。树荫下，汉藏僧侣正在合作翻译《菩提道次第广论》，梵呗声与雕版声交织成奇妙的和谐乐章。老人轻抚树干，望向西南方连绵的雪山，仿佛看见无数溪流正跨越千山万壑，奔涌着汇入那片名为的浩瀚海洋。